Ben Matheson arriva a casa dalla sua famiglia in stato di panico e avvisa sua moglie di tenersi pronta perché l'energia elettrica sta per mancare, per sempre. Prima che questo accada riesce a scaricare qualcosa da internet e a mettersi in contatto con suo fratello Miles, un soldato. Dopo quindici anni dal fenomeno che ha lasciato il mondo al buio, la Militia arriva nel villaggio dove Ben vive con i suoi figli e in seguito a uno scontro viene ucciso. Danny, suo figlio, viene preso dalla Militia per essere portato dal presidente della Repubblica Monroe come esca per lo zio, Miles Matheson. Charlie, sorella di Danny, si reca a Chicago per chiedere aiuto a Miles nel liberare Danny.

Per poter salvare Danny, Miles si rende conto che ha bisogno dell'aiuto di Nora, un'esperta di esplosivi, ma Nora è rinchiusa in un campo di prigionia della Militia. Aaron intanto, si confida con Maggie sull'oggetto che Ben gli ha lasciato prima di morire.

In fuga dalla Milizia, Nora guida Miles e Charlie al campo dei ribelli. Aaron e Maggie sono alla ricerca di Grace mentre Danny affronta uno degli uomini del Capitano Neville.

Dopo che Charlie e Nora salvano Miles dalla milizia, si incontrano con Aaron e Maggie, ma Nate è sulle loro tracce. La gang si riunisce e continua il suo viaggio senza sapere cosa l'aspetti.

La gang si avvicina al Capitano Neville e ai suoi uomini, ma scoprono che Neville avrà presto a disposizione un treno a vapore per trasportare Danny nella capitale della Repubblica di Monroe e dovranno fare in modo di sabotare il mezzo. Nora si rivolge perciò ad un membro della resistenza locale per farsi aiutare nell'intento di far saltare in aria il treno, ma le cose prendono una brutta piega quando si scopre che Danny è già sul treno e Nora non riesce a recuperare la bomba piazzata in uno dei ceppi che finirà nella caldaia del treno.

Per cercare di salvare la vita di Nora, rimasta gravemente ferita durante uno scontro con la Milizia, Miles porta la banda da una sua vecchia conoscenza sperando che questo possa fornire alla donna delle cure mediche adeguate. Aaron ricorda come era la sua vita prima del blackout.

Il gruppo entra in un villaggio popolato da ragazzi, scoprendo che si tratta di bambini rimasti orfani. Charlie incontra un ragazzo che sembra aver subito il suo stesso destino e vorrebbe poter dargli una mano, ma prima deve convincere Miles. Rachel intanto continua a essere ricattata da Monroe e si ritrova a dover ingannare un vecchio amico per poter difendere Danny da terribili ripercussioni.

Uno degli uomini più pericolosi di Monroe viene mandato sulle tracce di Miles e del suo gruppo, con l'incarico di recuperare il medaglione e riportare Miles nella capitale della Repubblica. Sia Nora che il Capitano Neville si ritrovano a dover affrontare difficili situazioni famigliari e a dover fare una scelta sul loro futuro.

Grazie all'intercessione di Nora, Miles e gli altri ottengono il supporto di un gruppo di ribelli per recarsi in missione a Philadelphia e salvare Danny. Il percorso si svela essere molto pericoloso e Miles non sa che sta nel gruppo c'è un traditore pronto a colpire. Nel frattempo Rachel continua a costruire il suo congegno ma Monroe scopre le sue vere intenzioni.

A Philadelphia Charlie, Nora e Aaron vengono catturati dalla Milizia, mentre Miles è in ricognizione. Prendendo in ostaggio la moglie di Neville, Miles riesce a liberare Nora e Aaron ma deve introdursi nel covo di Monroe per liberare Charlie e Danny. Qui c’è una piacevole sorpresa: Rachel si riunisce con i figli e il tanto atteso duello tra Miles e Monroe si conclude per ora in parità.

Miles guida la squadra di ribelli fuori da Philadelphia ma soprattutto lontano dagli elicotteri e dalle pistole del generale Monroe . Guidata dal rimorso, Rachel tenta di redimersi fornendo l’elettricità ai ribelli, ma deve ancora una volta abbandonare i suoi figli, Charlie e Danny. Tra Miles e Nora volano scintille, di passione.

