カディの家に車で突っ込み国外逃亡していたハウスは、12ヵ月間服役することになるが、模範的な態度により刑期が８ヵ月に短縮されることに。５日後に仮出所を控えたハウスは、収監者ニックに肘と膝の痛みを訴えられるが相手にしない。だが、診療所の女医アダムズの診断を偶然耳にしたハウスは異論を差し挟み、ニックの体を調べる。一方、刑務所を牛耳る男にハウスは、自身に処方されているバイコディンを毎日１錠上納していたが、仮釈放までに20錠用意しろと脅される。

カディが病院を去り、新たに院長に就任したフォアマンは、移植用に摘出された肺を12時間以内に治療するという難しい案件のためにハウスを出所させる。ハウスのオフィスは奪われ元部下たちも病院を去っていたが、脳神経外科でボスを殴ったアジア系の新人パクと診断に取りかかる。ドナーは18歳の大学生で、オールナイトでポーカーをした後、バイク事故に遭い心肺停止。ウィルソンの患者に肺を移植しようとしたところ異変が生じた。ハウスはコカインを疑い自宅を調べる。

ある財団に100万ドルの寄付をしたベンジャミンは、直後に道端で倒れる。診断チームを立て直すために予算が必要なハウスは、寄付目当てに診断を引き受け、刑務所での仕事を解雇されたアダムズを呼び、ボランティアで診断に協力させる。ベンジャミンが、家族に愛想をつかされても苦しい人たちを助けるのは義務だとする極端に利他的な行動を、パクは病気の症状と見なすが、状態が安定しているため、フォアマンは退院を命じる。しかしその矢先に頻脈を起こし、診断をやり直すことに。

代々続く家業のCEOであるサドは、経費削減のために国内事業の中国移転を予定しているが、娘は何千人もの従業員が職を失うことになるため猛反対。そんな中、サドは周りのものが小さく見える視覚異常が現れ入院する。ハウスたちは甲状腺中毒症だとの診断を下すが、今まで小さく見えていたものが今度は大きく見えるため不思議の国のアリス症候群（小視症）と考える。一方、ハウスは元上司との間のセクハラ疑惑事件で審問会を控えるパクと、クビになるか否かで賭けをすることに。

亡き父に憧れてピエロを目指すベンは、ある誕生会で子供に股を殴られ手足が動かなくなる。母親と再婚相手はベンの進路に反対していたが、親となったタウブがベンの肩を持ち、チーム内で子育て議論が巻き起こる。ベンの診断は難航し、やがて鼻と口から出血したことからチームは再生不良性貧血を疑う。一方、ウィルソンが、家でハウスと観る約束をしていたボクシングの試合のチケットを手に入れる。ハウスは仮釈放中で監視装置付きのため会場に行けないが、根回しをすると言う。

フォアマンから指示された、14歳の誕生会で間欠性発作を起こしたアイリスの診断を部下たちに任せたハウスは、セラピーで出会った男の息子の真の死因を独自に調べる。４歳で腎不全を患いベルジェ病で死亡したとされる少年の墓地を訪れ、さらには少年が住んでいた家にも行ったハウスは、フォアマンやウィルソンに勝手な行動を注意されるが聞く耳を持たない。一方、アイリスには次々と別の症状が現れ、下腹部と胸の痛みを訴え生理も不順なため、チームは妊娠を疑う。

検察官トミーが、裁判中に発作を起こして病院へ運ばれる。一通り検査を行うが、ハウスは妻が毒を盛ったと考えてアダムズとパクに自宅を調査させる。すると大量の銃を保管した隠し部屋が見つかり、トミーは政府が崩壊した時のために妻に内緒で隠し持っていたと主張。アダムズは妄想症だと考えるが、コカイン使用、ファール病などが候補に上がり、全てを検査することに。一方、仕事漬けのフォアマンはタウブに恋人が必要だとアドバイスされ、ある女性と親密になるが･･･。

