העונה השביעית והאחרונה תתמודד עם מסעות בזמן, תחזיר למסך כמה דמויות אהובות ותסגור קצוות עלילה שנותרו מהסרטים, מעונות קודמות וגם מסדרת הבת.

נחשפת זהותו של האיום שעלול להרוס את ציר הזמן, וכעת הצורך להגן עליו בכל מחיר גורם לכל סוכן לפקפק בערכים שלו.

הצוות מזנק לעשור אחר, וכדי למנוע מהכרוניקומים לפתוח בתוכניתם להרס העתיד, על הסוכנים להסתנן לאחד הבסיסים הכי סודיים של ש.י.ל.ד.

הסוכן קולסון מבין את החשיבות של 22 ביולי 1955 בדפי ההיסטוריה של ש.י.ל.ד ועושה הכל על מנת לשמור על המצב הקיים.

חברי הצוות עם התוספת החדשה, נתקלים בעוד כמה פרצופים מוכרים באחד ממקומות המפגש הסודיים של ש.י.ל.ד, ומגלים כיצד לסכל את התוכנית הנוכחית של הכרוניקומים.

לאחר שנאלצו לחשוף את מיקום הזפיר בפעולה הקודמת, על הצוות לנסות לחלץ את ההורים של מאק ולהציל את ש.י.ל.ד מהסתננות הכרוניקומים.

מאק, שהועבר ל-1982, פורש לבית ילדותו כדי להתמודד עם מות הוריו. דיק מחפש קבוצה של סוכנים חדשים.

הילוך הזמן של הזפיר תקול, והתקווה היחידה להיחלץ מאסון מונחת על כתפי יו-יו, לשם כך עליה להיעזר ביריבה מן העבר שתעזור לה להשיב לעצמה את היכולת.

הצוות מגיע ל-1983. נתניאל וקורה עובדים במרץ על הקמת צבא. על דייזי הוטל להגן על ג'יאיינג, והאחרים מגלים שעליהם להתמודד עם אויב נוסף בעל כוחות-על כדי לעצור את מאליק.

נתניאל וסיביל ממשיכים במלחמה כדי להרוס את ש.י.ל.ד, וסוכני ש.י.ל.ד מנסים לברר למה קורה הגיעה אליהם.

נתניאל וסיביל מתקרבים עוד יותר למחיקת ש.י.ל.ד. מדפי ההיסטוריה, ועל הסוכנים להסתמך על יתרונותיהם כדי להערים על הכרוניקומים ולהישאר בחיים.

בפרק 13 והאחרון לסדרה, אנשי הצוות יוצאים למשימתם האחרונה ביחד בתקווה לעתיד טוב יותר.