Dopo il sacrificio di Danny, Miles e Nora vanno a cercare i vecchi ufficiali di Miles, che l'avevano aiutato nel primo tentativo di uccidere Monroe. Il primo è Jim Hudson, che, nel frattempo, si è ricostruito una vita, in un villaggio tranquillo, con una moglie all'oscuro del suo passato. Intanto alla base dei ribelli, Rachel scopre che i pendagli si attivano ogni tanto e capisce che è il modo in cui il suo vecchio capo Randall li rintraccia, cosi' decide di distruggerli. Finalmente Charlie e Rachel riescono a parlare del loro dolore, in seguito alla morte di Danny.

Monroe affida a Neville una missione top secret. Deve prelevare da una certa persona una bomba nucleare. Ma durante lo spostamento, Tom viene fatto prigioniero dai ribelli. Miles spera di farlo parlare, ma il vecchio leone non si arrende e trova il modo di fuggire. Sa che ad aspettarlo troverà Monroe, certo del fallimento della missione, e decide di scappare con Julia. Mentre Jason, ripudiato dal padre, entra a far parte della milizia, Rachel, per il bene dell'umanità, parte per fermare l'acquisto da parte di Monroe della bomba nucleare.

Monroe vede nemici e traditori ovunque, dopo la scomparsa di Neville. Miles è confuso, per via dei sentimenti che prova per Rachel e Nora. Rachel intraprende una missione pericolosa per infiltrarsi nella Torre, prima che Monroe abbia la possibilità di accedere alle armi nucleari. Miles è costretto ad affrontare un suo allievo, Alec. La presidente Foster decide scatenare una guerra contro Monroe e chiede appoggio a Miles.

Monroe invia un messaggero a Miles per fargli sapere che, se non si consegnerà, ucciderà tutti gli abitanti della loro città natale, compresa Emma, l'ex-ragazza di Miles che lo aveva tradito con lo stesso Monroe. Nel frattempo, Aaron ritrova Priscilla, che gli comunica di essersi sposata con Steve. Insospettito, Aaron scopre che Steve è un cacciatore di taglie, intenzionato a consegnare Priscilla alla Repubblica di Monroe. Una volta libera, Priscilla rivela ad Aaron di avere una famiglia in Texas, e si congeda da lui dicendogli che lo amerà per sempre.

Neville si allea con Miles per rapire il Dottor Camp e impedire che Monroe finisca di costruire le sue armi batteriologiche. Ma Nora e Charlie non vogliono adottare i metodi di Monroe, quindi si ribellano a Miles stesso e liberano gli ostaggi. Intanto Rachel e Aaron continuano il loro viaggio verso la Torre, ma scopriamo che il Diario di Warren non e' un semplice libro.

Monroe rischia la vita in un attentato e Jeremy ne fa le spese, essendo il maggior sospettato del complotto. Charlie resta isolata dal gruppo e, solo il grande coraggio di Miles, le fa evitare il peggio. Rachel guarisce da una profonda ferita, grazie a una misteriosa capsula che impianta proprio nel punto interessato. Aaron resta sbalordito e cerca con entusiasmo di utilizzare la tecnica con altre persone. Miles vuole partire alla ricerca di Nora, ma la pragmatica Foster lo induce a riflettere.

Nora viene torturata e poi abbandonata, perché creduta morta. Monroe scopre che Rachel ha tentato di raggiungere la Torre, ma non e' al corrente dei piani che lei ha per eliminarlo. Miles e' disperato, perche' molti dei suoi contatti sono stati brutalmente assassinati. Charlie Neville, Jason, Hudson, Sanborn e Miles riescono a fatica a raggiungere Rachel e a salvarla da morte certa.

Monroe riesce ad entrare nella Torre insieme a Rachel, ma vengono subito attaccati e costretti a nascondersi. Poco dopo Miles, Aaron, Nora e Charlie entrano nella Torre grazie a Neville e Jason che si sacrificano cadendo prigionieri della Milizia. Mentre Neville organizza la sommossa dei soldati contro Monroe, dentro la Torre Rachel si riunisce alla figlia e ritrova gli scienziati che il giorno del blackout aveva lasciato nella Torre e che dava per morti.