Skye, preferující nyní své skutečné jméno Daisy Johnson, je v čele projektu Inhumans a dalším na seznamu nově aktivovaných Inhumans je Joey Gutierrez. Musí se k němu ovšem dostat dřív než jejich rivalové z ATCU. Daisy se snaží Joeymu nastínit jeho nový život, ale není v tom tak dobrá jako Lincoln, který však nechce mít s S.H.I.E.L.D.em nic společného. Brzy se ukáže, že na Inhumans má spadeno jeden z nich, Lash. Fitz je mezitím jediný, kdo ještě nevzdal pátrání po Jemmě, a sleduje každou stopu, na kterou natrefí. Bobbi se zotavuje ze svého zranění a Hunter je připraven pomstít se Wardovi.

Ward realizuje svůj plán a snaží se postavit Hydru zpět na nohy. Hunter byl pověřen, aby ho vypátral a zabil. Vyhledá proto agentku May, která před několika měsíci S.H.I.E.L.D. opustila, aby mu s tímto úkolem pomohla. Fitz si uvědomí, že onen monolit je ve skutečnosti portál a Coulson se spojí s Asgarďanem Elliotem Randolphem, aby jim pomohl portál otevřít.

ATCU jde stále po Lincolnovi, je po něm vyhlášeno pátrání. Lincoln požádá Daisy, aby mu pomohla. Coulson si domluví schůzku s Rosalind, aby jim Lincolna přenechala. Nakonec jí ho však přenechá on, protože potřebuje ochránit Daisy. Lincoln ale uteče a Coulson je donucen spolupracovat s ATCU. Hunter a May se setkají s mužem, který je jejich vstupenkou k Hydře. Hunter se však musí nejdříve zúčastnit souboje na život a na smrt, aby dokázal, že je Hydry hoden. Fitz se snaží pomoct Jemmě s aklimatizací a konečně ji vezme na slíbené rande.

Daisy zjistí, že Lash využívá k vyhledávání Inhumans jednoho z nich. May se zastaví za Coulsonem, aby ho upozornila, že Hunter nad sebou ztrácí kontrolu a vrhá se do velkého nebezpečí. Žádá ho o posilu, jelikož se blíží jejich setkání s Wardem. Mezitím se Inhumans připletou do potyčky, během které Skye zjistí, že Lash se proměňuje z lidské podoby. Do tváře mu ale neviděla.

Jemma vypráví Fitzovi vše o tom, co se přihodilo během těch šesti měsíců, které strávila na jiné planetě. Snaží se mu vysvětlit, proč se potřebuje vrátit zpátky. Na planetě nebyla totiž sama. Potkala tam Willa, astronauta, který planetu obývá už 14 let. Společně se snažili najít cestu zpět, ale nakonec i Jemma ztratila veškerou naději a smířila se se svým osudem.

May a Bobbi zahajují pátrání po von Struckerovi, který utekl z místa činu výbuchu, po kterém Andrew bojuje o svůj život. Po von Struckerovi pátrá i Ward, který chce von Struckera zabít. Coulson tráví den s Rosalind, která mu slíbila prohlídku ATCU. Daisy, Mack a Hunter mezitím prověřují své podezření týkající se identity Lashe. Fitz pracuje na způsobu, jak zachránit Willa, ale zatím se mu nedaří najít způsob, jak se k němu dostat.

May konfrontuje Andrewa ohledně jeho tajemství, což se vymkne kontrole. Lincoln kontaktuje Macka, aby mu sdělil, co se dozvěděl. Lash je někdo z S.H.I.E.L.D.u a je potřeba zjistit, kdo to je, dřív než bude pozdě. Daisy a Roselind probírají své různé pohledy na život Inhumans a nakonec si uvědomí, že svět není tak černobílý. Fitzovi se podaří získat nahrávky a fotky z telefonu Simmonsové, což ho přivede na novou stopu. S.H.I.E.L.D. se vrhá do akce na dopadnutí Lashe. Ward mezitím dál pokračuje ve svém plánu na zničení S.H.I.E.L.D.u a Coulsona.

Coulson bere Rosalind na prohlídku základny S.H.I.E.L.D.u, aby mohl infiltrovat ATCU a zjistit, co se tam skutečně děje. Na průzkum vyšle Bobbi a Huntera, kteří s pomocí zbytku týmu učiní šokující odhalení. Napětí mezi Fitzem a Simmons dovrší maxima a veškeré jejich pocity se dostanou na povrch. Ward mezitím začíná uvádět do chodu své plány a jeho prvním obětním beránkem se stává Andrew. Fitz a Simmons odhalí velmi důležitou informaci, která se týká nejen Willa, ale i celého S.H.I.E.L.D.u a Hydry.

Ward se začne mstít, čímž u Coulsona překročí veškeré meze. Coulson jmenuje Macka ředitelem S.H.I.E.L.D.u, aby ho v jeho nepřítomnosti zastoupil, protože se s Hunterem a Bobbi vydává na cestu zabít Warda. Fitz a Simmons se mezitím dostávají do spárů Hydry. Jsou mučeni, aby jim prozradili informaci, jak se dá z cizí planety dostat zpět.

Členové Hydry v čele s Wardem, Fitz a Coulson prošli portálem a snaží splnit misi včas, aby se stihli vrátit v momentě, kdy se portál znovu otevře. Fitz vyhledá Willa, aby mohl dodržet slib, který dal Jemmě. Společně vytvoří plán a vzdorují Hydře. Coulson je odhodlán najít Warda a pomstít smrt Rosalind. Jemma se mezitím snaží osvobodit za pomocí starého známého a celý tým S.H.I.E.L.D.u zaútočí na základnu Hydry, aby zachránili své agenty.

