Rachel váratlanul találkozik apjával. Charlie az atomrobbanások után képtelen egy helyben maradni, elindul a síkvidékre, hogy bosszút álljon mindazokon, akik szeretteit bántották. Neville és Jason átfésülnek egy hatalmas menekülttábort, hogy megtalálják Juliát.

Neville nem bízik a Kubából váratlanul visszatérő amerikai kormány tagjában, és a hazafiakban. Szerinte túlságosan kapóra jött nekik minden történés. Charlie Monroe nyomába ered, ám a férfit előtte elkapja egy fejvadász. Később Charlie is Adam fogságába esik. Milest aggasztja, hogy egy vérszomjas klán telepedett le a városka közelében, és félelme nem alaptalan. Aaron megsérül, és Gene nem tudja újraéleszteni. Neville a hazafiak közé akar beépülni.

Aaron magához tér a halál beállta után. Úgy véli, ez a nanorobotok műve. Cynthia meggyőződése, hogy isteni csoda történt. Rachel ráveszi apját és néhány férfit, hogy segítsenek Titus fogságából kiszabadítani Miles-t. Neville és Jason lebuknak, Cooke kideríti valós személyazonosságukat. Charlie és Adam szem elől veszítik Monroe-t.

A hazafiak megszállják Willoughbyt, és azt állítják, veszélyes a városból kimenni, ezért kijárási tilalmat rendelnek el. A falon kívül kószálókat brutálisan meggyilkolják. Rachel, aki vakon bízik Kenben, elmondja neki aggályait. Fogalma sincs arról, hogy a férfi már 7 éve csatlakozott a hazafiakhoz, és most meg akarja ölni. Monroe és Charlie ideiglenes békét kötnek, és együtt Willoughby felé tartanak.

Aaron képtelen feldolgozni, hogy vészhelyzetben a haragjával lángra lobbantott két embert. Rachel szerint ez esetben a nanobotok semmibe vették a programjukat, és önállósították magukat. Mindketten érzik, hogy a nanotechnológia kicsúszik az emberi irányítás alól, és ez roppant veszélyes. Allenford arra kéri Neville-t, hogy kísérje el Wahingtonba. Milesék szeretnék maguk mellé állítani a texasiakat, de Trumannek is ez a terve. Charlie visszatér, Miles érthető módon bizalmatlan Monroe-val, és nem alaptalanul. Monroe megöli a texasi küldöttség vezetőjét, hogy a hazafiakra kenje a gyilkosságot.

Miközben Charlie, Rachel és Gene megkérdőjelezik Monroe valódi hűségét, Miles maga is belefáradt egykori barátja szándékaiba. Eközben Aaronnak továbbra is vannak látomásai, amelyek újabb kérdésekhez vezetnek.

Aaront menekíteni kell a városból, mert a nanobotok által generált képessége felkelti a városba érkező Horn figyelmét. Monroe segít kijuttatni őket, ám Rachel apja, aki évek óta a hazafiaknak dolgozik, hogy megmentse lányát, elárulja Aaton és Cynthia búvóhelyét. Horn kegyetlen kísérleteknek veti alá Aaront, hogy tanulmányozza öngyógyító képességét.

Neville döbbenten látja egyik pályaudvaron vonatra szállni halottnak hitt feleségét, Juliát. A nő szemmel láthatóan nincs egyedül, előkelő társasággal utazik. Amikor meglátja férjét, földbe gyökerezik a lába. Mint kiderül, férjhez ment egy magas rangú kormányhivatalnokhoz, Doyle-hoz. Rachel és Gene kapcsolata feszült, mióta kiderült, hogy Gene a Hazafiaknak dolgozik. Aaronnak egyre különösebb látomásai vannak.

Aaron Spring Citybe tart, hogy utánajárjon a nanobotoknak. Monroe, Miles és Rachel, Mexikóba indulnak, hogy megkeressék Monroe fiát, akit Miles rejtett el előle. Neville és Julia veszélyes tervet eszelnek ki, mivel Julia a felső tízezer életét éli, úgy véli,segíthet abban, hogy Neville újra hatalomhoz jusson.

Mexikóban Miles, Rachel és Monroe találkoznak Connorral, Monroe fiával, akinek Miles még a létezését is eltitkolta Monroe elől. Connor egy helyi drogbáró jobbkeze, akit apjaként tisztel és szeret, és hallani sem akar vér szerinti apjáról. Gene és Charlie észreveszik, hogy a katonák sietve egy tábort építenek Willoughbyban. Julia és Neville lassan próbálják a maguk javára fordítani Julia új férjének politikai státuszát. Jason megszerez egy dokumentumot Doyle irodájából, melyből kiderül, hogy Doyle az átnevelő táborok atyja.

