Die dritte Staffel präsentiert direkt einen neuen Gegner der Agents. Als S.H.I.E.L.D. erneut einen Menschen mit Superkräften aufspürt, treffen sie auf eine Organisation, die es ebenfalls auf den Inhuman abgesehen hat. Und die Organisation nutzt jedes Mittel, um an ihre Ziele zu gelangen. Fitz leidet noch immer unter dem Verschwinden von Simmons – er will sie um jeden Preis finden und wieder mit ihr zusammen sein.

When a new Inhuman is discovered, Coulson and the team have an encounter with another organization seeking powered people; Fitz goes to extreme measures to determine how to get Simmons back.

Džoi je dobio supersposobnosti s kojima se ne zna nositi i velika je opasnost za okolinu, srećom Štit ga na vrijeme spašava da ne bude ubijen.Kolson želi da otkrije ko stoji iza misterioznih ubistava nadljudi.Fic na sve načine pokušava da vrati Simonsovu koja je nestala u nesreći s monolitom.

Колсън и екипът намират нов нечовек и разбират, че има друга организация, която търси хора със специални сили.

능력자를 자꾸 놓치는 팀. 한 발 앞서 움직이는 저들은 누구인가. 인휴먼은 어디로 왜 끌려간 걸까. 경쟁 조직의 등장에 긴장한 동료들과 달리, 피츠는 다른 데 정신이 팔렸다.

Cuando Coulson y el equipo descubren un nuevo Inhumano, S.H.I.E.L.D. se encuentra cara a cara con otra organización que busca gente con poderes. Y todavía recuperándose de la dramática desaparición de Simmons, Fitz llega a extremos para intentar descubrir como recuperarla.

La population de Seattle cède à la panique lorsqu'un individu apparemment désemparé sème la destruction autour de lui. Comprenant qu'il subit de puissantes mutations métamorphiques, Skye et plusieurs agents du S.H.I.E.L.D interviennent. Avec l'aide de Mack, elle tente d'apaiser ce malheureux après avoir procédé à son extraction. Pendant ce temps, Coulson doute qu'il reste la moindre chance de sauver Simmons. En effet, le monolithe ne livre aucun de ses secrets. Refusant de baisser les bras, Fitz se rend au Maroc afin de récupérer un artefact qui pourrait être une clef d'activation. Une fois sur place, il se heurte à une bande de trafiquants...

לאחר הקרב האפי עם ג'אינג וצבא הלא-אנושיים קולסון מנסה לאחד את האירגון ומחפש בעולם אחר אנשים בעלי כוחות מיוחדים, לאור האיום המתמיד של אירגון הטרור הידרה שנבנה מחדש.

Amikor Coulson és csapata talál egy új Embertelent, a S.H.I.E.L.D. szemben találja magát egy rivális szervezettel. Fitz vakmerő tetteket hajt végre, hogy megtalálja Simmonst.

Seattle, Washington. Joey Gutierrez, un neo-inumano capace di sciogliere il metallo, braccato dall'Unità di Contenimento delle Minacce Avanzate (UCMA) viene tratto in salvo da Daisy, Mack e Hunter che lo prendono sotto la custodia dello S.H.I.E.L.D. mettendolo al corrente del suo retaggio ottenendo il solo risultato di sconvolgerlo e farlo infuriare, motivo per cui Daisy decide quindi di chiedere l'aiuto di Lincoln, che nel frattempo ha deciso di costruirsi una vita normale come dottore. Nel frattempo Coulson si mette in contatto con la leader dello UCMA, Rosalind Price, nel tentativo di capire perché i suoi uomini catturino gli Inumani, dalla loro conversazione tuttavia essi capiscono che anche qualcun altro li sta cercando e uccidendo: Lash, mostruoso inumano che attacca l'ospedale in cui lavora Lincoln nel momento in cui questi viene contattato da Daisy e Mack; all'arrivo dello UCMA Lash si ritira e Daisy, prima di fare altrettanto, tenta di convincere Lincoln a tornare nello S.H.I.E.L.D., sebbene questi si dia invece alla fuga. In seguito il presidente degli Stati Uniti annuncia ufficialmente la creazione dello UCMA, una nuova organizzazione impegnata nel contenimento di possibili minacce superumane. Nel frattempo Fitz, all'ossessiva ricerca di un modo per liberare Simmons dal monolite Kree, si reca a Tangeri, Marocco, per sottrarre a dei trafficanti locali un'antica pergamena rinvenuta tempo addietro con l'artefatto e che, secondo le storie, descrive cosa sia il monolite. Una volta rientrato alla base con la pergamena tuttavia, scopre che vi è incisa una sola parola: "morte" (ebraico: מוות).

海に溶け出したテリジェンを含んだフィッシュオイルが市場に出て、それを飲んだインヒューマンズが次々と覚醒していた。シールドはその保護を試みるが、常に謎の集団に先を越されている。だがついに、高度危機抑制部隊ATCUの女性リーダー、ロザリンドの居所をつかむ。コールソンとロザリンドは互いに相手がインヒューマンズを隠していると考えていたが、第三者が新しいインヒューマンズを消しているらしいことが判明する……

Sinds de Terrigan-kristallen in zee zijn gevallen, worden wereldwijd steeds meer mensen door blootstelling aan de Terrigan-materie Inhumans. Er ontstaat een nieuw overheidsteam dat deze Inhumans moet vangen: Advanced Threat Containment Unit. Daisy besluit Lincoln erbij te halen om deze nieuwe Inhumans te helpen, maar hij heeft geen interesse. Beiden worden in het ziekenhuis aangevallen door Lash, een monsterlijke Inhuman die op andere Inhumans jaagt. Ondertussen heeft Phil Coulson een ontmoeting met Rosalind Price, de leider van ATCU, en is Leo Fitz op zoek naar een manier om Jemma terug te halen.