Coulson dělá vše proto, aby se dostal k Malickovi a mohl tak konečně skoncovat s Hydrou. Rozhodne se k tomu využít i bolestivé prostředky. Část týmu se mezitím vydává do Bogoty, kde na sebe upozornila další z Inhumans, Elena Rodriguez, jejíž schopností je superrychlost. Mack, Bobbi a Hunter se však brzy dostávají do nebezpečí, když se ukáže, že Elena není jediná z Inhumans, která by mohla způsobit problémy.

Coulson a jeho tým se ve spolupráci s Talbotem vydávají na mezinárodní konferenci, kde se má rozhodnout o osudu Inhumans. S.H.I.E.L.D. se domnívá, že se podařilo Malickovi zlákat některého z účastníků na svou stranu a chce dotyčného odhalit. Fitz a Simmons mezitím zřejmě našli způsob, jak zabránit proměně v Inhumans.

Bobbi s Hunterem sledují Malicka, který je dovede až na Sibiř. Bobbi, která jako jediná z týmu ovládá ruštinu, se vydává v utajení mezi ruské vojáky a infiltruje jejich základnu. Situace se brzy vyhrotí, když se ukáže, že mezi členy vlády se nachází jeden z Inhumas. Tým běží Bobbi na pomoc, ale ona je společně s Hunterem zatčena.

Skupina extrémistů, kteří chovají odpor k Inhumans, zaútočí na jednu ze základen ATCU. Coulson tuší, kdo za útokem stojí a společně s Lincolnem po něm začne pátrat. Daisy a Fitz se vydávají zneškodnit skupinu, která za útokem stála, přičemž se Fitz ocitne ve smrtelném nebezpečí. Mack špatně nese odchod Bobbi a Huntera a vydává se na návštěvu za svým bratrem, během které je však vyrušen, protože je povolán na pomoc Daisy. May a Simmons se mezitím snaží najít Lashe.

S.H.I.E.L.D. dostane hlášení od záhadného muže, který má zprávu pro Daisy. Jedná se o Charlieho Hintona, jednoho z Inhumans, který ukazuje záblesky z budoucnosti těm, kteří se ho dotknou. Hydra se k němu bohužel dostane dříve než S.H.I.E.L.D., ale Daisy se ho stihne na poslední chvíli dotknout, přičemž uvidí záblesky budoucnosti, ve které ji mimo jiné Coulson zastřelí. Ten se tak snaží budoucnost zvrátit a nařizuje Daisy, aby zůstala na základně.

Daisy svolává svůj tým Secret Warriors, se kterými se vydává na pomoc zbytku týmu, který zajala Hydra. S.H.I.E.L.D. se po Malickově výpovědi dozvídá, že Hive má schopnost ovlivňovat myšlenky Inhumans a domnívá se, že se Hive dostal k jednomu z jejich týmu. Nemohou jim tedy věřit a FitzSimmons se snaží zjistit, jak své přátele otestovat, aby zjistili, kdo z nich se dostal do spárů Hydry.

Tým se snaží vzpamatovat z Daisyina útoku a chystá se narušit Hiveovy plány. FitzSimmons se s Mackovou pomocí vydávají do utajení, aby se mohli dostat k vědci Holdenu Radcliffovi, který by jim mohl pomoci s imobilizací Hiveových schopností. Tento jejich plán se však zvrtne, když jsou nečekaně vyrušeni. Hive a Daisy mezitím pokračují v budování své armády Inhumans.

S.H.I.E.L.D. se snaží vypátrat, kde se Hive s Daisy a ostatními Inhumans ukrývají, což se jim nakonec povede. Vybaven nejlepšími zbraněmi je vyslán tým agentů, který má za úkol Hivea zabít. Mack věří, že Daisy je částečně stále na jejich straně a chce ji zachránit. Lincoln je pro záchranu Daisy ochoten obětovat i vlastní život. Hive se mezitím snaží proměnit své kandidáty v Inhumans, ale k tomuto úkonu potřebuje krev žijícího Kree...

Za Coulsonem se po podepsání Sokovijské smlouvy (Captain America: Civil War) vydává na příkaz prezidenta generál Talbot, který ho má přesvědčit, aby přiznal existenci S.H.I.E.L.D.u a nahlásil kvůli bezpečnosti všechny Inhumans, se kterými spolupracuje. Coulson se rozhodne Talbotovi odhalit všechna svá tajemství, aby ho nenutil k závazkům smlouvy. Hive mezitím využívá Daisyinu krev k vytvoření Inhumans z obyčejných lidí. Lincoln už má své karantény a bezmocnosti po krk a rozhodne se kontaktovat Daisy, aby ho dostala ven.

Daisy už není pod vlivem Hivea, ale trpí abstinenčními příznaky, a proto ji Coulson drží na základně pod zámkem. Daisy mezitím S.H.I.E.L.D.u předává veškeré informace a jim se zakrátko podaří zjistit, kde se Hive i s raketovou hlavicí nachází. Musí mu zabránit v masové proměně obyčejných lidí v jeho zmutované Inhumans.

Hive unese Daisy, aby měl jistotu, že jeho letadlo S.H.I.E.L.D. nesestřelí. Neví však, že se na palubu tajně vplížili May s Fitzem, kteří Daisy osvobodí. Zároveň jim na pomoc přijíždí zbytek týmu a začíná se naplňovat vize z budoucnosti, které se Daisy obávala. Jednoho z přítomných agentů čeká brzy smrt. Kdo z nich obětuje pro záchranu světa svůj vlastní život?