Carrie è il Capo della stazione della CIA a Instanbul e si trova di fronte a una decisione difficile dopo che la sua controparte a Islamabad fornisce delle informazioni cruciali. Negli States, Saul trova difficoltà ad ambientarsi nel settore privato.

Carrie ritorna in patria per un'inchiesta ufficiale ma si ritrova ad affrontare i suoi sentimenti ambivalenti verso la maternità. Quinn intanto sta scendendo sempre di più in una spirale di auto-distruzione. Un ex agente caduto in disgrazia svela delle informazioni inquietanti.

Carrie riesce ad assicurarsi i servizi di un nuovo agente mentre Quinn è sulle tracce di una nuova pista.

Ibrahim accetta la proposta di Carrie e identifica Frhad Ghazi, Quinn si introduce in casa di Ghazi per clonare il suo cellulare. Il professore Boyd viene avvicinato da una donna che gli svela di essere a conoscenza del suo ruolo di informatore.

Carrie continua a manipolare Aayan per poter avere la sua totale fiducia e il lavoro da' i frutti sperati quando il ragazzo confessa che suo zio Haissam Haqqani è ancora vivo. Quinn e Sherazi sono sulle tracce di un seguace di Haqqani mentre Saul si trova all'aeroporto per imbarcarsi e tornare in patria quando avvista Ghazi e decide di seguirlo.

Carrie consegna ad Aayan un passaporto per Londra e il ragazzo si prepara a partire e vivere una nuova vita con una nuova identità, ma fa tutto parte di una messa in scena organizzata da Carrie per scoprire se Aayan è al corrente del nascondiglio di suo zio. In procinto di inviare un missile ed eliminare Haqqani e tutto il gruppo, Carrie scopre che il terrorista ha preso in ostaggio Saul.

Dopo aver scoperto che Saul è nelle mani dei terroristi, il direttore della CIA si reca ad Isamabad e accusa l'ISI di essere complici di Haqqani. In seguito a questi eventi, l'ambasciatrice americana Martha Boyd si dimette dal proprio incarico mentre suo marito Dennis sta lavorando per Tasneem e sostituisce le compresse di Carrie con un potente narcotico. Haqqani intanto usa Saul come scudo umano per ritornare tra i suoi seguaci.

Carrie si trova a casa di Asar Khan dopo essere stata drogata. Haqqani comunica le sue richieste in cambio della liberazione di Saul, che però con astuzia riesce a fuggire e a contattare la CIA.

Carrie è costretta a improvvisare per salvare la missione mentre la CIA è finalmente sulle tracce della talpa.

Carrie, Saul e altri agenti rispondono al fuoco dei cecchini di Haqqani mentre aspettano rinforzi. L'ambasciatrice Boyd, suo marito e Lockhart si rifugiano nella camera blindata mentre l'edificio è sotto assedio, ma alla fine Lockart si consegna dopo che Haqqani minaccia di commettere una strage. Peter lascia l'ambasciata per andare in cerca del terrorista Ghazi.

Peter, ormai fuori dal controllo della CIA, si rifugia presso una sua ex, Astrid, che lavora all'ambasciata tedesca. Carrie intanto, rintraccia Quinn e scopre che sta organizzando un attentato dinamitardo per eliminare Haqqani. Nel frattempo l'agente rimane sconvolta dalla notizia della morte di suo padre.

Il finale di stagione vede Carrie e Saul ritornare negli States per indagare su quanto Carrie ha visto in Islamabad.