恋人アンバーの死が原因で2カ月休職していたウィルソンが復職するが、ハウスは会おうとしない。そんな中、フォアマンら4人の診断チームを率いて、会議中に幻覚を見て錯乱したウイメンズ・マジョリティの会長の助手ルーの診断を行うハウス。過労が原因だと判断するが、下血した彼女が妊娠していたことが発覚するも胎児の存在が確認できず、状態は悪化していく。一方、ウィルソンが病院を去ることを知ったハウスは仕事が手につかなくなる。

同じドナーから臓器提供された人々が次々に命を落とし、角膜移植したアップルと瀕死の老人フランクだけが生き残っている。ウィルソンから絶交されたハウスは診断に集中できず、「ガンだ」と繰り返すばかり。アップルに幻覚が出たため脳に異常があると考えたハウスは、私立探偵ルーカスに関係者たちの調査を依頼する。だが、時間がなくなってきたことから仕方なくガンの治療を始めるチーム。その頃、ハウスはルーカスにウィルソンの調査を命じていた。

視覚性失認を発症し、描く絵が歪んでしまう画家ブランドン。脳腫瘍を疑うが検査ではシロ。次にドラッグの検査を嫌がるブランドンを見て、ハウスは彼が嘘をついていると推測する。案の定、ブランドンは恋人に自分が売れない画家であることを隠すため、臨床試験の試験薬を3種類も飲み生計を立てていたことが判明。チームは試薬を抜くために透析を行うが、別の症状が出る。その頃、ルーカスにチームのメンバーを調査させていたハウスはタウブの秘密をかぎつける。

亡くなった父親の葬儀に出かけようとしないハウス。中国まで行って見つけた実の両親から「娘ではない」と拒絶された直後、吐血して倒れたニコルを診断する。中国人医師から処方された甘草により、チームはＳＡＲＳだと判断するが診断は二転三転して治療は進まない。一方、カディに睡眠薬を盛られたハウスは、ウィルソンが運転する車で葬儀に向かうことに。妨害工作を試みるハウスは「父親は実の父親ではない」という憶測をウィルソンに告げる。

サーティーンと行きずりの関係を楽しんだ女性スペンサーが、発作を起こしＥＲに運ばれてくる。ハウスはハンチントン病が進行しているサーティーンが、自暴自棄になったと意地悪く喜ぶ。自制心を失い、ハウスからクビを言い渡されたサーティーン。スペンサーの病気が余命10年のＬＡＭだと診断されて、自分と似た境遇の彼女に心を寄せるが…。一方、不審な行動をハウスに問い詰められたウィルソンは、娼婦と付き合っていると告白する。

出産前のベッカの子を養子にもらうことが決まったカディに対し、ハウスは母親失格だとしつこくケチをつける。やがてベッカの胎児が肺低形成になっていることが判明。同時に母親も胎盤剥離を起こし、カディの心は揺れる。一方、時間が飛ぶ意識喪失を起こし、夢遊病だと診断された、娘と２人暮らしのハーモンを監視するタウブとサーティーン。患者が眠ったままコカインをやっていたことを突き止めるが、ハウスは娘も夢遊病であることを見抜き遺伝子疾患を疑う。

7年前、強盗に恋人を殺され、広場恐怖症となったノージックが発作を起こす。患者と話したことがあるキャメロンは、ハウスのチームと共に彼の家で検査を行うことに。チームは発作を誘発して原因を探ろうとするが、腹痛を発症。患者を騙して眠らせ、強引に病院でオペを行おうとするが、カディにバレて事態はこじれる。養子の話が流れて落ち込むカディと衝動的にキスをしたハウス。なぜかカディとまともに話をしようとせず、ウィルソンは気をもむ。

両親を亡くし工場で働く16歳のソフィアが、肺に水が溜まり倒れる。自分と似た境遇にカトナーが親身になるが、検査の最中に、彼女が父親に強姦されたために両親を死んだことにしたと嘘をついていたことが発覚。やがて急性前骨髄球性白血病であるとわかり骨髄移植が必要になるが、両親からの移植を頑なに拒むソフィアには、まだ他に秘密があった。臨床試験への参加を希望するが、ハウスに断られたフォアマン。カディに協力を仰ぎ、能力を証明するために4歳のジョナを診断することに。

