I første afsnit af sæson fire ligger Dexter søvnløs over problemerne med at få sit nye familieliv, sin morderiske trang til nye ofre og sin i stigende grad travle retsmedicinske karriere til at balancere i jagten på det nye mål, Treenighedsdræberen.

Dexter hæmmes af den voksende selvtægt i nabolaget fremprovokeret af hærværk, hans midlertidigt manglende evne til at køre sig selv rundt og hans beundring for den kunstneriske Treenighedsdræbers elegante drabsmetoder.

Dexter får tid til noget længe savnet afslapning, da Rita og børnene tager udenbys, hvilket får ham til at stalke et nyt offer – indtil han uventet får sympati med sit mål: En strømer, der myrdede sin familie.

Dexter animeres til at efterforske Treenighedsdræberen på egen hånd, mens Debra bebrejder sig selv for en begivenhed, som hun ingen kontrol havde over. Rita opdager, hvor dårligt hun kender sin mand efter at have opdaget en af hans hemmeligheder.

Dexter forhøjer indsatsen for at holde sig to skridt foran den officielle Treenighedsefterforskning og modtager parforholdsrådgivning om gnidningerne i forholdet til Rita fra en højst uventet kant.

Dexter finder endelig balancen mellem familie, karriere og sit hemmelige liv, men møder forhindringer i jagten på sit næste offer, mens Debra udtrykker fornyet og uvelkommen interesse for deres fars brogede fortid.

Dexter funderer over, om hans fars regelsæt virkelig er det rette og håber at finde svaret ved at tage på tur ud af byen med Treenighedsdræberen, mens Debra opdager, at hendes målrettede jagt på Treenighedsdræberen har gjort hende blind for sandheden.

Dexter finder ud af mere om Arthurs bizarre og forskruede verden, mens Rita har hænderne fulde med at forberede thanksgivingmiddag til hele huset. Debra bruger ferien til at lede videre efter Treenighedsdræberen, og Batista får lukket en gammel sag.

En tiårig drengs forsvinden tvinger Dexter til at revurdere sine formodninger om Treenighedsdræberen, mens Cody forsvarer en af Dexters løgne, og Masuka har problemer med at forholde sig til, hvad han overværede til thanksgiving.

Dexter er nødt til at købe sig tid for at beskytte sig selv, da Debras efterforskning bringer afdelingen ét skridt fra at identificere Arthur som Treenighedsdræberen. Rita betror sig til Dexter, men er skuffet over resultatet.

I sæsonfinalen kommer Dexter og Arthur på kollisionskurs, da Debra graver en chokerende og godt gemt sandhed frem. Rita indrømmer, at ægteskabet med Dexter er knudret, og Batista og LaGuerta mærker konsekvenserne af at have overtrådt det etiske kodeks.