Az intersect nélkül a fejében, és a CIA támogatása nélkül a kémkedés világa egy sokkal veszélyesebb világ Chuck Bartowskinak és a szabadúszó kém csapatának. Kezdésnek a Charmichael Vállalat elvállalja, hogy elkap egy furfangos, és gazdag tolvajt, akit Jean Claude-nak hívnak (Mark Hamill vendégszereplő), és egy vele összejátszó befektetőt, Roger Bale-t (Craig Kilborn vendégszereplő), akik a világ pár legveszélyesebb embereitől loptak pénzt. Eközben Morgan segít Chucknak egy Sarahnak készülő különleges meglepetéssel. A Buy More-ban Jeff és Lester egy újabb szintet léptek át az ügyeskedésükkel.

A Carmichael Industries nehezen indul be, és ezt csak tetézi egy igen jelentős vetélytárs felbukkanása. Chucknak emellett Morgannel is foglalkoznia kell irányítóként az első időkben, amíg megszokja az Intersectet. A Buy More friss arcot keres a megújuláshoz.

Chuck aggódik Morgan miatt, akit mintha nagyon rossz irányba változtatna meg az Intersect. Sarah udvarlási tanácsokat ad Casey ezredesnek Gertrude Verbanskivel kapcsolatban. Szuper Kapitány otthon marad Clarával, és közben érdekes felfedezést tesz, amellyel radikálisan megváltoztatja Jeff és Lester életét.

Chuck és Sarah küldetése a Buy More Év Eladója versenyen: megállítani a bérgyilkost, akinek a célpontja Morgan és az Intersect. Jeff olyan új oldaláról mutatkozik be, amelyen még saját maga is meglepődik.

Chuck és Sarah belépnek egy furcsa szektába, hogy megszerezzenek egy veszélyes és megállíthatatlan számítógépes vírust, majd Chuck újra kiélvezhet egy hacker-diadalt. Lester különleges módszerrel szelídíti meg a nagykutyákat a börtönben.

Volt CIA kémek csapata akar Chuckra kenni egy bűntettet egy kegyetlen ügynök vezetésével. Ellie és a kapitány izgalmas kém játékot játszanak, nem tudva, hogy mibe keveredhetnek. A titokfelhők egyre sűrűsödnek Chuck feje felett.

Chuck és Sarah rájönnek, ki akarja tönkretenni a cégüket. Egy számítógépes vírus okoz fejetlenséget a karácsonyra készülődő Buy More-ban. Ellie a tökéletes karácsonyt szeretné megünnepelni a szeretteivel.

Felbukkan Sarah régi irányítója egy veszélyes titokkal. Sarah egyedül akarja lerendezni a dolgot, hogy megvédje a családját. Morgan mindent megpróbál, hogy Alexszel rendbe hozza a dolgokat. Ellie és Szuper Kapitány kémjátékokkal próbálja megfűszerezni a hétköznapokat.

Gertrude Verbanski visszatér, és küldetésre hívja Casey-t és csapatát South Beach-re. Sarah és Chuck családtervezési dilemmába kerül. Jeff és Lester nyomozni kezdenek, mert Jeffrey elmélete szerint a Buy More-ral kapcsolatban valami nem stimmel.

Morgan korábbi Intersectes kicsapongásai miatt a csapatnak el kell vállalnia egy küldetést Vail-ben, ahol egy híresség, Bo Derek segítségére kell hagyatkozniuk. Jeff és Lester a saját kémküldetésükkel vannak elfoglalva.

Sarah egy ellenséges és hazugságon alapuló küldetés sikere érdekében a legfontosabb dologban csapja be Chuckot. Ellie és Szuper Kapitány sorsdöntő felkérést kapnak.

Nicholas Quinn legyőzéséhez, Chuck az egész családját, a barátait és még a Buy More dolgozóit is felsorakoztatja.