Coulson i jego zespół są teraz poszukiwanymi uciekinierami, którzy dysponują ograniczonymi środkami – ale nie powstrzymuje ich to od zapewniania bezpieczeństwa światu w obliczu znajdujących się wszędzie potężnych i niewidocznych zagrożeń. Jednakże z nowymi członkami, których ledwie znają, czy będzie można znów zaufać T.A.R.C.Z.Y.?

Wciąż na celowniku i z braku innych rozwiązań, Coulson stawia swój zespół wprost na linii ognia w nadziei na uratowanie ich wszystkich. Ale mając na głowie atakujących generała Talbota, Hydrę i Creela, czy będą w stanie przetrwać? Tymczasem tajemniczy Doktor (Kyle MacLachlan) skrywa niebezpieczne sekrety, które mogą zniszczyć jednego z głównych członków zespołu.

Coulson i jego zespół ścigają się z Hydrą, chcąc dotrzeć do Donniego Gilla – niebezpiecznego osobnika obdarzonego umiejętnością zamrażania przedmiotów – podczas gdy Simmons znajduje się między młotem a kowadłem.

Zespół Coulsona musi zmierzyć się z piękną i zabójczą Bobbi Morse – szefową ochrony Hydry. Tymczasem ojciec Skye zmusza Rainę do tego, by za wszelką cenę doprowadziła do spotkania z jego córką.

Świat zwraca się przeciwko T.A.R.C.Z.Y. gdy podszywająca się pod nią Hydra atakuje Organizację Narodów Zjednoczonych, a niespodziewany wróg przewodzi szarży, by doprowadzić do jej upadku.

Zespół odkrywa ofiary morderstw, a przy nich znaki obcych – takie same jak rytuje Coulson. Wszystkie sekrety i kłamstwa Coulsona wychodzą na jaw.

Zespół staje do wyścigu z Hydrą, w celu odkrycia starożytnej tajemnicy. Tymczasem Ward porywa swojego brata, by brutalnie rozliczyć się z ich przeszłością.

T.A.R.C.Z.A. znajduje starożytne miasto przed Hydrą, ale odkrycie tajemnic może wymagać od jednego z członków zespołu Coulsona skrajnego poświęcenia. Tymczasem May i Skye ścigają się z czasem, aby dotrzeć do Rainy zanim przejmie ją Whitehall.

Coulson i siły Whitehalla spotykają się w ramach wybuchowej konfrontacji, która dramatycznie zmienia losy wszystkich. Tymczasem Skye odkrywa szokujące tajemnice na temat swojej przeszłości.

Zespół Coulsona musi poradzić sobie z konsekwencjami wojny z Hydrą, w miarę jak szokujące rewelacje zagrażają rozpadem grupy, a Hydra wykonuje niebezpieczny ruch, który może mieć związek ze zdrajcą w szeregach T.A.R.C.Z.Y.

Coulson i jego zespół spieszą z pomocą zdezorientowanej Lady Sif, która utraciła pamięć w wyniku walki z tajemniczym wojownikiem – jego prawdziwa misja odbije się szerokim echem w szeregach T.A.R.C.Z.Y. Tymczasem Bobbi i Mac nadal ukrywają swoje rzeczywiste działania przed najbliższym otoczeniem.

Cal szuka zemsty na Coulsonie i zbiera zespół Super Złoczyńców, by zniszczyć T.A.R.C.Z.Ę. Tymczasem May zwraca się do słynnego dr Andrew Garnera (Blair Underwood), swojego charyzmatycznego, byłego męża, w związku z kryzysem, który zagraża rozpadem zespołu.

Coulson i jego zespół wciąż starają się otrząsnąć po szokującej rewelacji, która załamuje wszystkich, w miarę jak muszą zadecydować, co zrobić z jednym z nich. Bobbi i Mack ujawniają swoją prawdziwą lojalność w stosunku do Huntera, podczas gdy gdzie indziej, Ward i agent 33 wyruszają z osobistą misją.

Wojna staje u progu drzwi Coulsona w sposób, jakiego się nigdy nie spodziewał, podczas gdy na światło dzienne wychodzą szokujące rewelacje. Skye zmaga się z kontrolowaniem swoich nowo nabytych umiejętności, ale wkrótce podejmie decyzję, która nieodwracalnie zmieni jej życie.

W miarę jak Robert Gonzalez wykonuje swój ruch, Coulson musi zrobić wszystko, co w jego mocy, by chronić przyszłość T.A.R.C.Z.Y. Tymczasem na drodze Skye do doskonalenia swoich nowo nabytych mocy dochodzi do niespodziewanego zwrotu, gdy dziewczyna poznaje enigmatycznego Nieczłowieka o imieniu Lincoln.

Ujawniona zostaje historia transformacji Melindy May w "Kawalerię", w miarę jak ona staje na rozdrożu w wyniku wojny pomiędzy Coulsonem i Gonzalezem. Skye dowiaduje się od Lincolna więcej na temat swojego prawdziwego dziedzictwa, a prawda na temat Nieludzi sprowadza ją na nowe tory.

Powstaje nowy sojusz po tym, jak Coulson i Hunter zwracają się do ostatniej osoby, której można by się spodziewać – Granta Warda! W miarę jak nadal trwa wojna pomiędzy frakcjami T.A.R.C.Z.Y., w konflikt angażują się Skye i Lincoln.

Gonzales i Coulson muszą znaleźć sposób na odłożenie na bok swoich różnic oraz podjąć wspólne działania przeciwko Hydrze, nawet jeśli oznacza to sprzymierzenie się z kimś, komu nie ufają.

Skye jest rozdarta pomiędzy lojalnością w stosunku do T.A.R.C.Z.Y. a jej powiązaniem z Nieludźmi, w miarę jak między dwiema grupami narasta napięcie. Coulson ujawnia tajemnicę, którą ukrywał nawet przed swoimi najbliższymi.

T.A.R.C.Z.A. stawia wszystko na szali, aby przetrwać wojnę, która zaciera granicę pomiędzy przyjacielem a wrogiem. Coulson i jego zespół są zmuszeni do szokujących poświęceń, które mogą na zawsze zmienić ich relacje i świat.

Bitwa pomiędzy T.A.R.C.Z.Ą. a Nieludźmi osiąga swój szczyt. T.A.R.C.Z.A. musi obronić swoich i zapewnić Skye bezpieczeństwo.