16人の医師に診てもらったが病気の原因がわからないジェイソン。診断目的でカディのオフィスに患者7人と看護師、サーティーン、ハウスを人質に取って立てこもる。ハウスは麻酔薬を打つ作戦を取るが失敗し、電話を介してチームと共に本格的な診断を開始。だが、診断はことごとく外れ、ハンチントン病を抱えるサーティーンが立て続けに検査薬の試し打ちをされて致命的な状況に陥っていく。一方、病院に到着したSWATは狙撃手を配備していた。

フィットネス・トレーナーのエミーが、CM撮影中に意識を失い倒れる。健康を売りにするエミーが胃のバイパス手術を受けて痩せたことが判明し、反感を持つ診断チーム。次々と違う症状を発症するエミーの診断は困難を極める中、ハウスは彼女が太っていたことに着目する。ハンチントン病の治験をめぐり、激しく対立するフォアマンとサーティーンは急接近。再び病気と真剣に向き合おうと決意するサーティーンは、子供時代のつらい体験を告白する。

クリスマスの学校行事で合唱するティーンエイジャーのナタリーが、幻覚を起こし吐いて倒れる。いじめられっ子で同級生にマッシュルームを盛られたことが判明するが、自らも鎮痛剤を持っており、自殺が疑われる。その後、肺水腫に加えて脳の異常も発症して診断は難航するが、ハウスはナタリーに重大な秘密があることに気づく。同時にクリスマスのプレゼントでチームを混乱させるハウス。治験を進めるサーティーンとフォアマンは、強く惹かれ合っていく。

慢性疼痛を苦に車で自殺を図るが、妻と息子に発見され未遂に終わったジェフ。キャメロンに貸しを作られたハウスは、ジェフを診断する羽目になる。タウブは心身症が原因だと主張するが、同じ痛みを抱えるハウスは疾患を疑い検査を開始。だが、ジェフが再び自殺を図ったことから診断は振り出しに戻ってしまう。患者だったナタリーが産んだ赤ちゃん、レイチェルの里親になることを決意したカディは仕事と育児の板挟みに悩み、母親になる自信を失う。

育児のために、キャメロンに自分の仕事を任せるカディ。そこへ特別支援学級の教師サラが吐血して倒れ運ばれてくる。ハウスはキャメロンがどこまで許可するか試そうと、サラの血液異常の検査のために危険な放射線全身照射を要求。あっさり許可されて困ったハウスは検査を偽装するが、サラは心停止を起こしてしまう。レイチェルと母子の絆を感じず、苦悩するカディ。サーティーンと真剣に交際を始めたフォアマンは、愛ゆえに医師として危険な賭けに出る。

ガン研究者の第一人者だったが、8カ月前子宮筋腫を患った際、研究が自分の本当にやりたいことではないと悟り、辞職したダナ。料理教室で助手をしていたところ、突然の自然気胸で倒れる。同じガン専門医のウィルソンはダナになぜ辞めたのか問い質すが、ダナは今の方が幸せだと言う。ハウスがキャメロンをやり込めたせいで、カディはやむなく仕事に復帰。一方、サーティーンが頭痛を訴え、原因はフォアマンがすり替えた本物の治験薬のせいだとわかるが･･･。

キリストの幻覚を見たという神父ブレッソンの診断を引き受けるハウス。病院で壊死を発症した神父が、かつて少年をレイプした疑惑により教会を転々とし、無神論者となった経緯を知り関心を持つ。一方、ハウスから、どちらか１人が辞めるか別れるかの選択を迫られたフォアマンとサーティーン。破局を演じてハウスの目を欺こうとする。カディはハウスが問題を起こすことを恐れて、知人が勢ぞろいするレイチェルの命名式に出席して欲しくないと言う。

