足の痛みのため常用していた薬の中毒症状が悪化し、幻覚を見るようになったことから自ら精神科病院に入院したハウス。薬が体から抜けると、いつものように反抗的な態度に出るが、担当医ノーランは薬物中毒よりも根深い問題を抱えていることを指摘。長期療養を勧められたハウスは、早く退院したいがために処方された薬をのまずに独自の作戦を実行に移す。その間、病院の患者たちと嫌々ながらも交流する中でハウスはノーランに助けを求めざるを得ない状況を招いてしまう。

自身の内にある問題を認めて真面目にリハビリに取り組んだハウスは、退院を許可されてウィルソンと同居する。カディには病院を辞めると告げ、カウンセリングを続けているノーランから趣味を持つよう勧められたハウスは料理にハマる。ハウスに代わって診断チームを率いることになったフォアマンは、ゲームソフト開発中に手に焼けるような痛みを感じて運ばれてきたヴィンスの診断に手こずる。一方、すぐに料理に飽きたハウスは足の痛みを強く感じるようになる。

国賓としてアメリカを訪れていた、悪名高いアフリカの国の大統領ディバラ。裁判所の召喚状を受け取った直後に吐血し、運ばれてくる。部長としてフォアマンは、恋人と同じ職場では働けないと辞職を促したサーティーン、転職したタウブに代わり、古株のチェイスとキャメロンを呼び戻すが、大量虐殺に関わるディバラの診断に気乗りしない。一方、仕事をすることで足の痛みが軽減する効果を自覚したハウスは、医師免許をはく奪されたまま非公式に診断に関わることに。

億万長者ロイは、一向に状態がよくならない息子ジャックの診断のためハウスらの元へ。処置により一時は腹痛も消えて回復に向かうが、突然発作を起こし状態は悪化。意識が戻らない息子を前に、ロイは自分が多額の資産を手に入れた報いで病気になったのだと言う。一方、アフリカの国の大統領ディバラ死亡の件で、チェイスが行った不正に気づいたフォアマンは事態の発覚を危惧する。その頃、ハウスはひとりになるためにタイ旅行へ行くというサーティーンと会っていた。

逃亡者を追跡中にビルから転落した刑事ドニー。先祖が三代に渡って40歳で心臓病で死んだため自分も40歳で死ぬと信じていた彼は、元恋人が密かに息子を育てていたことを知り驚くが家族を持つ気はないと突き放す。診断チームはドニーの心臓を検査をするが異常はなく、先祖の遺骨にも遺伝子変異は見つからない。だが、退院から4時間後にドニーは死亡し、解剖が行われるが…。一方、患者ディバラを死なせた罪悪感に一人苦しむチェイスにキャメロンは不審を抱く。

手足が腫れて意識を失った16歳の女の子ジョーダンが運ばれて来る。ロックバンドのツアーパーティーに参加した夜にメンバーと屋上へ行き、プールのゲートを飛び越えた際に筋肉を損傷したと考えられたが、実はジョーダンは嘘をついており全く別の行動を取っていたことが発覚。さらに症状が悪化して現実と虚構の区別がつかなくなる。一方、ハウスはウィルソンと共にカディも参加する学会へ。会場で開かれたパーティーでハウスとカディは互いに思いを打ち明けるが…。

医師免許を取り戻して診断チームのボスに復帰したハウスは、羞明を訴えるポルノ俳優ハンクを診ることに。チェイスから患者を故意に死なせたと告白されたキャメロン。夫婦で困難を乗り越えるために辞職することを決意するが、一時的にハンクの診断を依頼される。ハウスはタウブとサーティーンを復帰させ、フォアマンを含めた4人チームの編成をもくろむがサーティーンは聞く耳を持たない。一方、ハンクは脳血管炎やビタミンD欠乏症、さらに髄膜炎菌血症の疑いが浮上する。

IQ187で、かつては天才と言われたが、現在は平凡な女性と結婚して日雇いのアルバイトをするサイダスが手の麻痺で運ばれてくる。診断から脾臓を摘出するが症状は悪化。チームは毒物の摂取を疑う中、タウブは彼の生き方に疑問を抱くが、サイダスは天才として生きるより平凡な幸せを選んだと答える。カディに感謝祭の予定を聞き出し、食事会に招待されたハウス。カディと私立探偵の恋人ルーカスの仲を邪魔してやろうと、嬉々として食事会に出向くが･･･。

白血病が寛解した元患者タッカーと今では友人であるウィルソン。一緒に狩りに出かけた最中にタッカーの左腕が動かなくなる。白血病の再発を主張するハウスにウィルソンは反発するが、原因がわからずチームに診断を依頼する。タッカーには若い恋人がいたが、5年前の治療が原因で別の白血病が発症したことが検査で判ると、元妻と娘と残された時間を過ごすことを選ぶ。一方、カディとルーカスが同居するため家を探していると知ったハウスはショックを隠せない。

麻薬取引中に相手が発砲した銃声で気を失い、運ばれてきたミッキー。付き添いのエディとミッキーが麻薬ディーラーであると見抜いたハウスは、手がかりをつかむために 病室に盗聴器を仕掛ける。ミッキーの言動にはどこか矛盾する点があった。一方、復帰したサーティーン、キャメロンと別れて病院に残ったチェイス、タウブらはフォアマンにあるいたずらを仕掛ける。新しいアパートに住み始めたウィルソンとハウスは、魅力的な住人ノラにゲイカップルだと勘違いされる。

美人で優秀な経営コンサルタントのヴァレリーは、同僚ラスが突然嘔吐した直後に激しい耳痛を訴える。見舞いに訪れたラスは嘔吐の理由を何者かに薬を盛られたせいだといい、彼女との浮気をほのめかす。ヴァレリーは必死に夫ビルに身の潔白を訴え成功するが、サーティーンは違和感を覚える。MRIで脳を調べると彼女は感情が一切ない社会病質者だと判明し、驚くべき告白をする。一方、ハウスは治療の一環として以前傷つけた相手に謝罪の手紙を送ることに。

将来有望な大学生のアメフト選手ダリルが、練習中に突然自分の頭を何度もヘルメットで殴り運ばれてくる。ハウスはステロイドの影響を疑うが、ダリルは強く否定。プロスカウトの前での試合を控えているから退院させて欲しいと訴える。だが、別の症状が現れる中、ハウスは刑務所から仮出所したばかりのフォアマンと犬猿の仲の兄マーカスを助手として雇うことに。一方、ハウスとウィルソンのアパートに悪質ないたずらが次々と仕掛けられる。その意外な犯人とは･･･!?