妻ナタリーに連れられて、若年性アルツハイマーのアンドレアスは病院へ。進行状況を確認中に血を吐き、嘔吐したためチームが診断することになる。タウブが休暇中のためフォアマンが協力するが、ハウスはいちいち反抗的な態度をとる。チームはアンドレアスに胃カメラの検査をするが、再び嘔吐し、彼が献身的に看病する妻の顔面を殴るのを目撃する。一方、ウィルソンが、外来の患者が性的関係に一切興味がない無性愛者だと話すと、ハウスは反論し100ドルを賭けて原因を突き止めることに。

18歳のキャリーが父親と共に外来診療を訪れ呼吸障害を訴えるが、ハウスは親子を偽ったホームレスだと見抜く。キャリーは逃げようとするが耳から出血し、入院することに。アダムズは彼女が未成年だと考え、ソーシャルワーカーに連絡すべきだと主張するが、ハウスは診断を続ける。学校にも通い成績優秀なキャリーは、なぜホームレスなのか？ やがて母親が現れるが、キャリー は拒絶し病状は悪化する。一方で、ハウスは南北戦争時代の南軍の軍服を着て兵士になりきる兄弟を診察する。

フォアマンは、かつての恩師でマーシー病院の神経内科長コフィールドに、患者が暴れてチェイスの胸にメスを刺し、重傷を負った事件に関する懲罰審問を依頼する。停職処分になれば仮釈放が取り消されてしまうハウスは、他のメンバーと共に個別で事情聴取を受ける。高校の化学教師ビルがジョギング中に意識を失い、四肢麻痺を引き起こして入院してきたことが、ことの始まり。ハウスは化学実験中の爆発が原因だと考えて診断を進めるが、アダムズの意見に同意したチェイスは･･･。

患者にメスで刺されて一時は脚が麻痺するが、一命を取り留めたチェイスは３週間仕事を休み、女性との快楽にふけっていた。ハウスに復帰時期を聞かれ、わからないと答えるものの、リハビリをしに病院へ来た際に、フォアマンから、ハウスのもとへ戻らなくてもよいが外来診療の借りが20時間あると言われて渋々診療へ。左肩の痛みを訴える修道女を志願するモイラを診察すると、胸に小さいしこりがあるため入院させることに。検査を続ける中で、チェイスはモイラと心が通じ合うが･･･。

結婚救済セミナーを行っていたカウンセラーのジョーが、講演中に突然倒れる。以前、彼は企業対象のセミナーを行っていたが、妥協することの大事さに気づいた後、妻マーリーンとの出会いにより人生が一変したという。タウブは肺塞栓症を提案し、ハウスは検査するよう指示する。さらにチェイスが刺された件以来、互いを気遣い和やかな雰囲気になった診断チームに秩序をもたらすため、リーダーを選ぶと告げると、パクだけが立候補する。一方、ハウスのウクライナ人の妻ドミニカが会いにやってくる。

視覚障害者のウィルは、婚約指輪を買った直後に騒音が引き金となり、幻聴と見当識障害を起こして病院へ。ハウスはパクの提案した反射性てんかんに同意し、脳波検査を指示する。病院には恋人が駆けつけるが、ウィルはタウブとパクに自宅に指輪を隠して欲しいと頼む。診断を続ける中、患者の自宅へ行った際に盗み食いをしたパクが薬物によりトリップしてしまう。一方、ハウスは突然訪ねてきた母ブライスから逃げ回るが、ウィルソンは彼女がガンであると考える。

米軍による民間人誤射の映像を流出させた罪で起訴されたブラント上等兵が、アフガニスタンから帰還する。だが、空港に出迎えに来ていた陸軍大尉の兄へイズの目前で、ブラントは発作を起こして倒れてしまう。症状は全身性強直間代発作だが脳は正常。パクは刑務所に入るのが嫌で仮病を装っていると疑うが、患者の容態はどんどん悪化していく。一方、ハウスが珍しく注意力散漫なことが気になるアダムズは、バイコディンの乱用から肝性脳症を疑い、ウィルソンに相談する。

