銃弾に倒れてから約2カ月。右足が治り、上機嫌で病院に復帰したハウスはヨガの最中に麻痺したカレンと同時に、植物人間状態で車椅子ごとプールに飛び込んだという、診断の余地のないリチャードの担当も引き受ける。「人助けをしたい」と語るハウスに、ウィルソンは驚きを隠せない。ハウスはカレンを仮病だと診断するが、病状は悪化。一方、退院が決まったリチャードの状態に納得できないハウスは、独自に過去の病歴を調べさせるが･･･。

再び足に痛みを覚え始めたハウスの元に、7歳の少年クランシーが運ばれてくる。夜中に宇宙人の幻覚を見た翌朝、庭でお尻から出血して倒れていたというのだ。出血疾患が疑われたが検査の結果と一致しない。高血圧の発作を起こした少年の心臓を調べると、本人のDNAと一致しない細胞が検出されるという驚きの結果に。一方、足の痛みが悪化し荒れるハウスを見て、カディとウィルソンは自分たちがついたある嘘が原因ではないかと悩む。

マウスの実験中に、呼吸困難で倒れた著名な研究者エズラ・パウエル。チームは肺疾患だと判断するが、エズラは検査を拒否。殺して欲しいと懇願する。チームは安楽死させることを条件に24時間の検査猶予を得るが、異常は発見できない。ハウスはエズラを騙して殺すと見せかけて昏睡状態に陥らせ、検査を続行。このやり方に反発するキャメロンに、ハウスは事前の同意のない新生児の人体実験に関するエズラの論文を読ませるのだった。

重度の自閉症で、他人とのコミュニケーションが取れない10歳のアダム。胸を押さえて絶叫したため、ハウスの元に運ばれてくる。病気ではないと主張するフォアマンに対し、ハウスは検査を命じるが結果は全て陰性だった。両親も病気ではなかったと思い始めた頃、アダムが胸水を吐き出し、心臓にも異常が見つかる。ウィルソンが癌の検査を行うと、脇の下になぜか肝細胞が見つかり謎は深まるばかり。ハウスは直接アダムに質問するが･･･。

強盗事件の現場に居合わせた、ジェレミーとトレイシーの白人と黒人の夫婦。夫の機転で難を逃れるが、妻が突然呼吸困難を発症する。治療薬を投与するとアレルギーが起こったため、チームは検査を行うが、その際に興奮したジェレミーも発作を起こす。夫婦が同じ病気だと判断したチームは、生活環境の調査を開始する。一方、ウィルソンンと看護師ウェンディの関係が気になって仕方ないハウスは、患者のトリッターと一悶着起こす。

火災現場で発見された270キロもある肥満体のジョージが、昏睡状態で運ばれてくる。目を覚ましたジョージは、すぐに退院したがるが、心配するキャメロンは一服もって足止めするという大胆な行動に出る。一方、診察中のハウスの傲慢な態度に恨みを持つ警官トリッターにより、交通違反や薬物の不法所持の罪で逮捕されたハウス。さらにトリッターはハウスの家を家宅捜索し、大量の鎮痛剤を押収。ハウスの罪状に薬物売買が加わってしまう。

植物状態の患者ゲイブの部屋でランチを楽しむハウス。そこへ見舞にやってきた息子カイルが、発作を起こして倒れる。昏睡手前のカイルが遺伝性疾患だと考えるハウスは、家族の病歴を質問するために父親を一時的に目覚めさせるが、10年ぶりに目覚めたゲイブは息子に無関心だった。一方、鎮痛剤の処方箋を偽造したハウスをかばい、トリッターに偽証したことでハウスを責めるウィルソン。トリッターの捜査の手はチームにもおよび･･･。

両親を交通事故で亡くし、幼い二人の弟妹の面倒をみる青年ジャックが運ばれてくる。職場のレストランで嘔吐し、心臓発作を起こして倒れたのだ。ハウスは病気を特定するために、ゲームと称してチームに一人一回ずつ検査をさせる。ハウスはA型肝炎を疑うが、フォアマン、チェイス、キャメロンはそれぞれの説を展開する。一方、トリッターに口座を凍結されたウィルソンは車も押収されてしまうが、ハウスは本気で取り合おうとしない。

