Chuck è ora leader della Carmichael Industries, la compagnia di spie freelance fondata grazie ai soldi ereditati da Volkoff.

La Carmichael Industries perde tutti i clienti a causa di una società rivale, la Verbanski Corporation.

Il Generale Beckman ingaggia il Team Bartowski per recuperare un latitante.

Decker contatta Sarah e Chuck e propone loro una missione: recuperare un pericolosissimo virus informatico di nome OMEN, in cambio della liberazione di Casey.

Il Team Bartowski, aiutato dal generale Beckman, è in fuga a causa della morte di Decker.

Tempo di Natale alla CIA, Chuck è stato invitato in veste di Babbo Natale e incontra l'agente Stan Lee il quale cerca di sedurre il generale Beckman.

Sarah raggiunge l'Ungheria per catturare Kieran Ryker, il suo ex supervisore.

Il Team Bartowski viene ingaggiato da Gertrude Verbanski per una missione.

Morgan ritrova un suo vecchio cellulare dove scopre di aver registrato un video in cui afferma di aver trovato un paio di occhiali intersect poi nascosti in un imprecisato luogo sicuro.

Chuck, rapito da Nicholas Quinn, è su un treno giapponese diretto per una meta sconosciuta.

Sarah, condizionata da Quinn, si infiltra in casa Bartowski per impadronirsi degli occhiali che permettono di caricare l'Intersect.

Sarah si intrufola nell'aereo di Quinn che sta cercando di trovare le tre chiavi mancanti per ottenere l'intersect originale.