養女レイチェルが朝から熱を出し、いつにも増して慌ただしい朝を過ごすカディ。病院に出勤すると薬剤部で問題が発生しており担当者ゲイルを呼び出し事実を問いつめる。一方、病院と契約を結んでいる保険会社に診療報酬を12％に引き上げるよう要求するが、拒否される。カディは理事会に再契約に失敗すればクビだと通告される。さらに外来勤務をさぼったハウスの代わりにガン患者を診る羽目になったカディは、病院とチェイスを訴えるという弁護士の対処にも追われることに･･･。

私生活の全てを公開している人気ブロガーのフランキーは、彼氏とブログをめぐり喧嘩している最中に歯茎から血を流し病院へ。診断チームは隣人の証言から殺鼠剤が原因と考えるが、他の症状からハフ病を疑うも原因が確定できない。ブログに事細かに症状を書き込み、読者から意見を募るフランキー。一方、ウィルソンに誘われてチェイスらとお見合いパーティーに参加したハウス。借りていたポルノDVDの一本が紛失し、ウィルソンの人には言えない過去の秘密を知る。

高校卒業間近のアビーは課外授業中に酒を飲み、呼吸が停止。レントゲンやMRIなどの検査を経た後、アレルギー反応が疑われて恋人ニックに精液を提供してもらう。だが反応はなく、代わりに腎障害を起こす。再度の検査中にアビーが幻覚を見たため、ハウスは潜在意識から手がかりをつかもうとする。現れたのは彼女の父親と思われる男性だった。ハウスはある目的からウィルソンに家の家具を選ぶよう命じる。浮気症のタウブは夫婦関係を改善しようと努力するが･･･。

女児を出産したサラが眠っている間に赤ん坊がいなくなる。カディは病院を封鎖して捜索を開始。チェイスに離婚届を持って病院へやってきたキャメロンは帰れなくなり、チェイスと結婚の失敗について本音で話し合う。ハウスは封鎖解除を待ちながら死を間近にした患者ナッシュの病室で身の上話を聞き、複雑な気持ちになる。資料保管室で遭遇したタウブとフォアマンは、混乱に乗じてハウスの医療記録を見ることに。その頃、カディはある手がかりを見つけていた。

王様役マイルス、王妃役シャノンらと中世の町や暮らしを再現して野営をし、騎士道精神を重んじるウィリアム。ルネサンス祭りで一騎打ちの最中に倒れて病院へ。種々の症状から環境的な要因を疑うハウスは、チームに自宅や野営地を調査させる。一方、サーティーンはウィリアムがマイルスと婚約しているシャノンに思いを寄せていることに気づく。ウィルソンはネットで再会した最初の妻サムと交際を始めるが、離婚後に長く苦しんでいたことを知るハウスは復縁に反対する。

正直でいることで誠実な夫婦関係が築けると考え、お互いの浮気を公認しているジュリアとトム。ジュリアが愛人と密会中に腹痛に襲われ病院へ運ばれてくる。愛人から感染症をうつされたことが原因ではないとわかると、今度はトムの愛人から間接的に感染した疑いが浮上するが、トムは浮気をしていなかった。ハウスはトムに別の重大な隠しごとがあると確信する。ウィルソンがサムに対して言いたいことを我慢しているのを見たハウスは、２人を喧嘩させることに成功するが･･･。

愛するニコールとの挙式中に、花婿テッドの声が突然出なくなり失神する。病院で針を刺されると正常に戻ったテッドを、ハウスは仮病だと断定。だが、退院直後にまた気を失う。自宅を調べると、テッドの元同居人コッターという男性が現れ２人は３年間恋人同士だったという。ゲイであることをテッドは否定するが、セラピーを受けてストレートになった過去を告白。ニコールはテッドの主張を受け入れるが･･･。一方、タウブは病院のスタッフと浮気していたが別れを決意する。

ランニング中に見当識障害を起こして記憶を失った女性を、偶然ERにいたハウスが担当することに。調査の結果、女性の名前からシドニーで裕福な男性ジェイと結婚しているとわかるが、記憶は戻らず病状は悪化していく。主治医ノーランのセラピーで、サムと同居するためアパートから出ていくようウィルソンに言われたことを、気落ちした様子で話すハウス。その頃、精神科病院で一緒だったアルビーが退院してハウスの家に転がり込んでくる。最初は迷惑に思うハウスだが･･･。

クレーン運転士による誤操作で大惨事が発生。運転士は神経疾患で気絶したと考えられたが診断はチームに任せ、事故現場で診断に当たるハウスは、瓦礫の下に右足を梁に挟まれて動けないハンナを発見する。二次崩壊の危険もあり消防隊長は足の切断を提案するがハンナは反対し、危機的状況の中でハウスは切断しない道を模索する。一方、今朝渡した引っ越し祝いにカディが戸惑った理由を聞くハウスは、昨夜ルーカスと婚約したという告白を聞き強い衝撃を受ける。