W pierwszym odcinku trzeciego sezonu Chuck trenuje, aby stać się pełnoprawnym szpiegiem, lecz sięga dna, gdy sprawy nie idą zbyt dobrze. Czy Chuck zdoła wygrzebać się z kłopotów?

Chuck musi nauczyć się kontroli nad emocjami, aby zostać szpiegiem… nawet jeśli nadal kocha Sarah. Gościnnie występuje VINNIE JONES („Przekręt”).

Chuck musi wykorzystać swoją relację z Awesome’em, aby ochronić wizytującego dyktatora, premiera Goyę (gościnny występ ARMANDA ASSANTE), który jest celem zamachu.

Gdy Awesome zostaje omyłkowo uznany za superszpiega, Chuck musi nauczyć go prawdziwego szpiegostwa. Gościnnie pojawiają się ANGIE HARMON („Prawo i porządek”) oraz BRANDON ROUTH („Superman: Powrót”).

Chuck musi się udać na swoją pierwszą samotną misję do Paryża, jednakże będzie miał szczęście, jeśli uda mu się przeżyć lot. Gościnnie pojawiają się KRISTIN KREUK, BRANDON ROUTH oraz STEVE AUSTIN.

Chuck musi przemienić naukowca z Kręgu w szpiega CIA w tym samym czasie, gdy szkoli nowego pracownika ekipy sklepu, Hannah (gościnnie w tej roli występuje KRISTIN KREUK – „Tajemnice Smallville”).

Chuck i Hannah (KRISTIN KREUK) niespodziewanie stają się częścią najnowszej misji agenta Daniela Shawa (BRANDON ROUTH). Ku rozczarowaniu Sarah, jej partnerem zostaje Shaw.

Chuck pozostaje w tyle podczas misji, gdy nie potrafi wywołać wizji, a Shaw (BRANDON ROUTH), Sarah i Casey działają dalej. Chuck znajduje się w kiepskim położeniu.

Casey dopuszcza się zdrady podczas misji pobocznej dla swojego starego dowódcy, pułkownika Jamesa Kellera (Robert Patrick). Chuck próbuje go uratować.

Przeznaczenie Chucka jako szpiega zależy od ostatecznej misji, podczas której Sarah i Shaw (gościnnie w tej roli występuje BRANDON ROUTH) obserwują każdy jego ruch.

Chuck musi wybrać najlepszych agentów do operacji pod przykrywką, ale do głowy przychodzi mu tylko jedna dziewczyna: Sarah. Casey, Morgan i Awesome próbują pomóc Chuckowi w odzyskaniu jej.

Chuck, Sarah i Shaw (BRANDON ROUTH) ponownie łączą siły podczas misji, ale Chuck martwi się o stabilność emocjonalną Shawa. Morgan rozważa odejście z Buy More.

W Europie Sarah i Chuck orientują się, że podróżują pociągiem z hiszpańskimi szpiegami, i postanawiają się z nimi zmierzyć. Casey i Morgan zostają przydzieleni do odnalezienia Chucka i Sarah.

Chuck i Sarah trenują z parą poślubionych agentów CIA, którzy się nienawidzą. Gościnnie występują FRED WILLARD oraz SWOOSIE KURTZ jako Craig i Laura Turner. Tymczasem Casey musi wyszkolić Morgana.

Gdy Chuck ma niepokojące sny, generał Beckman (BONITA FRIEDERICY) przydziela Chucka do spotkania z psychiatrą CIA, dr. Leo Dreyfusem (CHRISTOPHER LLOYD – „Powrót do przeszłości”).

Po swoim ostatnim śnie Chuck prosi Morgana o pomoc przy pobocznej misji. Wszystko się komplikuje, gdy powraca ojciec Chucka, Stephen J. Bartowski (SCOTT BAKULA).

W odcinku finałowym sezonu Krąg zbliża się do Chucka i Operacji Bartowski, lecz jego ojciec, Stephen (SCOTT BAKULA), próbuje go uratować. Wielki Mike otrzymuje nowiny o Buy More.

W odcinku finałowym sezonu Krąg zbliża się do Chucka i Operacji Bartowski, lecz jego ojciec, Stephen (SCOTT BAKULA), próbuje go uratować. Wielki Mike otrzymuje nowiny o Buy More.