Tým se snaží pracovat na vlastní pěst, ale moc se jim to nedaří. Pak dostanou zakázku, aby se vloupali do trezoru Rogera Balea, který okrádá své investory.

Carmichael Industries bojuje o klienty, ale jsou převálcováni konkurenční firmou Gertrudy Verbanski, se kterou má Casey barvitou minulost. Přesto si Chuckovu společnost najme kriminálník Karl Sneijder, který chce zpět přivést svého bratra. Z Buy More se stalo ‚město duchů‘, ale vypadá to, že Velký Mike má nápad, jak obchod zachránit.

Carmichael Industries dostanou od generála Beckmanové vládní zakázku. Casey se znovu dostane tentokrát do těsnějšího kontaktu s Gertrudou Verbanski. Devonovi začne otcovská dovolená s Clarou, která ovšem není tak vzrušující, jak si představoval, a tak jeho cesta směřuje do Buy More.

Chuck a Sarah jedou v utajení na setkání nejlepších prodejců Buy More, kde musí dopadnout nájemného vraha, jehož misí je zničit nový Intersect. U Jeffa se začne projevovat jeho velmi odlišná část.

Aby dostali Caseyho z vězení, infiltrují se Chuck a Sarah do velmi neobvyklého kultu, aby našli tvůrce vysoce nebezpečného počítačového viru. Buy More nahradí Lestera novým zaměstnancem.

Chuck a Sarah objeví totožnost osoby, jež se snaží zničit Carmichael Industries a ovládnout CIA. Chuck je donucen ukradnout tajné zařízení ze základny CIA, jelikož Sarah je uvězněná v Pevnosti.

Sarah je donucena čelit svému tajemství z minulosti a cítí, že musí jít na vlastní pěst. Chuck samozřejmě trvá na tom, že jí s Carmichael Industries pomůže. Když se Sarah znovu setká se svým bývalým opatrovníkem, ex-agentem CIA Kieranem Rykerem, obává se, že by mohl ublížit jejím nejbližší, včetně její matky Emmy.

Carmichael Industries dostává misi od Gertrude Verbanski. Má jít o opravdu lehkou misi, při které se nikdo neušpiní. Casey ale nevěří vlastním očím, když zjišťuje, že se opravdu nic neděje a Gertrude na něho naráží jak na své dítě, se kterým chce spát. Vše se ale postupně komplikuje a na řadu přichází akce!

Kromě ní ale uvidíme i perfektní detektivní dvojici Jeffa a Lestera, kteří začínají tušit, že pod Buy More je špionážní centrála.

Morgan Grimes dostává nahrávku z doby, kdy měl Intersect. V nahrávce se mluví o záložním Intersectu. Proto se musí Carmichael Industries vydat na další misi, ve které je prioritou Morganova minulost. Do toho se objevují Jeff a Lester, který chtějí za každou cenu vyřešit případ s nalezením špionážní centrály. Nebyl by to ale Chuck, kdyby se vše nezkomplikovalo a neobjevil by se nový záporák.

Chuck byl zajat Nicholasem Quinnem, který chce od Sarah Intersect. Sarah s Caseym to nevzdávají a jdou Chucka zachránit. Vše se komplikuje v japonském vlaku Bullet Train, ve kterém je jak Nicholas Quinn a jeho lidé, tak Chuck a jeho přátelé. Sarah se Chuckovi svěří s Intersectem, to ale není ještě úplný průšvih. Problémy začínají tehdy, kdy začne fungovat virus, který je v Intersectu nahraný.

Sarah chová před Chuckem důležité tajemství, aby zajistila úspěch mise. Mezitím Ellie a Suprák udělají životní rozhodnutí.

Sarah se chce pomstít Quinnovi za to, co jí provedl. Chuck je naprosto zničený z toho, že Sarah na něj úplně zapomněla díky vymazání Intersectu z její hlavy. Ostatní se ho snaží povzbudit tím, že jí může díky svému šarmu opětovně získat...