ハウスは死刑囚の診断をカディに申し出る。そして病院で弁護士として働き始めた元恋人、ステイシーの協力を経て囚人を病院に搬送する。囚人の治療に、カディをはじめフォアマンたちも懐疑的だが、ハウスは自分の主張を通し、囚人が殺人を繰り返した理由が病気に関連しているのではないかと考える。一方、担当の患者にくだされた末期ガンという診断を受容できず、ハウスに助けを求めるが拒まれたキャメロンは彼に怒りをあらわにする。

末期ガンの９歳の少女アンディが自宅で幻覚に襲われ、病院に運ばれる。さまざまな検査の末、幻覚の原因はガンではなく、血栓であることが判明する。この血栓さえ除去すれば、アンディの余命は１年に延びる。しかし血栓の場所を特定するためには“検死”を行う必要があった。検死中、フォアマンが脳の海馬に血栓を見つける。除去手術は無事成功、アンディが退院の日を迎える。勇敢な彼女を見送るハウスの心にわずかな変化が起きていた。

カディが無理に仕事を続けさせたため、作業員アルフレッドが屋根から落下。医師たちは右手の指の変色を見て、血栓が原因と判断する。しかし薬の副作用で容体は悪化。原因が分からず困惑する中、ハウスがカディの家を調べるとコウジカビを発見。真菌性の肺炎と確信し、右手の切断を主張する。片手では働けないアルフレッドを思い反対するカディだが、結局はハウスの意見に従い、切断を実行。しかし左手も壊死しかけていた･･･。

アフリカで結核患者の治療にあたるセバスチャン･チャールズ医師が、米国の製薬会社でプレゼン中、突然倒れ込む。自分は結核だと言い張るチャールズ。セカンドオピニオンを求められたハウスはそれを否定するものの、最終的に結核の治療を行う決意をする。しかしチャールズは、自分が結核で死ねばマスコミが興味を示し、製薬会社の協力が得られると考え治療を拒否した。ハウスはチャールズに治療を受けさせようと策を練るが･･･。

大学を卒業したばかりのカーネルは、ショック症状に襲われ病院に運ばれた。さまざまな検査を重ねるが原因は判明せず、カーネルは吐き気や胃痛に苦しみ続ける。そんな中ハウスは、父親の嘘の中に病気の原因を見つけた。父親が所有するくず鉄工場で拾い卒業祝いに贈った金属が、実は放射性廃棄物だったのだ。放射能中毒に冒されたカーネルを救う手立てはない。死を目前に、互いに嘘を抱えていた父と息子の心は確かに近づいていた･･･。

一流自転車選手のジェフ・フォースターがレース中に呼吸停止に陥った。真っ先に禁止薬物の使用を疑うハウスだが、ジェフは血液ドーピングしかしてないと言い張る。呼吸困難の原因を探るべく、様々な検査を実施するも異常は全くなし。一方、不正行為によってヒーローを演じているジェフを許せないキャメロンは、ジェフを告発すべきか悩む。ジェフの容体が次第に悪化する中、ハウスは検査結果に異常がないことに着目する。

診察をしてくれとハウスにつきまとう、末期のエイズに冒された青年カルバン。ある朝ハウスの目の前で倒れそのまま入院、結局ハウスたちが診察することになった。さまざまな検査を重ねるが、カルバンの命を脅かす別の原因は特定できない。そんな中、カルバンの父親がお見舞いにやって来た。糖尿病で命を失ったカルバンの母親をめぐり、父と息子の間には深い溝ができていた。ハウスは２人の過去の思い出の中に病気の原因を見つける。

今回の患者は胃の痛みを訴えて来院した２人の娘を持つ母親。最初はフォアマンが診るが、ひょんなことからチェイスが彼女の担当に。しかし、最終的に彼女は死亡。診断ミスによって患者を死なせたとして、チェイスが審問を受けることになり、医師免許取り消しの危機に。ステイシーがハウスとチェイスの担当弁護士として事情を聞く中で、様々な真実が明らかになる。ハウスはチェイスのミスの原因を見抜いていた。

競馬場でてんかんの発作で倒れたアニタ。腹部には奇妙なアザもある。チェイスの医療ミスが原因でカディは３週間だけフォアマンを試験的にハウスの上司にする。フォアマンはアルコール依存によるものだと診断。しかしハウスはクッシングだと言い張る。一方のキャメロンは、アニタが複数の病院に通っていることから大ほら吹き症候群だと主張。アニタの自宅を調べるが成果はなく、自説を証明するため、ある罠を仕掛けた･･･。

パーティー会場で突然倒れた人気ジャーナリストのフレッチ･ストーン。病院に運びこまれた彼は、失語症に陥り言葉をうまく話すことができなくなっていた。そんな中ハウスは医療扶助制度の件で、カディと共にバルティモアへ出張していた。ハウス不在の中、チームはさまざまな検査を重ねるが、患者が言葉を話せないため、なかなか原因にたどり着けない。一時的にハウスの上司となったフォアマンは、チームをまとめようと必死になるが･･･。

今回の患者は運動障害を起こした34歳の女性。家事も育児も仕事も完ぺきにこなす母親だ。しかし、ハウスは予想外の症状に、彼女が何かを隠しているのではないかと疑いを持つ。一方、ハウスとステイシーとの距離は急激に縮まっていき、2人は一線を越えてしまう。夫との間で心ゆれるステイシーに選択を迫るハウスだが、ステイシーの夫につめよられ、複雑な心境に陥る。ステイシーの出した答えに、ハウスは意外な反応をみせる。