男女両方の性を持つ遺伝子モザイクで生まれ、両親の選択により男子として育ったジャクソンがバスケの試合後に倒れる。MRIを経て、内視鏡検査の際に心膜液貯留を発症するジャクソン。その頃、サーティーンが彼の部屋で自殺願望を思わせる詩を発見し、両親は苦悩の末に遺伝子モザイクの件を告白すると、ジャクソンは激しく取り乱し吐血する。その頃、珍しく機嫌がいいハウスが睡眠中に呼吸停止を起こす。ウィルソンはヘロインをやっているのではないかと疑う。

脱抑制で自分を押さえられず、思いついたことを全て口にしてしまう編集者ニック。鼻血を出して倒れ病院に運ばれてくると、診断チームに罵声を浴びせ、女性陣には性的な妄想をしゃべり倒す。脳幹に近い場所に異常が見つかったため、チームは神経サルコイドーシスの線で治療を開始する。ウィルソンが自分に嘘をついて、ある医者と会っていることを突き止めたハウス。ウィルソンは大学時代に家出した弟ダニーが、最近見つかったのだと告白する。

養護老人ホームの看護師長モーガンが発作を起こし、緑色の尿を漏らす。検査の結果、症状を偽っていたことが判明するが、彼女は「猫が死を予言した」と主張しハウスは面白がる。直後に本当の気管支けいれんを起こしたモーガンは茶色の尿を出し、背中にクモ状静脈も発症する。株に失敗して、多額の損失を出したタウブ。高校時代の知り合いで医療機器会社のＣＥＯニールと出会い、新しいレーザーメスに投資することを決意。ハウスに辞職を申し出る。

自転車で事故を起こし、ミドルタウンの病院で脳死判定されたリー。その場に居合わせたハウスは、リーがまばたきで意思表示出来ることから閉じ込め症候群だと診断し、プリンストン病院に転院させる。知人に騙され辞職を撤回するタウブに、良いアイディアを出せば復職させると言うハウス。チームは各々案を出すが、どれも間違いで診断は行き詰まる。一方、ハウスはミドルタウンにいた理由を追及するウィルソンに深刻な事態を告げるのだった。

心不全で瀕死のエディは、妻シャーロットが呼吸不全を起こすと途端に状態が持ち直す。チームはシャーロットの診断を始めるが、カトナーの姿が見えない。フォアマンとサーティーンが家をたずねると、そこには銃身自殺を遂げたカトナーの遺体があった。衝撃を受けるチームのメンバーたち。ハウスは自殺に納得が行かず、殺人の線まで疑い始める。一方、シャーロットは夫のために仮病を使っていたこともわかったが本当に重症となり、ある願いを口にする。

レスリングの試合中に爆発音を聞いて倒れた聴覚障害者のセス。ハウスは許可なく脳生検の際に人工内耳を付けてしまうが、セスは人工内耳を頑なに拒んでいたため診断の主導権はフォアマンに譲ることになる。2週間後に結婚式を控えたキャメロンとチェイス。ハウスはチェイスのバチェラー・パーティを自ら企画すると宣言する。一方、カトナーが自殺して以来不眠症に悩み、アンバーの幻覚に悩まされるハウスの症状は次第に深刻なものとなっていく。

始終つきまとう幻覚のアンバーが、ハウスの診断にも意見するようになってくる。休暇を取り自宅に引きこもっていたが、フォアマンが現われ、稽古中に呼吸困難を起こしたバレエダンサーのペネロープを診断することに。ハウスはアンバーの出した肺炎の線で診断を進めるが、自信が持てない。やがて幻覚の原因がバイコディンにあると認めたハウスは、カディに見張りを頼んで薬を断とうとする。一方、キャメロンが死んだ夫の精子を冷凍保存していると知ったチェイスは･･･。

バイコディンを断つことに成功し、カディと一夜を過ごしたハウスは上機嫌で病院へ。だが、当のカディに冷たく突き放されてしまい、彼女をわざと怒らせ真意を探ることに。そんな中、他人の手症候群を発症し血の涙を流したスコットが病院に運ばれてくる。検査の結果、ハウスはすい臓ガンを疑うが、不整脈が見つかり心疾患の線を探る。キャメロンの本当の気持ちに気づき、よりを戻すチェイス。一方、ついにカディを怒らせたハウスは衝撃の事実を知る･･･。