척은 꿈에 그리던 스파이 훈련에 돌입하지만 실패하고 해고당한다. 백수처럼 지내다가 마음을 다잡고 숨어든 작전에서 암살자의 총이 세라를 겨누는 걸 발견한다.

척과 세라 사이에 어색함이 감도는 와중, 카리나가 돌아온다. 바토스키 팀은 위장 중인 카리나를 도와서 무기를 찾아야 하지만 척은 임무보다 감정이 자꾸 앞선다.

미국을 방문한 코스타 그라바스 위원장을 보호하는 임무를 맡은 척. 데번은 위원장의 주치의가 되어 신임을 얻고, 위원장을 암살하려는 세력이 데번을 노린다.

더 링' 요원 시드니 프린스는 데본을 척으로 착각해 납치한다. 데본은 미끼로 사용되고 척은 그를 지키려 데본의 감시자 역할을 한다. 모건은 부점장으로 승진된다.

첫 단독 임무를 무사히 마친 척에게 자산을 개발하라는 임무가 주어진다. 척은 간단한 임무라고 자신했지만, 시작부터 난관에 부딪히게 된다.

알렉산더의 마스크에 화학 무기가 있다는 정보를 입수한 팀은 위장해서 박물관에 들어선다. 척은 해나와의 관계도, 세라와 쇼의 묘한 분위기도 신경이 쓰인다.

더 링이 누굴 암살하려는지 알아 내기 위해 척은 암살자로 위장해 약속 장소에 나간다. 생각보다 역할을 잘 해내는 척. 세라는 척이 변했다고 생각한다.

척은 말 못 할 비밀로 마음고생을 한다. 현장에서 빠지게 된 척은 혼자 본부에서 난감한 상황이 된다. 모건은 바이 모어를 인수하려는 사람들이 수상하기만 하다.

척은 보안 점검 임무에서 케이시의 수상한 행동을 목격한다. 케이시는 CIA의 중요 자산을 훔친 혐의로 체포되지만, 척과 세라는 케이시의 진실을 알게 된다.

척은 마침내 스파이 최종 자격시험을 치른다. 지금껏 훈련한 기술을 총동원해 CIA 내부 첩자의 신원을 확인해야 한다. 하지만 생각지 못한 난관이 기다리고 있다.

드디어 정식 요원이 된 척은 직접 팀을 꾸릴 기회를 얻는다. 척은 세라를 데려가려 하지만 세라는 냉담하다. 쇼는 스스로 들어간 더 링 지부에서 진실을 마주한다.

쇼의 과거 사실이 밝혀지면서 팀은 해체될 위기에 처한다. 척은 냉정히 행동하는 쇼가 의심스럽다. 세라와 쇼가 파리로 떠난 사이 척은 결정적인 증거를 찾게 된다.

척과 세라는 함께 스파이를 그만두고 도망가려 하지만 기차 안에서 바스크 테러리스트를 발견한다. 한편, 베크먼은 케이시와 모건에게 둘의 행방을 알아내라고 지시한다.

척과 세라의 관계를 걱정한 베크먼은 둘에게 모범이 될 만한 전설적인 스파이 부부를 소개한다. 하지만 척의 기대와 달리 임무는 엉뚱한 방향으로 흘러간다.

척은 아프리카 국가 대통령이 암살되는 악몽을 꾼다. 척은 인터섹트가 작동했다고 믿고, 암살을 저지하려 팀을 소집하지만, 되레 정신과 상담을 받게 된다.

쇼가 살아 있는 꿈을 꾼 척. 팀은 쇼를 찾기 위해 단서를 추적한다. 한편 엘리는 CIA라고 소개한 저스틴을 믿어 아빠에게 연락하고, 아빠가 모습을 드러낸다.

인터섹트 프로젝트를 중단시키려는 심의 위원회가 개최되고 팀은 위기에 처한다. 인터섹트 문제로 불안정한 척을 아무도 믿어주지 않고 세라와 케이시는 구금된다.

팀은 더 링에 잡혀 스티븐처럼 쇼에게 목숨을 잃을 위기에 처하고 엘리와 데번, 모건은 이들을 구하러 나선다. 빅 마이크는 바이 모어에 대한 심각한 소식을 듣는다.