ビルの崩壊事故で、がれきの下敷きになった女性を助けようとするが死亡してしまい、ショックを受けたハウスにカディは愛を告げる。２人は一夜を共にし、翌日は一緒に病院を休むことに。その頃、病院では唯一の神経外科医リチャードソンが病気になり、神経外科医が常駐していないとERとICUを閉鎖しなければいけないという緊急事態が発生。カディには連絡が取れない中、フォアマンらチームのメンバーは自分たちで打開策を見つけようと必死になる。

スケートボードのショーの最中に、健康そのものの14歳の少女デラが突然不整脈で倒れる。検査の前にデラの腎臓に異常があることがわかり、原因を調べるうちに難病の筋ジストロフィーを患うデラの兄が治療の鍵をにぎっていることが判明する。一方、人事部に付き合っていることを報告したカディとハウスは、病院に不利益を与えないための恋愛合意書にサインさせられる。ハウスの監督者は引き続きカディが務めるが、２人の関係の変化が仕事にも影響を与えることに･･･。

世界的な人気小説「少年探偵ジャック・キャノン」の著者アリス・タナー。最終巻を書き上げ拳銃自殺を試みるが、発作を起こして未遂に終わる。ERに運ばれたアリスは診察を拒むが、彼女の小説のファンであるハウスは自殺未遂を見抜き、72時間の措置入院をさせる。原因となる要因をアリスの家で探りながら、ハウスは最新作に秘密が隠されているとにらみ解読にとりかかる。カディとの共通点を見つけたいハウスは、ウィルソンとサムとのダブルデートを思いつく。

サーティーンの後任としてチェイスはブロンド美女の精神科医ケリーを雇うが、ハウスは元妻キャメロンに未練があるから似た女性を雇ったといい、フォアマンも厳しくあたる。そこへ30歳のマーガレットが激しい腹痛を訴えて病院へ。ケリーに診断させるが、ハウスはことごとくそれを否定する。やがて肋骨を骨折して手術した跡が見つかり本人に確認するが、そこから他人のIDを使っていることが発覚。元夫の虐待から逃れるために、別人に成り済ましたと弁明するが･･･。

出産直後の赤ん坊が呼吸障害で新生児集中治療室へ。手術のため開腹すると血圧が急激に低下し、手術は中止となる。肝臓の血管異常を疑い投薬すると症状が回復するが、数値に異常が見つかる。再び症状が悪化した赤ん坊に母親アビーの血液を輸血すると、赤ん坊の血色が戻ったことからチームは母親の血液に注目する。一方、カディに娘レイチェルの子守りを頼まれたハウスは退屈でウィルソンを呼ぶが、目を離した隙にレイチェルが硬貨を飲み込んだ疑いが生じて２人は焦る。

中間選挙の投票日が迫る中、アンダーソン議員と議論中に選挙参謀デューガンに謎の発疹が広がる。議員の依頼で診断に当たるハウスは、症状から薬物中毒を疑い自宅を調べることに。だが、カディが採用したサーティーンの後任の天才医学生マスターズは、本人の了承なしに自宅に入ることを拒む。結局、自宅の調査から大腸菌への感染が疑われ治療するが、突然麻痺が起こり症状は悪化する。ハウスのやり方に強く異議を唱えるマスターズを、なぜかタウブは毛嫌いするのだった。

バミューダで家族でスキューバダイビングをしている最中に、200年前に沈没した奴隷船から見つけた瓶を割って手を切った少女ジュリーは高熱や嘔吐などの症状で病院へ。絶滅したはずの天然痘だと考えられ、家族４人は隔離室に入れられる。天然痘の検査は陰性と判明するが、間接液を採取中に天然痘特有の白い発疹ができており疾病予防管理センター（CDC）に連絡する。CDCにより病院は封鎖され、責任者とハウスは意見が対立。そんな中、ジュリーの父親も倒れてしまう。

