ビルの倒壊事故に巻き込まれ、全身に重傷を負ったミーガンが原因不明の発熱を起こす。カディからの診断チーム再編成の要請を頑なに拒むハウスは、ミーガンの診断を1日で出来たら1週間は口出ししないことを約束させる。ミーガンの日記などから、恋人ベンも知らない事実が判明。ハウスは治療を進めていくが、ミーガンンは次々と新たな症状を発症する。一方、ウィルソンはハウスのギターを人質にして、新たな診断チームを作らせようとする。

宇宙飛行士を目指す空軍大尉グレタは、模擬飛行中に視覚で音を感じる共感覚を起こす。治療の記録をNASAに知られたくないグレタは、秘密で診断を依頼。ハウスは40人の新チーム候補生に試験を兼ねて診断に当たらせるが、患者は発作を起こして病状は悪化。やがて極秘の治療がカディにバレてしまい、検査の記録を残さずに診断することは難しくなる。一方、病院内でチェイスらを目撃したハウス。ウィルソンに幻覚だといわれるが･･･。

脊髄性筋萎縮症のスタークが、車椅子に乗ったまま失神する。順次人数を減らしながら診断チームの採用試験を続けるハウスは、候補生を男女のチームに分けて診断を競わせることに。女性チームは感染症を疑い、男性チームは検査を開始する中、スタークは新たに嚥下（えんか）困難を起こす。一方、ハウスの外来患者オールモアが、ハウスの目の前でナイフをコンセントに突き刺して自ら感電する。その驚くべき理由を知ったハウスは･･･。

7人に絞られた候補生たちは、死体に襲われる幻覚を見て発作を起こした納棺師アイリーンを診断する。死者からBSEに感染したのではないかという見解により、ハウスに命じられて一同は墓を掘り起こす羽目に。さらにアイリーンは死んだ母親の幻覚を見ていることが発覚し、ハウスの祖父の存在を口にするなど妄想も起こしていることが判明する。一方、ハウスばりの強引な診断により、前職をクビになったフォアマンは採用面接を受けるが･･･。

フォアマンを強引に復職させたカディに対して、子供じみた手段で抵抗するハウス。強盗に襲われた際に咳き込んで倒れた男が、肺不全で運ばれてくる。記憶を持たない謎の男は次々に周囲の患者と同じ症状を示すことから、ハウスは周囲の人間に成りすます疾患であるミラー症候群だと確信。男の検査をする候補生たちは、自分達の内面を鏡のように映し出す男の存在に困惑する。一方、チェイスは採用試験の脱落者をめぐって大規模な賭けを始める。

CIAから診断を依頼されたハウスは、専用ヘリで本部へ飛ぶ。海外での任務中に暗殺計画に巻き込まれた可能性があることから、ハウスは限られた情報の中で瀕死の局員の診断を極秘で行うことに。一方、ハウスの代理を任されたフォアマンと候補生たちは、発作を起こした女性レーサーのケーシーを診断。フォアマンは治療を進めるが、ケーシーの病状は一転を繰り返して診断は外れ続ける。フォアマンは、急患と候補生の双方の不信感を招く。

生まれつき顔に脳瘤があるため、顔面が大きく変形した少年ケニーが再建手術のため病院を訪れる。手術前に原因不明の心停止を起こし、ハウスと候補生たちが診断に当たるが、少年のドキュメンタリーを制作する撮影隊がついて回るため集中できない。ハウスは、あらゆる手段を使って撮影を邪魔しようとする。一方、軽い気持ちで勧誘した元CIAの美人医師タージが診断チームに参加するが、的外れな意見ばかり出してハウスを後悔させる。

水槽脱出を行うマジシャンのフィンが、水中に入った瞬間に気絶した。ショーを見ていた候補生カトナーは、フィンに病気が見つからなければクビという条件を受け入れ、ハウスの反対を押し切り検査するが、ハウスはフィンの異常がトリックだと見破る。カトナーは候補生失格を言い渡されるが、フィンが輸血直後に別の症状を起こす。一方、さらに候補生の数を絞るため、ハウスはカディのTバックを取ってくるという前代未聞の課題を出す。

