CIA에서 해고된 팀은 프리랜서 스파이 업체 카마이클사를 차린다. 척은 세라에게 완벽한 집을 선물하고 싶지만 인터섹트 없이 수행하는 임무가 만만치 않음을 느낀다.

납치된 동생을 구해달라는 의뢰가 들어온다. 세라와 케이시는 무모히 나서는 모건을 임무에서 배제한다. 배신감을 느낀 모건은 척과 단 둘이서만 임무를 수행하려 한다.

인터섹트로 기고만장해진 모건은 경쟁사의 스카우트를 받아들인다. 달라진 모건의 모습에 모두 당황하던 중 척은 모건이 임무가 담긴 드라이브를 훔친 것을 알게 된다.

모건이 인터섹트라는 사실을 떠벌리고 다니자 CIA는 입막음을 위해 암살자들을 붙인다. 척은 암살자를 제압하려고 모건 행세를 하며 올해의 판매왕 대회에 참가한다.

데커가 케이시를 풀어 주는 조건으로 임무를 맡긴다. 척과 세라는 전 세계 데이터베이스를 순식간에 지울 수 있는 바이러스를 추적하지만 뜻밖의 장소에 도착하게 된다.

팀은 누명을 쓰고 CIA에게 쫓기는 신세가 되어 오리온의 오두막에 몸을 숨긴다. 로빈은 슈퍼 바이러스 오멘과 척을 추적하고, 엘리와 데번을 납치해 척을 협박한다.

바이러스로 혼란스러운 가운데 교도소에서 탈출한 뜻밖의 인물이 세라를 감금한다. 척은 세라를 살리려면 데커의 사무실에서 물건을 훔쳐 오라는 지시를 받는다.

옛 감시자가 과거의 흔적을 쫓는 것을 안 세라는 주변 사람들이 위험해질까 걱정하며 단독 행동에 나서려 한다. 척은 서운해하면서도 카마이클사 대표로서 도우려 한다.

세라는 카마이클사의 업종을 바꿔 새 사업을 시작할 계획을 세운다. 하지만 평화도 잠시, 네 사람은 잃어버린 인터섹트를 찾아 은퇴 전 마지막 임무에 나서게 된다.

인터섹터를 받은 세라는 퀸에게 납치된 척을 구하러 케이시와 함께 일본으로 간다. 인터섹트의 힘으로 쉽게 재회하지만 곧 세라의 인터섹트가 통제를 벗어난다.

납치당한 세라가 돌아오자, 척은 안도하는 한편 사건사고의 원흉인 인터섹트를 파괴하려 한다. 하지만 기억을 잃은 세라가 퀸의 꾐에 넘어가 인터섹트를 가로채려 한다.

퀸을 쫓다 난관에 부딪힌 세라는 척에게 도움을 구한다. 척과 세라, 모건은 인터섹트 버그를 고치려고 세 조각으로 나뉜 열쇠를 모으는 퀸의 뒤를 밟는다.