マイナーのホッケーリーグでプレーするボビーは、試合中に相手選手を殴った後、喀血して倒れる。ハウスはタウブの提案を退け、チェイスとアダムズに検査を命じる。乱闘が嫌いなタウブはホッケーの品位を落とすと主張し、これまでの乱闘による外傷が原因だと主張するが偏見があると批判されてしまう。一方、ウィルソンが父親になれないでいることを悩んでいると考えたハウスは、ウィルソンが昔付き合っていたベスが、実は11年前に妊娠していたことを打ち明けるが･･･。

隣人モリーと出かけた遊園地で、目から流血したヘンリーがやってくる。ヘンリーにはエイミーという同棲中の恋人がいるが連絡が取れない。血液検査も頭部造影CTも正常と判明し、アダムズはヘンリーがジャンキーだと考え自宅を調べることに。すると、驚くことにベッドで眠るラブドールを発見し、ヘンリーの恋人が人形だったことが分かる。一方、ハウスはお気に入りの娼婦エミリーが引退するため、後がまの面接を進めるが、ドミニカの助けを借りてある企みを実行する。

８歳の少年ルーが悪夢にうなされ呼吸困難に陥る。目を覚ました後、呼吸が停止したためERへ。ハウスは少年がモン族の子だと知り、80年代に100人以上のモン族の男性が夜間突然死症候群で死亡したケースと関わりがあると考え興味を示す。毒物の吸入による肺障害と上気道感染が疑われたため、タウブとパクが自宅に出向くと、切り刻まれた豚の死骸など祖父による悪夢を追い払う儀式の痕跡が。母親は悪夢と病気は関係ないと主張するが、不可解な現象が次々と患者に襲いかかる。

ATという先天性疾患を抱える６歳のエミリーが、父親サイモンの見ている前で鼻血と呼吸困難を起こしメリーゴーラウンドから落下する。発生遺伝学者で、別居中の母親エリザベスが診断チームに助けを求め、共同で診断に当たることに。エリザベスはATとは別の病気の症状だと主張し、チームはパクの提案に沿った検査を行う。一方、胸腺腫が発覚したウィルソンは、誰もが難色を示す大量の抗がん剤を投与することを決意。過激な治療法に、ハウスも最初は反対するのだが･･･。

プリンストン大学病院の病理医トライバーが、剖検中に自らの額をメスで切り開こうとする。トライバーはハウスの誤診率が低いことから、ハウス以外の診断を拒む。トライバーとチェイスが犬猿の仲だと知ったハウスは、面白がって診断を引き受けることに。一方、化学療法を終えたウィルソンは、人生を身勝手で軽薄に楽しむことを決意し、高級スポーツカーを購入。ハウスを誘って旅に出る。診断チームはハウスの不在を隠し、チェイスがトライバーの診断に当たる。

男性チアリーダーの大学生デリックが、練習中に鼻出血とめまいを起こして病院へ。診断チームは、彼が10年前に死んだ弟の声を聞く幻聴を起こしていることを突き止め、生理的なものだけでなく心理的要因も考慮に入れる。一方、無謀な化学療法にもかかわらず腫瘍が縮小しないウィルソンは、治療に苦しむのではなく残された時間を普通に過ごしたいと考える。親友を死なせたくないハウスは何とか説得しようと試みるが、ついにはウィルソンを怒らせてしまう。

クスリを打ち意識が朦朧としながら、燃え盛るビルの中で目覚めるハウス。そばには男性の死体があり、幻覚として現れたカトナーに誰かとたずねられたハウスは、彼は外来にやってきた患者オリバーだといい診断時のことを思い出す。オリバーのある癖を見抜いたハウスは、チームでの診断を引き受ける。部下たちは仮出所が取り消され刑務所に戻される状況にもかかわらず、ハウスが落ち着いていることを不思議に思うのであった。