לאחר הקרב האפי עם ג'אינג וצבא הלא-אנושיים קולסון מנסה לאחד את האירגון ומחפש בעולם אחר אנשים בעלי כוחות מיוחדים, לאור האיום המתמיד של אירגון הטרור הידרה שנבנה מחדש.

הצוות מקבל עזרה מאסגרדיאן כדי לפתור את הסודות לטובת שיחרורה של סימונס. בינתיים, הסוכנת מאי נמצאת בפרשת דרכים.

דייזי, מאק וקולסון מנסים להגן על לינקולן מהצוות של רוזהלינד. האנטר מוכיח שהוא יחצה כל קו אדום בכדי לנקום בווארד והידרה.

קולסון והצוות חולקים מידע עם רוסלינד ומחפשים אחר יצורים לא אנושיים שהורגים יצורים לא אנושיים אחרים. בינתיים, מאי חושבת שמשימתו של האנטר להפיל את וורד עוברת לפסים אישיים מדי.

אחרי מסע חילוץ דרמטי מכוכב אחר, סימונס עדיין מסוחררת ומספרת איך הייתה צריכה להילחם על חייה בעולם חדש ומסוכן, והצליחה לשרוד.

הכל מוטל על הכף והסיכון גבוה יותר כשקולסון מתלווה לרוזלינד לביתה ואחר כך למתקן ימל"א. בינתיים, דייזי, מאק והנטר עוקבים אחרי בנקס, ובובי ומלינדה יוצאות לחפש אחר התוקף של אנדרו.

בעוד דייזי והצוות מנסים להגן על האיניומנס, מתגלה אמת מזעזעת על אחד מהאויבים הגדולים של ארגון שילד. פיץ עוזר לסימונס להוציא מידע מהטלפון הסלולרי שהיה איתה על הכוכב הזר, ומגלה מידע חדש.

בש.י.ל.ד. יוצאים למשימת הסתננות למתקן ימל"א. קולסון מנסה לחקור את רוזלינד כדי שתודה בקשרים שלה להידרה. ותכניתו של וורד לתקוף את הארגון מקבלת תפנית חדה בעודו מתוודע להיסטוריה הארוכה והמסתורית של הידרה.

תכנית הנקמה של וורד גורמת נזק רב, וקולסון מוכיח שהוא יעשה הכל כדי לסגור חשבון.

ש.י.ל.ד והידרה נלחמים ראש-בראש, וקולסון ופיץ לוקחים את הסיכון האולטימטיבי, בזמן שדייזי והבלתי האנושיים מנסים לשמור על הידרה במפרץ.

קולסון והנשיא אליס מגיעים להסדר וקולסון פותח במצוד אחר מאליק. בינתיים, דייזי מובילה את הצוות לבוגוטה, לאיתור איניומן פורע חוק, אך מתגלה שהסיפור הרבה יותר מורכב.

קולסון וגנרל טלבוט נאלצים לחבור ולהשתתף בדיון על הבלתי אנושיים, בו הם מאמינים כי למאליק יש איש בפנים. בינתיים, יריב מן העבר שב לתמונה, והצוות מגיע לתגלית הקשורה לטריג'ן.

בובי והאנטר מגיעים לרוסיה בעקבות מאליק במטרה לגלות מה הוא מתכנן לעשות שם עם הבלתי אנושיים, אך נלכדים בתוך מזימת התנקשות. צוות שילד נקלע למשימה קיצונית לה הם לא ציפו.

קבוצה קיצונית מופיעה עם תכנית חיסול לבלתי אנושיים והסוכן מאק נלכד באש הצולבת יחד עם אחיו. במקביל, סימונס חושף תרכובת כימית העלולה להשפיע על עתיד הבלתי אנושיים.

דייזי מקבלת הצצה מחרידה אל העתיד וצוות שילד יוצא למבצע על מנת להוכיח שהעתיד אינו כתוב מראש.

זכרונות מעברו של גדעון מייסרים אותו, כש-"וורד" מכנס את המועצה הפנימית של הידרה. בינתיים, דייזי ולינקולן מחפשים חבר לשעבר בעולם הבא, והשאר חוקרים חברות שהידרה רכשה.

דייזי מזעיקה את הלוחמים הסודיים למשימת הבכורה שלהם. בש.י.ל.ד. מגלים מידע נוסף על כוחו של הייב, וזה מאלץ אותם לפקפק בנאמנותם של האנשים שבהם הם בוטחים.

פיץ-סימונס יוצאים למשימה שתסייע להם לעצור בעד הייב ולרפא את דייזי מהשפעתו. בינתיים, הייב ממשיך לגייס איניומנז לשורותיו. פיץ-וסימונס שוקלים את המשך יחסיהם.

סכנה מרחפת על הייב, והייב מאיים על האנושות. הנאמנויות של כולם עומדות למבחן ועל הצוות לקבל להחלטה חותכת.

צוות ש.י.ל.ד יוצאים לסכל את תוכניתו של הייב ואולי אף לתפוס אותו. ובינתיים, בבסיס, דייזי סובלת מייסורי מצפון ותסמיני גמילה.

המאבק מגיע לשיאו בסיום העונה, כאשר קולסון והצוות עושים את כל המאמצים האפשריים על מנת ללכוד את הייב לפני שיממש את האיום שלו וישעבד את העולם.