16歳のアダムが運転を誤り、石油の入ったドラム缶に衝突。全身の４割にやけどを負う。さらに心臓に異常が見つかり原因を探すが、やけどのせいで放射線を使う検査が一切できない。そんな中、アダムが検流計での検査中に突然発作に襲われる。一方、ハウスは20年前、医学部時代にカンニングをチクった男への仕返しをたくらんでいた。そして彼の理論が間違っていると証明すべく、彼が開発した新薬を、自らの体に注射したのだった･･･。

15歳のスーパーモデル、アレックスはファッションショー出演中に突然倒れ、病院に運び込まれた。脱力発作、けいれん、記憶障害など様々な症状に襲われる少女を救うべく、チームは検査を重ねるが原因は見えてこない。そんな中、いつもに増して短気で結論を急ぐハウスに、チームは不信感を抱いていた。実はハウスは脚の痛みに耐え切れず、モルヒネでごまかしていたのだ。そしてハウスは、少女の症状の原因がある“思い込み”であることに気づくが･･･。

今回の患者は欠心発作で運ばれてきた66歳の男性。心臓移植しか生き延びる方法はないと判明した患者に委員会から移植の認可がおりず、ハウスはドナー不適格とされた女性の心臓を移植しようと考える。女性の夫に接触を試みるが、彼の怒りをかってしまう。しかし彼を説得し、ドナー心臓の治療を試みる。一方、ハウスに浮気を疑われても否定し続けているが、様子がおかしいウィルソン。突然、彼が家出をし、ハウスの家にやってくる。

妻とレイプごっこをしている最中、突然呼吸困難になり病院に搬送されたボブ。症状からあらゆる可能性を探るハウスたちだが、検査結果がどうしても合わない。一方、彼の妻はボブを心配し、常にそばに付き添い献身的にボブを支える。しかし、ハウスたちの懸命な治療もむなしく、容体は悪化する一方。次から次へと新しい症状が出てくる。治療に全く効果がなく、何かがおかしいと察したハウスは、疑いの目を妻に向け始める。

心臓移植手術を終え、自宅に構えた無菌室で療養していた少女メリンダ。久々にボーイフレンドが訪ねてきたところ、突然アナフィラキシーショックで倒れ病院に運び込まれた。さっそくフォアマンたちが治療にあたるが、メリンダは心不全、麻痺など次々に新たな症状に襲われ、チームはなかなか原因を解明できないでいた。そんな中、しびれを切らしたカディが自ら治療に乗り出すが、ハウスは強引な手段を使って問題を解決しようとする。

パーティーでハウスがウィルソン、カディとポーカーをしている最中、６歳の患者がERに運ばれたと連絡が入る。担当医のカディは気にとめないが、ハウスはその幼児を診るべくパーティーを抜け出す。12年前に助けられなかった70代の患者と同じ症状だからだ。病名を特定できずハウスのチームはピンチに陥る。周囲は、ハウスが昔の患者を助けられなかったことをひきずっていると非難するが、ハウスは思い切った決断をする。

信仰治療師として信者たちの病を治す、15歳の少年ボイド。教会で脚の悪い女性を歩かせるという奇跡を起こした直後、突如けいれんに襲われ病院に運び込まれた。神と話ができるという少年に次々とプライベートの話を当てられ、困惑するキャメロンたち。ハウス自ら少年の治療に乗り出すことになったが、なかなか原因を見つけることができない。こうして神VSハウスの戦いが始まったが、意外な理由によって戦いの結果が決まることに･･･。

犯人に撃たれた警官が今回の患者。病気の原因を探るべく家の調査に行ったフォアマンに患者と似た症状が表れる。感染性の恐れからハウスはフォアマンを隔離する。再度家の調査を調査すべきだと主張するフォアマンだが、ハウスは許可を出さない。フォアマンはおどしにも近い形でキャメロンを向かわせる。その結果、原因が判明したと思ったのもつかの間、患者は苦しみの中で息を引き取り、ハウスの推測が違っていたことが明らかになる。

警官が死亡し、規則に則ってカディは疾病管理センターが検死を依頼した。しかし検死ができないので病気の原因が分からないハウスは、その怒りをカディにぶつける。一方、フォアマンは死を意識しはじめ、絶望的になる。ハウスは再び警官の家に行き、ネズミのスティーブを感染させ、発症したら脳を検査しようと試みる。しかし、ネズミは発症しない。有力な手がかりが見当たらないまま症状は悪化し、時間だけが刻々と過ぎていった･･･。

生まれたばかりの息子をお風呂に入れていたカーラ。浴槽の中で発作を起こしていたところを帰宅した夫に発見され、水中に沈み意識不明となっていた息子とともに病院へ運ばれる。カディの指示で新生児集中治療室で働くチェイスが息子の治療に当たるが、予期せぬ事態により幼い命は失われてしまう。一方、職場復帰したフォアマンを交え、ハウスたちは残された母親を救うため、あらゆる可能性を探ろうとするが･･･。

ハウスの旧友クランドルが16歳の娘の診断を求めてくる。彼女はカトリーナの被災者で突然クランドルの前に現れたのだという。ハウスはクランドルがだまされていると確信し、友人を思いやるという意外な一面を見せる。一方、ハウスチームは心臓に異常があると考え少女に検査を行うが、原因を特定することが予想外に困難を極める。一方、カディは体外受精バンクから精子を得て子供を産むことを考えており、ハウスに協力を求める。

オフィスで部下と患者の話をしている最中に男が侵入。突然ハウスを銃で撃つ。その男の正体は、以前ハウスが担当した患者の夫だった。手術で一命を取り止めたハウスだが、周囲の心配をよそに、すぐに仕事に復帰。そして自分の記憶と周囲の言動に食い違いがある事に気づく。手術後、いつもは痛む脚は治り、杖なしで歩けるようになったハウス。しかし、極度の幻覚症状に悩まされ、次第に現実と幻覚の区別ができなくなっていく。