父親ロブと一緒に、遊園地で子供向けのコースターに乗った6歳のアリスは突然絶叫する。診断の結果、胆石の名残を認めたハウスは胆嚢摘出を求めるが、離婚した母親エディが反対したため判事の意見で摘出が許可される。次にアリスの皮膚がただれたため、感染症と判断したハウス。抗生物質投与を指示するが、今後は父親が反対する。一方、トリッターの捜査は激しさを増していき、鎮痛剤を得ることができないハウスは平静さを失っていく。

ウィルソンとトリッターから、ハウスは刑務所に行かなくても済む司法取引を進められる。2か月間更生施設に入ることを承諾するという条件だったが、ハウスは断固として拒否。司法取引しない限り、鎮痛剤は処方しないと宣告される。カディが診察していた低身長病の15歳の少女アビゲイルに目をとめたハウスは、彼女の病状の原因を調べることに。ハウスはすい臓の異常を主張するが、ウィルソン、キャメロンと激しく意見が対立する。

消防士のデレクとイエイミーが消火に当たっている最中、デレクは突然呼吸を荒げて倒れる。過去に皮膚の半分以上を植皮したデレクは、その際の院内感染を疑われるが、ハウスは更年期障害と診断。だが、またもエイミーと一緒にいる最中に原因不明の心臓発作を発症する。一方、禁断症状に耐えかねて、死んだ患者の薬を奪った罪などで裁判所に召喚されたハウスは無罪を主張。裁判回避のために、ついにトリッターに謝るが相手にされない。

カディの偽証のおかげで罪を逃れたハウス。二日間の診療所勤務を命じられるが、イヴを含め、性感染症の疑いのある患者ばかりが現れることにうんざりして逃避する。カディにお金を賭けた診察を提案されて再び診療所に戻るハウス。イヴがクラミジアだと判断するが、ハウスはレイプされて感染したことを知る。ハウスは治療を精神科医に担当させようとするが、なぜかイヴは自殺未遂を図ってまでハウスの診察を希望するのだった。

車の中で恋人と抱き合っているときに、呼吸停止を起こした高校生スティーヴィー。胸水が溜まっていることがわかるが、ハウスたちは他の不可解な症状に悩む。一方、フォアマンはスティーヴィーが高校生にしては博識なことに驚く。次々と新たな症状が現れる中、やっと連絡がついたスティーヴィーの両親が病院に駆け付けてくる。ロマの一家である彼らは、独自の薬を飲ませるなど勝手な行動をとる中、病状はさらに悪化していく。

母親の運転する車で交通事故に遭ったハンナが、母娘で病院のERに運ばれてくる。ハンナが非常に稀な病気である先天性無痛無汗渉だと気づき、興味を持つハウス。ある検査を指示するが、麻痺の可能性があるため3人の部下たちは拒否。ハウスはヘリックという男性とデート中のカディの元に押し掛け、強引に検査の許可を得る。ウィルソンは、ハウスが無痛症の細胞を自分の慢性痛の治療に利用するつもりだと非難するが･･･。

子供のころに事故に遭い知的障害を患ったものの、サヴァン症候群によりピアノの名演奏家になったパトリック。ある日、演奏中に指が折れ曲がりハウスの元へやってくる。検査で心臓に異常があることを突き止めるハウス。だが、手術中に激しい発作を起こし、別の原因を探す。一方、いつもと様子が違うハウスを見て、チームはハウスが他の病院に引き抜かれるのではないかと疑う。だが、実はハウスが脳腫瘍であることが判明し･･･。

