LA에서 기묘한 살인이 발생한다. 설마 우리가 아는 인휴먼의 소행인가. 맥과 함께 출동하는 콜슨. 워치독을 쫓아 LA로 간 데이지 역시 같은 사건에서 수상한 냄새를 맡는다.

환영인가 실제인가. 유령의 정체가 묘연한 가운데 힘겹게 추적을 이어가는 데이지. 콜슨이 새 국장의 지시로 바쁜 사이, 메이는 불안한 기색이 역력하다. 분명 뭔가 잘못됐어.

우리는 괴물도 범죄자도 아니다! 인휴먼 등록제를 폐지하라며 곳곳에서 자행되는 정전 테러. 자칭 인휴먼 반란군의 진압을 콜슨 팀에서 맡긴 했는데, 관련 정보가 너무 없다.

워치독을 막는 데 한계를 느낀 데이지. 결국 옛 동료를 찾아가 도움을 청한다. 정보 수집에 실패한 콜슨과 맥은 뜻밖의 지원군을 맞닥뜨리는데. 그래, 불은 불로 싸우는 법!

유령 퇴치에 힘이 되리라는 콜슨의 기대가 무색하게, 좀처럼 단체 행동에 적응하질 못하는 로비. 단서를 찾아 교도소에 침투한 콜슨과 메이는 수상한 내부 분위기에 당황한다.

위험천만한 실험이 임박했다. 촌각을 다투는 작전이 시급한 이때, 기지에 들이닥쳐 콜슨을 가로막는 국장. 동생과 대면한 로비는 마침내 고스트 라이더의 진실을 털어놓는다.

팀의 절반을 잃었다. 처참한 희생이 도저히 믿기지 않는 팀원들. 사라진 그들을 되돌릴 방법은 없는가. 동료들을 구할 해답, 어쩌면 저 판도라의 상자에 있을지도 모른다.

LA가 위태롭다. 쉴드가 개입한 상황까지 공개되자, 여론을 의식한 국장은 모든 병력을 동원하라 지시하고. 결국 로 비와 데이지까지 전격 투입해서 일라이 처리에 나서는 팀.

지금은 다크홀드를 안전하게 지키는 일이 급선무. 국장의 지시에 따라 팀이 에이다 처리에 나선다. 그녀, 아니 그것이 직접 행동하기 시작했다는 사실은 꿈에도 모른 채.

행사장에 저격수가 나타나 소동이 벌어진다. 표적은 국장. 이번엔 총알을 피했지만, 암살 기도가 또 있을지는 아무도 모른다! 피츠는 은밀히 별도의 연구를 시작한다.

국장과 함께 상원 청문회의 참석하는 데이지. 그녀의 답변 하나하나에 쉴드의 운명이 걸렸다! 그 사이 콜슨은 불법을 피하려는 장군의 만류를 뿌리치고 금지된 곳에 잠입한다.

쾨닉 가의 요원이 납치됐다. 누가, 어떤 목적으로 그를 데려갔나. 한편 팀원들의 질문 공세를 영리하게 빠져나가는 복제 레드클리프. 심지어 역공격으로 팀을 뒤흔드는데!

메이가 사라지고, 다크홀드는 넘어갔다. 메이를 찾아줄 마지막 희망을 좇아 스페인으로 가는 콜슨. 한편 의원실에서 수상한 폭발이 일어나면서 쉴드가 또 다시 궁지에 몰린다.

국장의 위치를 파악해 출동하는 콜슨과 팀원들. 그곳에서 과거 사건을 마주한 콜슨은 이 모 든 일의 발단을 깨닫고. 드디어 국장과 메이를 구출할 담대한 작전이 시작된다.

진짜 인간이 복제 로봇으로 바꿔치기 된 세상. 남은 자들의 운명도 장담할 수 없다. 그러나 지금 할 수 있는 일이라곤, 내가 안다는 사실을 저들에게 들키지 않는 것뿐.

프레임워크 안에서 펼쳐지는 전혀 다른 세상. 쉴드가 몰락하고 하이드라가 장악했으며 내가 더는 이 세상 사람이 아닌 세상. 이 가상의 감옥에서 동료들을 꺼내야 한다.

현실로 돌아가는 출구를 찾아야 해. 데이지가 래드클리프를 추적하는 동안 저항군을 찾아가는 콜슨과 시몬스. 그리고 마침내, 저항군의 지도자가 모습을 드러낸다.

진짜 세계를 누가 믿겠는가. 사실대로 말하려는 시몬스를 시기상조라며 말리는 콜슨. 한편 저항군 세력이 포로를 구출하러 하이드라 진영에 잠입하면서 일전이 벌어진다.

빼돌린 설계도를 검토하다가 공포에 휩싸이는 시몬스. 회복한 데이지는 메이와 함께 탈주에 성공하지만, 하이드라의 조작된 뉴스 탓에 테러범으로 찍혀 운신이 힘들어진다.

탈출의 기쁨은 그리 오래가지 못했으니. 두고 온 동료와 사라진 동료에다 새로워진 에이다와 기지 공격까지, 숨 돌릴 틈 없는 요원들. 진짜 세계로 돌아온 것을 환영하네!

여전히 갇힌 동료들은 프레임워크가 소멸하기 전에 돌아올 수 있을까. 여전히 다크홀드를 지닌 적들은 또 어떻게 진화할 것인가. 그렇게 쉴드의 운명이 다시금 갈림길에 선다.