Coulson und sein Team werden von einer unbekannten Gruppe entführt und mit Hilfe eines Monolithen auf ein Raumschiff teleportiert. In der Hoffnung, einen Hilferuf an die Erde zu senden, entdecken May und Simmons, dass diese scheinbar von einem katastrophalen Ereignis zersprengt wurde. Zur gleichen Zeit findet Coulson heraus, dass der Monolith ihn und sein Team nicht nur durch den Raum auf das Schiff geschickt hat, sondern auch durch die Zeit.

Mack und Yo-Yo werden von den Kree gefangen gehalten, die die Kontrolle über die Station haben und völlige Unterwerfung von den Passagieren fordern. Das Team um Coulson versucht unterdessen sich anzupassen, indem es anfängt für Grill zu arbeiten. Währenddessen wird Simmons zu Kasius, dem Kree-Anführer, gebracht und zu dessen Diener ernannt. Johnson findet heraus, dass Deke für die Zerstörung der Erde verantwortlich ist.

Während das Team sich in seine neuen Aufgaben einfindet, misstraut Grill den Neuankömmlingen. Er beauftragt schließlich einen seiner Männer, die Gruppe auszuspionieren. Unterdessen versuchen Coulson, May, Mack und Tess Virgils Notizen zu entschlüsseln und stoßen dabei auf einen Funkspruch, der angeblich von der zerstörten Erde stammt. Indes ist Johnson fest entschlossen, Simmons zu retten, auch wenn sie dafür alles riskieren muss.

Nachdem die Agenten entführt und auf das Kree-Schiff verfrachtet wurden, wird Fitz in eine geheime Einrichtung verschleppt und verhört. Doch mit Hilfe von Lance Hunter gelingt ihm die Flucht. Er erfährt, dass alles vorherbestimmt war und es seine Aufgabe ist, das restliche Team in der Zukunft zu retten. Fest entschlossen, lässt sich Fitz mit Hilfe einer Kryokammer für die nächsten 74 Jahre einfrieren, um das Team zu retten.

Fitz landet auf dem Kree-Schiff und kann Kasius davon überzeugen, dass er nur an einem guten Geschäft interessiert ist. Ben wird bei der ersten Zurschaustellung getötet und May auf die Oberfläche der Erde verbannt. Das Team um Coulson wird derweil von Grill weiter gefangen gehalten. Durch Zufall gelingt Johnson, Fitz und Simmons die Flucht.

Die Flucht von Johnson, Fitz und Simmons birgt mehr Probleme als gedacht, denn die gesamte Station ist von Gravitonium umgeben. Fitz wird niedergeschossen, die anderen Beiden werden von Deke gefunden und zum Rest des Teams gebracht. Wieder vereint, planen sie die gemeinsame Flucht. Doch als Flint von Tess’ Tod hört, entscheidet er sich mit Mack und Yo-Yo auf dem Schiff zu bleiben, um die anderen Passagiere zu retten.

Coulson, Johnson, Fitz, Simmons und Deke schaffen es an die Erdoberfläche, wo sie sich mit May wiedervereinen können. Unterdessen bestraft Kasius die Passagiere auf dem Kree-Schiff, indem er die Versorgung abtrennt. Auf der Erde versucht das Team Antworten von Robin zu bekommen, doch wird diese von Voss getötet. Allerdings kann Robin May den Hinweis geben, dass Flint entscheidend für die Rettung der Erde sein wird.

Das Team auf der Oberfläche versucht den Zephyr zu starten. May entdeckt unterdessen, dass Flint mit Hilfe einer Scherbe dazu in der Lage wäre, den Monolithen zu rekonstruieren, um durch die Zeit zu reisen und die Welt zu retten. Auf dem Kree-Schiff schaffen es Flint, Mack und Yo-Yo Kasius’ Züchtung von Inhumans zu stoppen. Unterdessen befindet sich das Team mit dem Zephyr auf den Weg zum Kree-Schiff.

Auf dem Kree-Schiff angekommen, versucht das Team Flint zu finden und die restlichen Passagiere aus der Gefangenschaft zu befreien. Bestürzt über Sinaras Tod, setzt Kasius alles daran, die S.H.I.E.L.D.-Agenten ein für alle Mal zu vernichten. Unterdessen macht sich Flint daran, den Monolithen zu rekonstruieren, damit das Team wieder zurück in die Gegenwart reisen kann.

Zurück in der Gegenwart versucht das Team um Coulson einen Weg zu finden, die bevorstehende Zerstörung der Erde zu verhindern. Auf der Suche nach dem Kree-Orb, der im Zusammenhang mit der Zerstörung der Erde steht, werden sie von einer Roboterarmee der Offizierin Hale angegriffen, welche von deren Tochter Ruby angeführt wird. Dem Team gelingt es jedoch, den Angriff abzuwehren.

Die Explosion des Kree-Orbs zerstörte drei Monolithen und erzeugte einen Riss in der Raum-Zeit. Diesen will Fitz mit Hilfe von Gravitonium und einer Apparatur schließen. Coulson meldet sich freiwillig, die Maschinezu aktivieren. Er bricht jedoch zusammen und das Team findet heraus, dass er nach dem Vorfall mit dem Ghost Rider infiziert worden ist. Das Team muss nun seine Pläne überdenken.

