Después de Carmichael Industries primera misión para recuperar un jarrón robado a un ladrón vicioso (Mark Hamill), va un poco mal, Chuck y su equipo van en contra de Roger Bale (Craig Kilborn), un hombre que roba secretos de otros villanos. Mientras tanto, Chuck intenta comprar una nueva casa para Sarah y Decker (Richard Burgi) sigue a la caza del equipo.

Chuck y su equipo toman el caso de un hombre (Jeff Fahey), cuyo hermano (Justin Hartley) ha sido secuestrado, pero pronto se dan cuenta de que las cosas pueden no ser exactamente lo que parecen. Mientras tanto, Gertrude Verbanski (Carrie-Anne Moss), un espía rival, intenta conquistar a Sarah lejos de Carmichael Industries.

Industrias Carmichael intenta localizar a un fugitivo, mientras Casey se reúne una vez más con Verbanski (Carrie-Anne Moss). Captain asombroso comienzo de la licencia de paternidad con el bebé Clara y, cuando no es tan emocionante como se esperaba, se llevó al Compra mas.

En el Buy More Empleado de la Convención de Año, Chuck y Sarah se cruzan con dos compro más gerentes (David Koechner y Catherine Dent). Mientras tanto, Chuck se hace pasar por Morgan con el fin de atrapar a un asesino cuyo nombre en código Viper tarea de destruir el nuevo Intersect.

Chuck está enmarcada por el crimen del siglo por un grupo de renegados agentes de la CIA. Uno de estos agentes es la fría y calculadora Robin Cunnings (Rebecca Romijn), quien es ampliamente conocido por sus técnicas de tortura. Ellie y impresionante ir a una cita que se convierte rápidamente en una noche llena de acción después de un caso de identidad equivocada.

Chuck y Sarah descubren que la identidad de la persona que trata de acabar con Carmichael Industries es Daniel Shaw (Brandon Routh). Se escapa de la cárcel, secuestra a Sarah, y tiene como rehén en el castillo con el fin de obligar a Chuck para robar el Intersect 3.0 de la CIA. Chuck debe hacer frente a Shaw solo, sin la ayuda de la intersección.

Un mensaje escalofriante a Shaw fuerzas Sarah debe volver a su pasado en Budapest cuando ella teme que su controlador original (Tim DeKay) tratará de hacerle daño a su madre (Cheryl Ladd).

Chuck y Sarah tratan de determinar el futuro de Carmichael Industries. Verbanski contrata a Casey y el equipo para ir a una misión en South Beach. Después de un acuerdo de armamento se extravía, se Carmichael Industrias salvar a su cliente? Jeff y Lester investigar una irregularidad en el Buy More.

Morgan se cruzan causas pasado Chuck y su equipo de gestión en Bo Derek en su misión final en Vail antes de abandonar el negocio del espionaje. Sin embargo, el ex agente de la CIA Nicholas Quinn (Angus Macfadyen) tiene otros planes. Jeff y Lester continúan su investigación en el Buy More. Quinn captura Chuck y tendió una trampa a Sarah y Casey.

Quinn contrabandea el Chuck capturado a Japón. Casey tiene que tomar una decisión difícil, mientras que Chuck y Sarah encuentro Quinn en un tren bala japonés. Sarah dice Chuck es el Intersect, Chuck se da cuenta de la versión de Sarah es un defecto como Morgans fue. Agentes de Quinn toman Alex como rehén, pero pueden Jeff y Lester salvar el día?

Sarah vuelve de una angustiosa misión con el peso de guardar un importante secreto a Chuck.

Chuck reúne apoyos para detener a Nicholas Quinn, quien pretende destruir todo lo que Chuck ha construido en los últimos cinco años.