Coulson és csapata keresett bűnözőkké váltak korlátozott erőforrásokkal, de ez sem akadályozza meg őket abban, hogy megvédjenek minket és a világot az erős és láthatatlan fenyegetésekkel szemben. Ugyanakkor az új tagokkal, akiket alig ismernek, vajon visszaáll még valaha a S.H.I.E.L.D.-be vetett bizalom? Carl Creelt egy a második világháború során a Hydrától ellopott eszköz után nyomoz, míg Fitz a mentális problémáit igyekszik leküzdeni...

Miközben vadásznak rájuk kezdenek kifogyni a megoldásokból, Coulson végül a tűzvonalba helyezi csapatát abban bízva, hogy így mindenkit megment. De Talbot tábornok, a Hydra és Creelk támadásai alatt vajon valóban van esélyül az életben maradásra? Mindeközben egy titokzatos doctor néhány olyan titkot rejteget, mely a csapat egy alaptagját döntheti romba.

Coulson és csapata versenyt fut a Hydra-val, hogy elkapja Donnie Gillt, a fiút, aki képes bármit megfagyasztani, miközben Simmons két tűz közé kerül.

Miközben Coulson a titokzatos írás eredete után kutat, azon kapja magát, hogy az egyetlen ember támad rá, akiben igazán bízik, Melinda May. A csapat többi tagja szorult helyzetbe kerül, és csak Fitz képes megmenteni őket, de vajon sikerül neki?

Coulson csapata szemben találja magát az életveszélyes Bobbi Morse-szal, a Hydra biztonsági főnökével. Közben Skye apja kényszeríti Rainát, hogy vigye el neki a lányát, bármi áron.

A közvélemény a S.H.I.E.L.D. ellen fordul, amikor a Hydra a S.H.I.E.L.D.-nek kiadva magát megtámadja az ENSZ-t. Időközben egy váratlan ellenfél nehezíti a dolgukat.

A csapat olyan hullát talál, akinek a testén ugyanolyan vésés jelek vannak, mint amiket Coulson készít. Miközben Coulson titkát egyre nehezebb titokban tartani.

Coulson és csapata végső leszámolásra készül a Hydra-val, hogy felfedjenek egy ősi titkot, miközben Ward elrabolja a bátyját, és sötét titkokra derül fény.

A S.H.I.E.L.D. hamarabb fedezi fel az ősi várost, mint a Hydra. Ám a titoknak nagy ára van, ami egyikük életébe kerülhet. Eközben May és Skye azon van, hogy Whitehall előtt kapja el Rainát.

Coulson és Whitehall emberei összecsapnak az ősi város felett, ami beteljesítheti többek végzetét. Skye megdöbbentő dolgokat tud meg a múltjáról.

Coulson és csapata elpusztítja az ősi várost, mielőtt a HYDRa kezére kerül, ám új fenyegetéssel kell szembesülniük. A korábbi SHIELD, Ward, a 33-as ügynök és Raina szövetkezik. Fel akarják használni az Obeliszk által szerzett új képességeiket, ám nem tudják az ismeretlen erőt biztonságosan használni.

Coulson és csapata elpusztítja az ősi várost, mielőtt a Hydra kezére kerül, ám új fenyegetéssel kell szembesülniük. A korábbi S.H.I.E.L.D., Ward, a 33-as ügynök és Raina szövetkezik. Fel akarják használni az Obeliszk által szerzett új képességeiket, ám nem tudják az ismeretlen erőt biztonságosan használni.

Cal bosszút akar állni Coulsonon, ezért gonosztevőkből álló csapatot verbuvál. May közben meghívja volt férjét, Dr. Andrew Garnert, hogy segítsen Skye kiértékelésében.

Coulson csapatát meggyengíti a tény, hogy Skye-nak különleges képességei lettek, Bobbi és Mack lelepleződik Hunter előtt. Ward és a 33-as ügynök személyes akcióba kezd.

Coulson érzi, hogy elkerülhetetlen konfliktus előtt áll, miközben Skye azzal küzd, hogy kordában tartsa új, emberfeletti képességeit.

Fény derül May múltjára, megtudjuk, miért kapta a "Lovasság" nevet, miközben Coulson és Gonzales viszálya egyre inkább kiéleződik. Mindeközben Skye egyre többet tud meg az őseiről Lincolntól.

Veszélyes szövetségest talál magának Coulson, Grant Ward személyében, és amikor viszály tör ki a S.H.I.E.L.D.-en belül, Skye és Lincoln a kellős közepén találják magukat.

Gonzales and Coulson must find a way to put their differences aside and work together against HYDRA, even if it means teaming up with someone they don't trust.

Skye-nak választania kell a SHIELD és a különleges adottságokkal rendelkező emberek között, miközben Coulson felfed egy titkot, amiről senki sem tudott.

A S.H.I.E.L.D. mindent kockára tesz, amikor háború robban ki. Coulsonnak és csapatának komoly áldozatokat kell hoznia, ami örökre megváltoztatja az életüket és a világ sorsát is.

A S.H.I.E.L.D. mindent kockára tesz, amikor háború robban ki. Coulsonnak és csapatának komoly áldozatokat kell hoznia, ami örökre megváltoztatja az életüket és a világ sorsát is.