カディから在郷軍人病院で湾岸戦争症候群だと診断された、元海兵隊員のカルテを渡されたハウス。写真を見て、昨晩見た夢に出てきたケリーと同じ人物であることに驚く。ハウスは一連の検査と共に、チームに不審がられながらも夢の原因を探る目的でケリーの身辺調査を命じる。一方、身体だけの関係を求めるキャメロンと付き合うことにしたチェイス。検査の間に二人が姿を消したため、フォアマンは二人の関係が気になって仕方がない。

高齢の妊婦で写真家のエマが、撮影中に脳卒中で倒れる。腎臓がダメになっていることを突き止めたハウスは、原因と思われる心臓の疾患を治療するが腎臓は治らない。次に胎児が病気にかかったせいで母親に影響だ出るミラー症候群だと判断し、胎児に適切な処置を行うがエマの病状は悪化の一途をたどる。ハウスは胎児の中絶を勧めるが、エマは了承しない。一方、キャメロンとチェイスの情事を目撃したハウスは、カディに告げ口をする。

初対面の女性と家にいる時に、突然倒れた58歳のフラン。診察に当たったウィルソンは旅行先でハメを外して楽しんだという話を聞き、旅行時からはがし忘れていた乗り物酔い防止用パッチが原因だと判断する。だが、フランは再びめまいを起こしたため、ウィルソンはフォアマンたちと診断にあたる。一方、カディとシンガポールでの伝染病シンポジウムに参加したハウス。帰りの飛行機で乗客が嘔吐して倒れ、カディは伝染病を疑うが･･･。

託児所で8歳の兄ジャスパーと父親デランと一緒にいた際、6歳の少女ルーシーが倒れる。ハウスは若年性関節リウマチだと診断するが、今度は脳卒中を起こしたため、キャメロンとチェイスは患者の自宅へ向かい原因を探る。そこで血まみれのシャツが見つかり、チームは妻と死別した父親の性的虐待を疑う。一方、以前に譲った劇のペアチケットで、ウィルソンがカディを誘ったことを知ったハウスは、カディが好きなのかと問い詰める。

28歳の女性ループが、路上でカードゲームをしている最中に突然判断力を失い倒れる。職を転々とするループが、ドラッグをやっていると決めつけるフォアマン。家捜しした結果、ドラッグ吸引用のパイプが見つかるが、ループは呼吸停止を起こす。同じ頃、近くのホテルに滞在する両親を訪ねたフォアマンは、8年ぶりにアルツハイマーを患う母親に会う。一方、カディが自分の誘いを断り、ウィルソンとギャラリーに行くと知ったハウスは･･･。

「ハウスのようにはなりたくない」という理由で、フォアマンは辞表を提出。ウィルソンにそのことを伝えに行ったハウスは、彼のあくびにある疑いを持つ。そこへカラテの練習中に血を吐いて倒れた19歳の女子大生アディが運ばれてくる。肺には異常がないため、ハウスは感染症を疑い検査を命じる。一方、腸の異常を訴える男性を診察したハウスは、付き添いの栄養士である美しい女性ハニーをフォアマンの代わりにリクルートする。

チェスの試合で勝ったにも関わらず、突然負かした相手を殴り始めた少年ネイト。自らも頭の痛みを訴え、病院へ運ばれてくる。わがままで性格が悪いネイトを、ハウスはパーソナリティ障害だと判断するが、どんな治療も効果が見られない。やがて偶然から、ハウスらはネイトの睾丸が小さいことに気付く。一方、就職先の面接を誰かに妨害されたフォアマンは、ハウスを疑うが否定される。カディ、ウィルソンにも疑いの輪が広がるが･･･。

マイアミ沖で嵐の海から救助されたキューバ人夫婦エステバンとマリーナ。二人はマリーナの原因不明の病気をハウスに診断してもらうために、命がけでアメリカにやって来たのだ。だが、医療記録が海に流されたため、診断は難航を極める。チームのそれぞれが違う病気を疑うが、マリーナの病状は悪化していくばかり。そんな中、ハウスはチェイスに突然クビを言い渡す一方で、ついに本音を口にしてフォアマンを引き留めようとするが･･･。