Ajan Coulson ve S.H.I.E.L.D ekibi, süper güçleri olan yeni birini keşfettiklerinde aynı türde insanlar arayan başka bir kuruluşla karşı karşıya gelir.

Fitz ve S.H.I.E.L.D. ekibi, Simmons'ı yutan antik monolitin sırlarını açığa çıkarmak için bir Asgardlı'dan yardım alır.

Rosalind'in ekibi, süper gücü olan insanların peşine düşerken Daisy, Mack ve Coulson Lincoln'ü korumak için yarışır.

Rosalind ile bilgi paylaşmayı isteksizce kabul eden Coulson ve S.H.I.E.L.D. ekibi, süper güçleri olan bir katili aramaya başlar.

Başka bir gezegendeki dramatik kurtuluşundan sonra Simmons, acımasız yeni bir dünyada hayatı için nasıl savaşması gerektiğini gösterir.

Hunter ve May'in, Ward ve Hydra'nın peşinden gittikçe aldıkları riskler daha da artar. Bu sırada, Daisy ve Coulson, S.H.I.E.L.D.'dan saklanan sırlar olmasından şüphelenmeye başlar.

S.H.I.E.L.D. ekibi tehlikeli gerçekler keşfederken Ward'ın, S.H.I.E.L.D.'ı yok etme planları şaşırtıcı bir şekilde değişir.

Ward'ın intikam kampanyası karşısında S.H.I.E.L.D. ekibi güçsüzleşir. Ajan Coulson durumu düzeltmek için her şeyi göze alır.

S.H.I.E.L.D. ve Hydra, Coulson'ın dünyasını sonsuza dek değiştirecek bir savaşa girer.

Ajan Coulson, Gideon Malick'in desteğiyle Hydra'ya sonsuza kadar son vermeye her zamankinden daha çok kararlıdır.

Coulson ve General Talbot, süper güçleri olan insanlar hakkındaki sempozyumda Malick'in içeriden bir adamı olduğundan şüphelenir.

Malick'i Rusya'ya kadar takip ettikten sonra, Bobby ve Hunter bir suikast planına karışır. S.H.I.E.L.D. ekibi, tehlikedeki hayatları kurtarmak için yarışırken ekip içerisinde değişimler olur.

Radikal bir grubun ortaya çıkmasıyla Ajan Mack ve kardeşi çapraz ateşte kalır. Bu sırada, Simmoms her şeyi değiştirecek güçlü bir kimyasal bileşik keşfeder.

Daisy, gücü sayesinde öngördüğü bir geleceği durdurmaya çalışır. Bu sırada Hive, Gideon'a gerçek gücünü gösterir. Giyera ise, tarafını seçer.

Ekip, yeni bir düşman hakkında bilgi arar; Malick'in geçmişindeki sırrı, Hydra mirasını yok etmekle tehdit eder.

Ajan Daisy Johnson, herkesi etkileyecek bir görev için Gizli Savaşçıları bir araya getirir. Hive'ın güçleri hakkındaki bilgiler, S.H.I.E.L.D.'ın çevresine karşı güvensizliğine neden olur.

Hive, insanüstü güçleri olanları kendi tarafına çekmeye devam ederken, S.H.I.E.L.D. ekibi büyük bir sınavdan geçer.

Ajan Coulson ve ekibi, Hive'ın insan ırkı için ölümcül planlarını ortaya çıkarır.

"Kaptan Amerika: Kahramanların Savaşı" olaylarının S.H.I.E.L.D. ekibini insanüstü güçleri olanların listesini çıkarmak zorunda bırakır.

S.H.I.E.L.D. ekibi, Hive'ı ele geçirdiğinde ve Hive'ın ana planı nihayet ortaya çıkar.

S.H.I.E.L.D. ekibi, Hive ile savaşmak için harekete geçmelidir.