Willoughbyban tífuszjárvány tör ki, az új tábort karanténnak építették a katonák. Orvosként Gene kötelességének érzi, hogy segítsen a megbetegedett embereken, Charlie is úgy dönt, vele tart. Porter a rendelkezésére álló eszközökkel azt deríti ki, hogy a járványt feltehetően szándékosan idézték elő a hazafiak. Márpedig ha ez így van, bizonyára ellenszer is van a kezükben. Már csak az a kérdés, hogyan tudnák megszerezni?

Miközben Monroe egy veszélyes küldetésre indul Connorral és Charlie-val, Rachel és Miles szemmel tartják az eseményeket Willoughbyban. Mivel Jasont letartóztatják, Julia és Neville azon dolgoznak, hogy kiszabadítsák. Ám Julia férje egy lépéssel előttük jár, ugyanis rájött, hogy korábban házastársak voltak. Neville és Julia saját csapdájukba esnek. Julia életéért cserébe Neville-nek végeznie kell Monroe-val. Arron és Priscilla találkoznak egy régi barátjukkal.

Doyle Willoughbyba érkezik, hogy felügyelje egy újabb átnevelő tábor létrehozását. Az emberek azt hiszik, Peter csodákra képes. Mivel Priscilla és Aaron le akarják leplezni Petert, megfenyegeti és bezárja őket. Monroe és Connor kénytelenek életre-halálra harcolni egymással. Hogy fia életben maradjon, Monroe elárulja neki, mi a gyenge pontja, hogyan győzheti le.

Aaron hirtelen a korábbi, még működő régi világban találja magát, melyben nehezen tudja felfogni, ki barát és ki ellenség. Jelenlegi barátait akkoriban még nem ismerte, de álmában megjelennek régi világában. Aaron ugyan nem hisz nekik, valamiért mégis segíti őket. Tudatalattija nehezen engedi, hogy felfogja, az egész pusztán csak álom.

Miles, Charlie és Connor felfedezik, hogy Willoughbyban átnevelő tábort hoztak létre. A fiatalokat képesek saját szüleik ellen fordítani. Neville és Jason találnak egy szövetségest küldetésükhöz. Milesa és Rachel azon tanakodnak, hogyan lehetne sikeresen felvenni a harcot a hazafiak ellen.

Miközben Gene és Miles Willoughbyt járják, szövetségeseket keresve, Monroe kihasználja az alkalmat, és meglepetésszerűen lecsap a hazafiakra, ezzel keresztülhúzza Milesék tervét, mivel a támadás hírét úgy manipulálják, hogy Milesék elveszítsék a lakosok bizalmát. Neville politikai manőverezése veszélybe sodorja őt is, és Jasont is.

Jason létfontosságú információkat oszt meg Milesszal. Tudomására jut, mit terveznek Texasban a hazafiak. Miles úgy véli, a texasi merényletet meg kell akadályozniuk, mivel a hazafiak a felelősséget Kaliforniára terelik majd, és szinte biztos, hogy Texas hadat üzen nekik. Aaronnak nagyon gyanús Priscilla furcsa, már-már irracionális viselkedése.

Amikor Neville megtudja, hogy Jason meghalt, kényszeríti Charlie-t, hogy elmondja, hogy történt. Neville bosszút akar állni, noha tudja, hogy a hazafiak átnevelő táborában fiából gyilkológépet csináltak.

Elnöki felhatalmazással Truman mustárgázt vet be, hogy megölje Milest és Monroe-t. Rachel tiltakozása ellenére Miles csatlakozik Monroe-hoz, hogy a hazafiaknak saját fegyverükkel vágjanak vissza. Aaron egyre inkább úgy érzi, hogy a nanobotok félelmetes hatalomra tettek szert.

Neville és Monroe a hazafiak legyőzése miatt egyesülnek és szövetséget kötnek. Rachel szembekerül a nanotechnológiával, miközben Aaront keresi. Miles, Charlie és Gene számításai nem az elképzeléseik szerint alakulnak, amikor megpróbálják ellopni a hazafiak mustárgáz-készletét.

A tét nagy, mivel a hazafiak háborúra készülnek. Miles, Charlie és Monroe kockázatos tervet eszelnek ki, hogy megakadályozzanak egy háborút Texas és Kalifornia között, aminek következtében a hazafiak átvennék a hatalmat a háborúban meggyengült államok felett. Neville személyes bosszút akar állni magán az elnökön. Aaron és Rachel meg akarják szabadítani Priscillát a nanobotok hatalmától.