Beinahe zwei Jahre nach dem Angriff auf die Botschaft in Islamabad hat sich Carrie ein neues Leben in Berlin aufgebaut. Ihr Frieden wird jedoch durch die Anfrage ihres neuen Chefs gefährdet, die sie gleich wieder in die gefährliche Welt hineinwirft, die sie eigentlich hinter sich gelassen hatte.

Carrie und Otto Düring besuchen ein Flüchtlingslager. Dort entgehen sie nur knapp einem Bombenanschlag, obwohl ihnen von der Hisbollah die Sicherheit garantiert wurde. Saul streitet indes mit Allison, und Quinn bleibt seiner Mission treu. Diese könnte für ihn jedoch verheerende Folgen haben. Er bekommt nämlich einen Auftrag, bei dem er jemanden ins Visier nehmen soll, der oder die ihm sehr nahe steht.

Jonas und Carrie wühlen in ihrer Vergangenheit, während Quinn seine Beute verfolgt. Er nutzt dazu abscheuliche Methoden. Carrie entscheidet indes, ihre Medikamente abzusetzen, weil sie glaubt, so besser ermitteln zu können. Sie muss unbedingt herausfinden, wer sie auf die Abschussliste gesetzt hat. Saul setzt unterdessen alle Hebel in Bewegung, um Carrie zu finden.

Carrie sucht vergeblich nach Antworten, während Saul und Alison eine neue Operation anleiten. Dabei soll der syrische General Youssef davon überzeugt werden, einen Putsch gegen Baschar al-Assad in die Wege zu leiten. Hierzu werden ihm sowohl finanzielle als auch militärische Unterstützung zugesagt.

Die Hacktivisten proben den Aufstand, während sich Quinn für Carrie einsetzt. Dar Adal und Allison schätzen derweil den Schaden ein.

Saul trifft sich mit Carrie, die sich Hilfe von diesem erhofft. Doch Saul findet sich schon bald selbst unter Beobachtung seiner Vorgesetzten wieder, die ihm nicht mehr zu trauen scheinen. Um Gewissheit bezüglich der aktuellen Vorkommnisse zu bekommen, ordert er dann eine Razzia in der CIA-Station in Berlin an, während Carrie gleichzeitig Unterstützung bei Düring sucht.

Während Carrie Kontakt mit ein paar alten Freunden aufnimmt, die ihr helfen könnten, sucht Saul das Gespräch mit seiner Kollegin und Liebhaberin Allison. Die russische Spionin erfährt dabei, dass Carrie noch am Leben ist. Sie schickt mehrere Handlanger auf die Suche nach ihr.

Carrie braucht die Hilfe von Allison. Währenddessen gibt es mehrere Rückblenden in ihre gemeinsame Vergangenheit in Bagdad. Der Überläufer Ahmed Nazari war dafür veranwortlich, dass Allison in die Hände des russischen Geheimdienstes fiel. Quinn muss indes seinen Plan neu justieren.

CIA und BND starten eine gemeinsame Operation, nachdem Carrie ihren Mentor Saul davon überzeugt hat, dass Allison eine Verräterin ist. Sie erfinden eine Geschichte, wonach ein russischer Überläufer gegenüber dem BND auspacken und verraten wolle, wer der Maulwurf innerhalb der CIA Berlin ist.

Carrie hat hinsichtlich der Verhaftung von Allison als Verräterin nicht den gewünschten Erfolg. Dar Adal glaubt, Allison könnte noch nützlich sein, was auch Saul verärgert. Bald darauf taucht ein Video auf, in dem die Terroristen demonstrieren, welch verheerende Folgen ihr Giftgasanschlag hätte, würde auf ihre Forderungen nicht eingegangen werden.

Carrie folgt einer neuen Spur. Diese führt zu einem im Untergrund lebenden Dschihadi, der sich dazu überreden lässt, Kontakt zum Arzt herzustellen, der Quinn das Leben gerettet hatte. Saul jagt indes die Terroristen, wobei Allison eine entscheidende Rolle zufällt. Weil ein erst kürzlich entlassener unrechtmäßig Inhaftierter erneut vom BND vernommen wird, droht Laura Sutton aus Protest an, die übrigen Dokumente zu veröffentlichen.

Im Staffelfinale jagen Carrie und Saul die Terroristen im Berliner Hauptbahnhof, während Quinn weiterhin um sein Leben ringt. Am Ende muss Carrie eine äußerst schwierige Entscheidung treffen. Saul sucht überdies nach der entflohenen Allison, indem er ihren russischen Kontaktmann Ivan befragt.