Graças à dispersão de um elemento químico, o surgimento de inumanos aumentou, causando sérias consequências. Enquanto isso, surge uma nova organização para cumprir o objetivo da "extinta" S.H.I.E.L.D.

Quando Coulson e sua equipe descobrem um novo Inumano, a S.H.I.E.L.D. dá de cara com outra organização à procura de pessoas com poderes.

Некто Джоуи выпил смешанный с терригеном рыбий жир, прошёл процесс трансформации, получив способность плавить металлы, и разрушил часть Сиэтла. Агенты Щ.И.Т.а эвакуируют его в самолёт, спасая его от неизвестной организации (не "Г.И.Д.Р.ы"). Колсон пытается установить личность её главы. Пытаясь задержать Розалинду в метро (она является главой), он и Хантер попадают в плен, но сбегают. В то же время Фитц довольно большими усилиями находит рукопись со свойствами Монолита (так назвали инопланетный камень, поглотивший Симмонс в 22 серии 2 сезона). Дейзи и Мак просят Линкольна, работающего врачом, помочь Джоуи. На них нападает неизвестный, наши герои противостоят ему, но он уходит невредимым. Президент создаёт отдел по борьбе с новыми угрозами (ОБНУ), который сможет применять любые необходимые средства. Фитц, прочитав содержимое рукописи, в ярости бьёт по Монолиту, но это ни к чему не приводит. Симмонс попала на неизвестную, возможно необитаемую планету.

Ajan Coulson ve S.H.I.E.L.D ekibi, süper güçleri olan yeni birini keşfettiklerinde aynı türde insanlar arayan başka bir kuruluşla karşı karşıya gelir.

Skye, preferující nyní své skutečné jméno Daisy Johnson, je v čele projektu Inhumans a dalším na seznamu nově aktivovaných Inhumans je Joey Gutierrez. Musí se k němu ovšem dostat dřív než jejich rivalové z ATCU. Daisy se snaží Joeymu nastínit jeho nový život, ale není v tom tak dobrá jako Lincoln, který však nechce mít s S.H.I.E.L.D.em nic společného. Brzy se ukáže, že na Inhumans má spadeno jeden z nich, Lash. Fitz je mezitím jediný, kdo ještě nevzdal pátrání po Jemmě, a sleduje každou stopu, na kterou natrefí. Bobbi se zotavuje ze svého zranění a Hunter je připraven pomstít se Wardovi.

乔伊像个巨大的熔化器，所有他周围的金属都会很快熔化。他身体出现的异能，不但让路人恐惧，也让他自己感到莫名其妙，并且害怕。这时，一辆车停在他面前，黑色行动队出现了，这些人用枪对准了他，并让他举起手来。还没等乔伊有进一步的反应，他们手里的枪已经开始熔化，乔伊趁机逃走，躲在小巷里。但很快乔伊又被黑色行动队的人发现了，正惊惶失措，黑色行动队的人突然像被狂风吹跑了，原来是神盾特工队赶到了，他们及时救下他来，神盾特工队的黛西，就是斯凯，她现在改名叫黛西。她说服了乔伊跟他们走，并让他进了一间封闭房，这间房突然腾空而起，将他带到了神盾局的空中飞行器中。随后，黛西向乔伊解释了发生在他身上的怪事，因为她也曾经历过同样的事，也拥有着异能。菲尔在拍下黑色行动队幕后神秘女人后，也赶了回来。他跟黛西庆幸着总算救下了第一个异能者。因为前面五个都被黑色行动队劫走了。　芭比为乔伊安排了新房间，并且告诉他这儿的人不会伤害他，他也伤害不了这儿的人。菲尔和同事们研究着那神秘女人的来历。黛西和迈克来到乔伊的房间。黛西进一步向乔伊解释了出现在他身上的特异现象，因为他身上已拥有了部分外星人的基因并被泰瑞根激活，黛西说，欢迎加入我们异人族。乔伊不敢置信地笑了起来。但当黛西说他不能再回到以前的生活中了，乔伊发怒了，迈克手里的金属板熔化烫了他的手，黛西只能出手先将乔伊击晕。菲尔让芭比打电话叫菲兹回来。菲兹却不肯马上回来，他正在摩洛哥查线索。他失去了爱着的女人西蒙斯，所以想查清巨石的属性，听说那块石头被埋在了尤卡坦，石头旁的卷轴盒里有张羊皮纸，解释了这块石头的属性。但被约瑟夫的黑社会组织抢劫带走了，所以，他要找到他来交换，他被绑着见到了约瑟夫，不顾付出生命的代价，抢走了羊皮纸逃掉。菲尔按芭比提供的线索找到了那神秘女人，不料她早有防备，并反过来抓捕了他。她说自己叫罗莎琳。罗莎琳去接电话了，菲尔才有机会逃脱。黛西和迈克去找林肯帮忙。林肯也是异人族，但他不想回来。正争执时，突然出现了一个杀异人族的怪物，三人合力才将怪物击退。但林肯的正常生活也毁了，有同事看到了他的异能，打了报警电话。因为正常社会对异人族也是追剿的。他依旧不肯黛西迈克回去，独自狂奔而去。菲兹回来了，他满怀希望地打开羊皮纸，却发现只用希伯来文写着一个词死亡。菲尔劝解他要跟过去道别，他嘴上答应了。但后来却独自打开了一直封闭着的巨石，冲着它绝望地大吼。

寇森發現一個新的死敵。