Coulson e sua equipe agora são fugitivos com recursos limitados - mas isso não os impedem de manter o mundo a salvo de ameaças poderosas e invisíveis em todos os lugares do mundo. No entanto, com os novos membros que eles mal conhecem, será possível voltar a confiar na S.H.I.E.L.D.?

Caçado e ficando sem soluções, Coulson coloca sua equipe bem na linha de fogo, na esperança de salvar todos eles. Mas com o General Talbot, a Hydra e Carl Creel em seu cerco, como eles poderiam sobreviver? Enquanto isso, o misterioso Doutor tem segredos perigosos que poderiam destruir um membro da equipe principal de agentes.

Coulson e seu time entram em uma corrida contra a HYDRA para chegar a Donnie Gill (papel de Dylan Minnette), um jovem dotado da perigosa habilidade de congelar objetos. Durante o processo, Simmons se vê no meio do fogo cruzado.

Durante uma missão para descobrir mais sobre os segredos da escrita misteriosa, Coulson se vê sendo atacado pela única pessoa em quem confia: Melinda May. Enquanto isso, o resto do time fica preso em uma situação explosiva, e cabe a Fitz salvar a todos. Ele será capaz de realizar a tarefa?

A equipe de Coulson enfrenta a bela e mortal Bobbi Morse – chefe de segurança da Hydra. Enquanto isso, o pai de Skye força Raina para reuni-lo com sua filha a qualquer custo.

O mundo se vira contra a SHIELD quando a Hydra finge ser a agência rival em uma ataque, liderado por um inimigo inesperado, às Nações Unidas.

O time descobre vítimas de assassinatos com as escritas alienígenas em cada um deles, aquelas que Coulson está escrevendo. Todos os segredos e mentiras de Coulson chegam ao auge.

Coulson e o time enfrentam uma batalha épica contra a HYDRA para descobrir um antigo segredo. Ao mesmo tempo, Ward sequestra seu irmão, Christian Ward, levando-o para uma viagem na estrada das lembranças.

A SHIELD descobre a cidade antiga antes da Hydra, mas desvendar os seus segredos podem exigir o sacrifício de um membro da equipe de Coulson. Enquanto isso, May e Skye correm para chegar até Raina antes de Whitehall.

As forças de Coulson e Whitehall colidem em um confronto explosivo que deve alterar dramaticamente o destino de todos. Enquanto isso, Skye descobre segredos chocantes sobre seu passado.

Depois de descobrir uma cidade alienígena ligada com sua própria ressurreição, Coulson e sua equipe destruíram o local antes que as forças de Hydra pudessem desvendar seus segredos, e acabaram eliminando Whitehall no processo. Mas novas ameaças surgiram, entre elas estão: Cal, o pai de Skye, que agora busca vingança contra Coulson por ele ter roubado sua chance de se vingar de Whitehall; a perturbadora aliança que se forma entre o ex-agente da S.H.I.E.L.D. Ward e a Agente 33; a enigmática Raina, que luta com sua transformação em algo Inumano pelo obelisco alienígena e agora procura vingança; e até mesmo Skye, que desenvolveu poderes misteriosos através do contato com o obelisco, mas cuja falta de experiência com suas novas habilidades podem ameaçar a segurança das pessoas que ela ama. Enquanto isso, Bobbi e Mack começam a próxima etapa de um plano que pode ter graves repercussões para Coulson e sua equipe, que nem imaginam que há outra força misteriosa em operação. E, enquanto Hunter é forçado a fazer a maior escolha de sua vida, Coulson terá sua missão ameaçada por uma chocante resolução dos eventos. A equipe de Coulson terá que lidar com as consequências de sua guerra com a Hydra enquanto revelações chocantes ameaçam separá-los, e Hydra faz uma jogada perigosa que pode envolver um traidor no meio da S.H.I.E.L.D.

Coulson e o time chegam para ajudar uma confusa Lady Sif (Thor), que perdeu sua memória após lutar contra um misterioso guerreiro cuja verdadeira missão enviará ondas de choques por toda a SHIELD. Enquanto isso, Bobbi e Mack continuam a esconder daqueles que lhes são próximos a verdadeira missão que devem concluir.

Cal busca vingança contra Coulson reunindo uma equipe de super-vilões para destruir a S.H.I.E.L.D. Enquanto isso, May convida o renomado Dr. Andrew Garner (Blair Underwood), seu carismático ex-marido, para lidar com uma crise que ameaça romper a equipe.

Coulson e sua equipe ainda estão se recuperando de uma revelação chocante que deixou a equipe em pedaços enquanto precisam decidir o que fazer com um deles. Enquanto isso, Bobbi e Mack revelam para Hunter para quem eles estão realmente trabalhando. Já Ward e a Agente 33 embarcam em uma missão pessoal.

Guerra chega à porta de Coulson de uma maneira que ele não poderia ter antecipado quando revelações chocantes vêm à tona. Enquanto isso, Skye se esforça para controlar suas novas habilidades, mas logo ela toma uma decisão que vai mudar a sua vida.

Robert Gonzalez está em ação, e Coulson deve fazer o que for preciso para proteger o futuro da S.H.I.E.L.D. Enquanto isso, a jornada de Skye para controlar seus poderes dá uma guinada surpreendente quando ela conhece o enigmático Inumano chamado Lincoln.

A história da transformação de Melinda May em "A Cavalaria" é revelada quando ela se encontra em uma encruzilhada no meio da guerra entre Coulson e Gonzales. Enquanto Skye descobre mais sobre sua herança com Lincoln, a verdade sobre os Inumanos vai colocá-la em uma nova direção.

Uma perigosa aliança é formada quando Coulson e Hunter se encontram com a última pessoa que alguém poderia esperar – Grant Ward! Enquanto a guerra entre as facções da S.H.I.E.L.D. continua, Skye e Lincoln acabam arrastados para este conflito.

Gonzales e Coulson devem encontrar uma maneira de colocar suas diferenças de lado e trabalhar juntos contra a Hidra, mesmo que isso signifique trabalhar com alguém que eles não confiam.

Skye está dividida entre a sua lealdade com a S.H.I.E.L.D. e sua conexão com os Inumanos enquanto as tensões aumentam entre os dois grupos, e Coulson revela um segredo que ele está escondendo mesmo daqueles mais próximos a ele.

A S.H.I.E.L.D. faz tudo para sobreviver a uma guerra que ultrapassa a linha entre amigo e inimigo. Coulson e sua equipe serão forçados a fazer sacrifícios chocantes que vão mudar seus relacionamentos e seu mundo para sempre.

A S.H.I.E.L.D. faz tudo para sobreviver a uma guerra que ultrapassa a linha entre amigo e inimigo. Coulson e sua equipe serão forçados a fazer sacrifícios chocantes que vão mudar seus relacionamentos e seu mundo para sempre.