Als sich der Riss in der Raumzeit wieder zu öffnen beginnt, schickt Fitz Agenten los, um weiteres Gravitonium zu suchen. Das Team trifft dabei Caine, der ihnen erklärt, dass das Element auf der „Principia“, einem Schiff von Cybertech, transportiert wurde. Das ist jedoch verschwunden. Vermutlich ist das Gravitonium während des Sturms ausgetreten und hat das Schiff in den Himmel befördert.

Fitz sucht nach einem Weg, das Gravitonium zu komprimieren, um den Dimensionsriss zu schließen. Derweil halten Coulson, May und Piper die Offizierin Hale auf dem Zephyr gefangen. Diese offenbart, dass sie auf solch eine Situation vorbereitet war und droht damit, alles in die Luft zu jagen. Simmons, Mack und Yo-Yo werden von einem Roboter attackiert, den Mack von der „Principa“ mitgebracht hat.

General Hale offenbart Coulson, dass Hydra bereits Kontakt zu einer außerirdischen Konföderation aufgenommen hat. Sie bietet ihre Hilfe bei einer bevorstehenden Alien-Invasion an. Außerdem bittet sie Coulson, sich mit ihr im Kampf gegen diese Invasion zu vereinen – in der Hoffnung, Johnson als mächtige Waffe gegen die Außerirdischen einsetzen zu können.

Auf Befehl von Hale absorbiert Creel das Gravitonium und erleidet heftige Visionen. Er beschließt daraufhin mit Coulson und Talbot zu fliehen. Unterdessen machen May und Johnson Robin ausfindig, die sofort eine Vision vom Standort von Coulson und Talbot in den Bergen zeichnet. Zurück im Lighthouse überzeugt Simmons Yo-Yo davon Fitz zu befreien und eine Spur zu Hydras Gravitoniumwaffe zu verfolgen.

Ruby verfolgt Coulson und Talbot durch die Berge, doch Johnson kommt ihnen zur Hilfe. Deke wird bei der Aktion von Hale und ihren Männern angeschossen. Unterdessen dringen Fitz, Simmons und Yo-Yo in eine Hydra Einrichtung ein und sabotieren eine der Infusionskammern. Doch sie werden von der Roboterarmee gestoppt und nur Yo-Yo kann entkommen. Sie entdeckt, dass die Robotersoldaten alle mit Ivanov verbunden sind, den sie versucht auszuschalten.

Johnson und May gelingt es, Hale ausfindig machen und nehmen sie gefangen. Sie offenbart den beiden Rubys Plan, die gesamte Welt zu zerstören und bringt sie zu ihr. Bei ihr angekommen, kann das Schlimmste gerade noch verhindert werden. Als Yo-Yo realisiert, wer Ruby wirklich ist, holt sie zum Gegenschlag aus. Zurück am Leuchtturm, versucht Talbot Robin zu entführen. Aber Coulson und Mack können ihn rechtzeitig überwältigen.

Coulson versucht die Basisstation gegen die Übernahme von Qovas zu verteidigen, der mit seinen Truppen an das Gravitonium kommen will. Um die S.H.I.E.L.D. Agenten zu retten, friert Talbot Simmons ein und absorbiert das restliche Gravitonium. Dank seiner neuen Kräfte schafft er es, den Angriff abzuwehren und mit Coulson zu fliehen. Unterdessen gelingt es Johnson, Robin und Polly mit der Hilfe von Caine wiederzufinden.

Nachdem Talbot auf das Schiff der Qovas gelangt, übernimmt er die Führung und besteht auf eine Anhörung mit der Konföderation. Kasius’ Vater überzeugt Talbot davon, nach einer weiteren Quelle für Gravitonium zu suchen, um noch stärker zu werden und die Invasion von Thanos zu stoppen. Zurück im Leuchtturm gelingt es dem Team den Zephyr startklar zu machen, um ebenfalls zum Schiff der Konföderation zu gelangen.

Coulson und May werden von Qovas in eine Zelle gesperrt, während Mack und Yo-Yo Talbot mit seinen bösen Absichten konfrontieren. Deke kann Coulson und May befreien. Nachdem sie einen erneuten Angriff abwehren konnten, kehren sie zurück, doch dann wird Coulson ohnmächtig. Fitz und Simmons finden glücklicherweise das rettende Serum. Die Agenten stehen jedoch vor einer schwierigen Entscheidung.

Im spannenden Finale stellt sich das Team der Herausforderung um Coulsons Leben oder Tod. Die falsche Entscheidung wird die Zerstörung der Erde verursachen. Die Agenten teilen sich deshalb auf: Mac, May und Fitz retten Personen, während Daisy & Co.ulson Talbot verfolgen. Talbot hat sein Schiff gelandet und beginnt bereits das Gravitonium aus der Erde zu ziehen. Werden sie Talbot stoppen können und werden Couslon und Daisy den Kampf überleben?