吐血して入院したパンク・ロッカーのクイッドは、発熱や関節痛など多くの症状を抱えており薬物依存症だった。カディから採用する候補生2名の決定を最後通告されたハウスは、クイッドを最終テストの診断患者に決める。4人の候補生たちは、それぞれに診断を下すが、クイッドはタバコを吸うなど非協力的な態度を取り続けるうちに、病状が悪化する。一方、ある男性患者の誤診に気付いたウィルソンは余命宣告を撤回するが、患者の反応は意外なものだった。

クリスマスが近づく中、シングルマザーのマギーが原因不明の麻痺症状で病院を訪れる。マギーは母親を乳ガンで亡くしているため、予防で両乳房を切除していたが、第一に乳ガンを疑われた。お互いに隠し事のないマギーと娘の関係を信用できないハウスは、マギーが嘘をついていると主張。私生活の調査を始めると、ドラッグの使用が発覚する。一方、正式に採用された3名の候補生たちに緊張感を持たせようと、ハウスはあるゲームを仕掛ける。

南極で研究する精神科医ケイトが、突然吐いて倒れる。ハウスとチームはウェブカメラを使ってケイトの診断を始めるが、医療機器がそろっておらず、検査は困難を極める。気が強く自分の考えを曲げないケイトに、イラつきながらも引かれ始めるハウス。やがて腎臓がやられていることが判明したケイトは、失神して昏睡状態に。一方、浮かれた様子のウィルソンを見て新恋人の存在を確信したハウスは、ウィルソンに付きまとって困らせる。

病院前でナースたちがストライキを起こし、デモに参加中の夫ジェフが失神を起こす。徹底して人が良いジェフを見て、ハウスは優しさも病気による症状だと考え診断に入る。やがてハウスが主張する神経梅毒が検査で陽性となったことから、部下の一人がハウスの性格の悪さも性病が原因ではないかと考え、秘かに検査すると陽性反応が。ウィルソンに恋人が出来たおかげで遊ぶ時間がなくなったハウスは、恋人に親友として遊ぶ権利を訴える。

大好きな昼メロドラマを見ていて、主演スター、エヴァンの視野障害に気づいたハウス。脳腫瘍の症状とにらんで、彼が死ぬとドラマの続きが見られないという理由から、エヴァンを誘拐して無理矢理検査する。異常は出なかったが、今度は脚のしびれを訴えて倒れたエヴァンは、次々と新たな症状を起こす。一方、病院は認可制度の検査を受けている最中で、カディにハウスの監視を命じられた部下たちは、ハウスの気まぐれな行動に振り回される。

ストリップ・クラブにいるハウスは、なぜここにいるのかもわからず、頭には外傷を負っていた。バスの衝突事故に巻き込まれたハウスは4時間ほど記憶を失い、”誰かが死にそうだ”という感覚だけが残っていたのだ。チェイスによる催眠療法や乗客の服の臭いをかぐ、さらには薬の力を借りて記憶を呼び覚まそうとするハウス。幻覚の中で黒服の女と出会うが、正体はわからないまま。やがてハウスの脳の外傷も悪化し、カディは自宅療養を命じるが･･･。

ハウスはバスに同乗していたのが候補生の一人アンバーで、他の病院に運ばれ危険な状態にあることを思い出す。原因不明の頻脈を繰り返す彼女をウィルソンとハウスはブリンストン病院へ連れて帰り診断することに。やがてアンバーは心停止を起こし、低体温法を取ってバイパスで命をつなぐが、肝臓にも症状が及んでしまう。ハウスの夢に何度もアンバーが現れ、残していくヒントからハウスは診断を続けるが、アンバーの容体は一刻の猶予を争っていた。