十字架にはりつけになった後、血を吐いて病院へ運ばれてきたラモン。４年前に娘が末期がんの告知を受けたとき、娘が生きている限り十字架に磔になると神と誓いの契約を結んだところ、娘の腫瘍は消え完治したのだという。無神論者のハウスは、娘のカルテを手に入れウィルソンに確認させる。ハウスはラモンの診断に苦戦する中、ラモンに本心とは異なる感情が無意識に出る症状が現れ始める。一方、タウブは妻レイチェルの浮気を疑い、ウィルソンとサムの関係にも変化が･･･。

地下鉄の線路に女性が倒れているのを見たバンドのベーシストのジャックは、娘をホームに残して線路に飛び降りる。電車がホームに入ってくるが、ジャックが女性の上にかぶさる形で２人とも助かる。だが、立ち上がった途端にジャックは倒れてしまう。症状は失神と心電図異常だが、ハウスは彼の英雄的行為は脳の異常に起因すると考える。やがて検査中にジャックは心停止を起こす。一方、カディの誕生日の食事会で彼女の母親と顔を合わせる予定のハウスは、憂うつで仕方がない。

非行少年たちの更生施設で、鬼教官ドリスコルが背中の痛みを訴え病院に運ばれる。排尿障害もあり、検査のためにマスターズが採血するとドリスコルは彼女に殺されるという妄想から首を絞めるといった、精神疾患の症状も示す。キャンプ生が特訓に嫌気がさして毒を盛った可能性を考え更生施設を調べると、特にしごかれていたランドンに疑惑が生じる。カディは娘レイチェルをエリート幼稚園に入れたがっているが、可能性は低いと考えたハウスは密かに特訓を開始する。

カディの母親アーリーンが心臓に異常を訴え入院し、頼まれたハウスは渋々診断することに。検査では特に異常はないが、15年間続いている症状との関連性を訴えるアーリーンに、ハウスは自分が何らかの病気だと思い込む心気症を疑う。念のためアーリーンの自宅を調べると、驚きの事実が発覚。さらに鉛中毒を引き起こすメキシコの胃薬が見つかる。カディは妹ジュリアにだけ、母親がその事実を打ち明けていたことにショックを受ける。一方、離婚したタウブはホテル暮らしを始める。

思春期以降に起きた出来事を全て記憶しているウェイトレスのナディアが、給仕中に突然倒れる。ハウスは超記憶症候群と考えるがMRIで腫瘍は確認されなかったため、フォアマンが自宅を調べることに。やがて姉エレーナが見舞いにやってくるが、ナディアは過去の不快な記憶がよみがえり恨み言をぶちまける。タウブは病理学の再認定試験で不合格となり、ハウスは追試に向けてフォアマンに家庭教師を命じる。一方、傷心のウィルソンには女が必要だと考えたハウスは･･･。

小学校の“お仕事紹介の日”で、医師の仕事について話したハウス。他の職業の大人たちの1人と取っ組み合いのけんかとなり、校長室に呼ばれる。そこへ学校の裏でキスをしかけていたところを見つかった小学生のコリーンとザックが連れてこられる。校長を待つ間、ハウスの話を聞いていた２人は恋人のカディが怒っていた理由を知りたがる。一方、ハウスはコリーンの目にあざができている理由を突き止めようとする。小学生２人組とハウスのそれぞれの事情が明らかになっていく。

不況のあおりで会社が倒産し、妻ダイアンに内緒でパートの清掃員として働いていたバート。殺人現場の清掃を終え、妻とレストランで食事中に前菜の生タコを食べた後、手に発疹が現れ病院に運ばれてくる。診断チームは感染症を疑い、休憩場所に使っているバートの旧オフィスを調べると、様々な薬品が見つかる。一方、チャリティーパーティーでカディが賞を受けることになり、嫌々出席の返事を出したハウス。ウィルソンはハウスが何かしでかすのではないかと気が気でない。

16歳のライアンがバスケの最中に血を吐き病院へ。タウブは彼がうつ病であることを見抜き、不安を取り除くために吸っているマリファナが原因だと考え治療するが、病状は悪化していく。カディは尿に血が混じっていたため検査を受けることに。やがてウィルソンの検査によって腎臓に腫瘍が見つかり、カディは最悪の場合を想定して遺言書の作成を始める。ライアンのことを気にかけるタウブは自宅を調べに行き、一方で、ハウスはカディのことが心配で診断に集中できなくなる。

