Chuckot Beckman elbocsátja. A fiú hazamegy és teljesen befordul, szakállat növeszt - mivel a Buy More-os állása is megszűnt, egész nap a pamlagon hever és sajtgolyót eszik. A kétségbeesett Ellie Morgant hívja segítségül. Mikor Chuck belopózik a Buy More-ba feltölteni a sajtgolyó-készletét, kellemetlen meglepetésben lesz része.

Chuck és Morgan elmennek egy buliba, ahol összefutnak Sarah-val és Carinával, a legjobb barátnőjével, aki szintén kém. Carina bemutatja nekik a vőlegényét, Karlt. Chucknak azonban bevillan, hogy Karl fegyverkereskedő és bűnöző. Big Mike-ot visszahelyezik igazgatónak, és arra buzdítja a dolgozókat, hogy soha ne mondjanak nemet a vevőknek.

A városba érkezik egy keménykezű diktátor, Goya miniszterelnök, aki a reptérre érkezés után összeesik. Abba a kórházba viszik, ahol Kapitány és Ellie is dolgozik, és Kapitány megmenti az életét. Hálából a vezér meghívja őket az esti fogadására. Chuck kideríti, hogy a reptéren gyilkossági kísérlet történt, és az esti rendezvényen újabb merényletre készülnek Goya ellen.

Kapitányt Sydney Price, a Gyűrű Los Angeles-i főnöke rabolta el. Morgant nagy megtiszteltetés éri: Big Mike kinevezi a Buy More igazgató-helyettesévé. Azonban régi kollégái, Jeff és Lester nem örülnek az előléptetésnek, és Morgan többszöri tiltakozása ellenére titkos Harcosok Klubját rendeznek be az üzlet egyik hátsó részlegében.

Morgan szomorúan érzékeli, hogy igazgató-helyettesi kinevezése népszerűtlenné tette régi kollégái között. Chuck kénytelen elfogadni, hogy a csapatfőnök mostantól Shaw lett, aki viszont örömteli hírt közöl vele: Párizsba repül, első osztályon, hogy elvégezze első szóló küldetését.

Amikor Shaw megpróbál betörni egy múzeumba, hogy ellopjon egy értékes maszkot, csak Chuck közbelépése menti meg a megfulladástól. Hannah is követi Chuckot a múzeumba, ahol a fiú kénytelen titokban tartani ottléte igazi okát. Sarah szerint a maszk segítségével a Gyűrű emberei különféle tárgyakat csempésznek át a vámon.

Ellie, amikor megpróbálja rávenni Chuckot, meséljen neki Hannah-ról, összefut a lánnyal, aki egy szál törölközőben van. A csapat elrabolja Rafe Grubert, a félelmetes bérgyilkost, és Chuck feladata lesz, hogy Gruberként részt vegyen egy küldetésben. Mint kiderül, Grubert a Gyűrű bérelte fel, hogy megöljön valakit, akinek a kilétére Chucknak kell fényt derítenie.

Chucknak azóta nem sikerül a bevillantás, mióta Rafe meg akarta ölni Sarah-t és Shaw-t, így Shaw kényszerszabadságra küldi. A Buy More-ra vevők jelentkeznek, akik egyenként kihallgatják a személyzet tagjait. Hamarosan kiderül, hogy a vevők álruhás Gyűrű-ügynökök, akik azért csalták el Sarah-ékat Malibuba, hogy közben zavartalanul kiderítsék a Kastély hollétét és megszerezzék Shaw aktáit.

Morgan hathatós közreműködésével Caseyről kiderül, hogy 1989-ben Hondurasban Alex Coburn néven választania kellett a magánélet és a katonai karrier között. Alexként akkor megrendezte a saját halálát, így menyasszonya, Kathleen ma úgy tudja, hogy Alex halott. James Keller tábornok, a Gyűrű embere és megzsarolja az ezredest.

Caseynek nehézséget okoz beilleszkedni a civil életbe. Big Mike megígérteti vele, hogy többé nem lesz folyton ideges és Jeffet és Lestert is békén hagyja. Beckman úgy dönt, hogy egy végső tesztet végeztet el Chuckkal, hogy kiderítse: mennyire volt sikeres az elmúlt három év munkája.

Chuck Washingtonban találkozik Beckmannel, aki megadja neki első igazi kémfeladatának részleteit: Rómába kell utaznia, a CIA költségén, de előtte ki kell választania, hogy kiket akar a csapatába. A hír hallatán Casey és Morgan boldogan jelentkezik a posztra, azonban Chuck legnagyobb aggodalma most az, hogy Sarah nem hívja őt vissza.

Miután Chuck megtudta, hogy Sarah ölte meg Shaw feleségét annak idején, a keresésükre indul, sőt kommandósokat is bevet, hogy megtalálja őket. Azonban megérzése helytelennek bizonyul: Shaw nem akar ártani Sarah-nak. A történtek ellenére Shaw hajlandó továbbra is együttműködni a csapattal. Morgan mindenképp szeretne kém lenni, és Chuck könnyelmű ígérete miatt felmond a Buy More-ban.

Chuck és Sarah Franciaországban élvezik új, közös életüket. Megegyeznek abban, hogy felhagynak a kémkedéssel, azonban mikor értesülnek róla, hogy a vonaton, amelyen utaznak, egy terrorista is van, külön-külön akcióba lendülnek.

Ellie és Devon első néhány napja a Kongói Demokratikus Köztársaságban nem telik zökkenőmentesen. Beckman, hogy megmutassa Chucknak és Sarah-nak, milyen egy igazi, jó, összeszokott kémpáros, azt a feladatot adja neki, hogy figyeljék meg a híres Mr. és Mrs. Turnert munka közben. Turnerék, akik a CIA legtöbbször kitüntetett kémjei, egykori önmagukat vélik felfedezni Chuckékban.

Chuck legutóbbi álma szerint a Los Angelesbe látogató zamíbiai elnök életére törnek a másnapi Beethoven-hangversenyen. Chuck a koncerten egy bevillanás hatására letámadja a zamíbiai elnök orvosát, dr. Kowambét és kiüti egyik fogát. Azt gondolja, a fogban a Gyűrű titkos adatokat rejtett el.

Chuck elpanaszolja Morgannek, hogy Shaw ismét megjelent álmában. Amint elmeséli neki Shaw halálának körülményeit, Morgan egészen bizonyos lesz benne, hogy Shaw nem halt meg. Ellie titkos jelzése alapján Steve megjelenik a burbanki Buy More-ban, így Chuck mindent megpróbál, hogy eltitkolja előtte: mégsem lépett ki a CIA-től és letöltötte a 2-es Intersectet.

Chuck felfedezi Shaw-t egy metróállomáson és kétségbeesetten bizonygatja társainak, hogy Daniel Shaw életben van. A metróállomás biztonsági felvétele Chuckot igazolja: Shaw valóban él. A döbbent csapat megpróbál a nyomára bukkanni, és belopóznak abba az irodaházba, ahol Justin Ellie-t vezette be.

Shaw, aki elrabolta Chuckot, Sarah-t és Caseyt, úgy akarja feltüntetni, mintha a rabokat menekülés közben lőtte volna le. Nem számol azonban Morgannel és Kapitánnyal, akik sikeresen megmentik a csapatot. Mikor a kis csapat a jövőről beszél, Ellie élénken ellenzi, hogy ő és Devon is eltűnjenek; nem vágyik kém-életre és megígérteti Chuckkal: ha leszámolt Shaw-val, örökre otthagyja a kémkedést.