עונה שנייה לסדרת האקשן המדוברת. בהמשך לסיום העונה הקודמת, גרנט וורד נמצא במעצר לאחר שנחשף כי היה סוכן כפול של הידרה, מלינדה מיי ממשיכה לעקוב אחרי קולסון, ניק פיורי נעלם, ופיץ נמצא בקומה.

אויבים רבים מתקרבים אל עבר חברי הצוות, וקולסון מבצע פעולה נואשת כדי להצילם. בינתיים, רופא שומר על סודות העלולים לסכן את אחד הסוכנים. בתפקיד אורח: קייל מקלכלן.

ש.י.ל.ד והידרה רודפות שתיהן אחר דני גיל, בגלל יכולות ההקפאה שלו. בינתיים פיץ מתעמת עם גרנט לראשונה מאז גרנט ניסה להרוג אותו.

קולסון ומלינדה מנסים להשיג ציור העשוי להיות המפתח למצבו ההולך ומתדרדר של קולסון. כאשר חברי הצוות לכודים, פיץ הוא התקווה היחידה שלהם.

לאחר האיומים על ריינה, היא פונה לאביה של סקיי ומבקשת ממנו את האובליסק. סימונס שולחת מסר לש.י.ל.ד., וזה מביא לפתיחה בחקירה לגילוי החפרפרת שבהידרה.

היידרה שוכרת מתנקשים שיתחזו לסוכני ש.י.ל.ד. ויתקפו את האו"ם. קולסון שולח את מלינדה, לאנס ובובי למצוא את האיש שעיצב את כלי הנשק שלהם, ומתעמת עם הסנטור שקורא לחרם נגד הסוכנות.

ניצולי פרויקט טהיטי נרצחים, וקולסון עובר תהליך כואב על מנת לזהות את הקורבן הבא. בינתיים מלינדה, בובי והאנטר עוקבים אחר וורד לאחר בריחתו ממעצר.

קולסון וצוותו מסתננים אל תחנת ממסר נידחת, כדי לפרוץ ללוויינים על מנת לחפש אחר העיר שקולסון רושם באובססיביות. גרנט וורד חוטף את אחיו הסנטור. הסוכנת קרטר מופיעה בפעם הראשונה.

הצוות מנצח את "הידרה" במירוץ לאיתור העיר העתיקה, אולם צריך לשלם כדי לחשוף את סודותיה של העיר. בינתיים, מיי וסקיי ממהרות למצוא את ריינה לפני שוויטהול יגיע אליה.

פיץ-סימונס וטריפ יורדים למנהרות כדי לטמון פצצות ליד המקדש והם לא יודעים באיזה מצב הם יתקלו שם במאק. בינתיים, סקיי נפגשת עם אביה והוא מגלה לה עובדות מפתיעות על עברה.

סקיי נמצאת בבידוד, וג'מה נמצאת בבטן האדמה ועובדת על הטבעת העיר הסודית. בינתיים, הצוות מתכונן למבצע נגד הידרה, כדי לחסל את האנשים שארגנו את מותו של טריפ. ריינה עברה שינוי, אך היא לא מרוצה.

הצוות עוזר לליידי סיף, הסובלת מאובדן זיכרון לאחר קרב קשה. בינתיים בובי ומאק ממשיכים להסתיר את המשימה האמיתית שלהם.

קאל רוצה לנקום בקולסון, ומארגן צוות של נבלי-על שישמידו את ש.י.ל.ד. מיי חוזרת אל בעלה לשעבר, ד"ר אנדרו גרנר, כדי לעזור במשבר המאיים על ההרמוניה בצוות.

לאחר גילוי מפתיע, חברי ש.י.ל.ד עומדים בפני החלטה קשה. בובי ומאק מכריזים על נאמנותם להאנטר, ו-וורד והסוכנת 33 מטפלים בעניין פרטי.

סקיי מתקשה לשלוט בכוחותייה החדשים ומקבלת החלטה חשובה. גילויים בלתי צפויים מזעזעים את קולסון ואת הצוות.

רוברט גונזלס מבצע את המהלך שלו, וקולסון חייב לעשות כל מה שאפשר כדי להגן על עתיד ש.י.ל.ד. מסעה של סקיי לשלוט בכוחותייה מקבל תפנית מפתיעה כאשר היא פוגשת דמות מסתורית בשם לינקולן.

ברית חדשה ומסוכנת נוצרת בין קולסון והאנטר לבין לא אחר מאשר גרנט וורד. סקיי ולינקולן מוצאים את עצמם באמצע הקרב בין הפלגים השונים של ש.י.ל.ד.

קולסון משכנע את גונזלס לשתף פעולה עם גרנט ובקשי כדי לחלץ את דתלוק ולינקולן מבסיס הידרה, וגם לאסוף משם מודיעין. ג'יאיינג מוזהרת מפני ריינה.

סקיי לא מסוגלת להחליט האם לחבור לש.י.ל.ד או לבלתי אנושיים, בעוד שתי הקבוצות הולכות ומתרחקות אחת מהשנייה. בינתיים, הסוכן קולסון מתוודה על סוד שלא סיפר עליו לאף אחד.

פרק סיום עונה כפול. ש.י.ל.ד מסתכנת ועושה הכל כדי לשרוד את המלחמה המטשטשת את הגבולות בין ידיד לאויב. קולסון והצוות ייאלצו לקבל החלטות קשות שישנו את עולמם לעד.

פרק סיום עונה כפול. ש.י.ל.ד מסתכנת ועושה הכל כדי לשרוד את המלחמה המטשטשת את הגבולות בין ידיד לאויב. קולסון והצוות ייאלצו לקבל החלטות קשות שישנו את עולמם לעד.