暴れる牛を乗りこなすロデオのプロ、レインは競技の後、突然動かなくなり牛に踏みつけられて重傷を負う。カディにフラれたハウスは再びバイコディンを常用し始める。５つ星のホテルに泊まっり遊びまくって病院に来ないため、フォアマンたちは電話で指示を仰ぎながら検査を行う羽目に。ハウスのことを心配するウィルソンはカディに復縁を考えるように言うが、カディはハウスとやり直すつもりはないと言う。一方、レインには次々と違った症状が現れ、診断は難航する。

刑務所の外で人を待つハウス。出てきたのは半年間の刑期を終えた、元診断チームのメンバーのサーティーンだった。服役理由を聞き出そうとするハウスに、サーティーンは過剰処方だと答えるがハウスは納得せず、例年出場しているジャガイモバズーカ大会へ同行させて真実を聞き出そうとする。一方、中学校教師ブライアンが喀血で病院へ運ばれてくる。ハウスと電話で連絡を取りながら診断を行うチーム。毒物を疑い自宅を調べると、そこは足の踏み場もないゴミ屋敷だった。

学生最後の日を迎えたマスターズは診断科で働くのは最後だと思っていたが、ハウスが診断チームのインターンを募集していることを知り、卒業後の進路について迷い始める。チームにはサーティーンが復帰。そこへ最年少で世界一周航海を目指している16歳の少女ケンドールが、予行演習中に突然倒れて運ばれてくる。幼い頃から一つのことに打ち込んできたケンドールのことが気がかりで仕方がないマスターズ。診断チームでのインターンシップを申し込むことをハウスに伝えるが･･･。

宝くじで大金を手に入れたサイラスは、いとこのフィルを運転手として雇って出かけた、かつての恋人ジェニファーを探す旅の最中に突然脚が動かなくなり倒れる。脳の症状ではあるが、検査で脳に異常はなかった。チームは電化製品の修理人だったこと、食事を缶詰で済ませていたことのどちらかに原因があると考える。そこへジェニファーを名乗る女性が現れ、サイラスは大喜びするが…。一方、カディの母親は医療ミスで病院を訴えると言い出す。ハウスは和解交渉の場から逃げ回るが･･･。

新開発ミサイルの実験中に発作を起こしたウェンディ。同僚で恋人のシーザーが、元恋人のトニーが薬を盛ったと証言するが何も出ない。ウェンディの自宅から大量の酒瓶が見つかり依存症を疑うが、本人は完全に否定する。アルコール性急性膵炎、ストレス、そのほか複数の病名があがるが意見がまとまらない。ボクシングの試合でウィルソンと賭けをして負けたハウスは、診断そっちのけで八百長だったと証明するため選手を訪ねる。だが、瞳孔に病気の兆候を見つけて賭けは無効だと主張する。

サーティーンの刑務所時代の元同房者ダリエンが、脇腹を刺されて自宅を訪ねてくる。病院へは行きたくないというので、サーティーンは彼女を家で処置することに。だが、手に負えずチェイスに応援を要請する。ハウスは脚の状態を改善するべく、密かにマウスで実験中の治験薬を自身に投与していたが、副作用で右腿に腫瘍が３つもできてしまい深刻な事態に陥ってしまう。一方、恋人ルビーから妊娠を告げられたタウブは、動揺してフォアマンと共にストリップクラブへ。

天才パフォーマンスアーティスト、アフスン・ハミドが新作の披露中に突然倒れる。右腿の腫瘍摘出手術を受けたハウスは病床で診断を行うが、実はアフスンの病室にあるぬいぐるみに隠しカメラが入っており、治療の一部始終を撮影して次の作品に使おうとしていたことが判明する。他の病院で診察を受けていたことも見抜いたハウスに、アフスンは挑発的な態度をとって診断をうながす。一方、破局したカディとのままならない関係に、ストレスが頂点に達したハウスは･･･。