Coulson znovu buduje SHIELD. K tomu ale potřebuje lidi, ale hlavně obranu. Proto posílá svůj tým do tané vojenské základny, aby získali nějakou technologii. Do cesty se jim ale postaví nový nepřítel s nebezpečnou schopností.

Honba za tajemným obeliskem pokračuje. Kromě Coulsona, Talbota a Hydry je zde ještě další strana, která po něm prahne. A vypadá to, že právě k této zatím neznámé straně patří nyní Raina.

Ředitel Coulson se pro S.H.I.E.L.D. snaží získat nadaného mladíka, po kterém lační i Hydra. Jak s tím vším ale souvisí agentka Jemma Simmons?

Ředitel Coulson a agentka May se v utajení vydávají získat umělecké dílo, které by jim mohlo pomoct získat klíčové informace o záhadných mimozemských znacích.

Raina se ocitne ve svízelné situaci. Kvůli obelisku, který nedávno ukradla, se jí snaží všichni zabít. Kontaktuje Coulsona a žádá o pomoc.

Po útoku Hydry na OSN začne senátor Ward brojit proti SHIELDu, protože útok byl spáchán tak, aby to vypadalo jako útok Coulsonovy organizace.

Posedlost symboly vstupuje do závěrečné fáze. Coulson z toho již začíná pomalu bláznit. Symboly jsou ale nalezeny v jiných částech země, na tělech mrtvých lidí. Mezitím, Coulsonův tým pátrá po Wardovi, který uprchl během převozu do jiné věznice.

S.H.I.E.L.D. soupeří s Hydrou o odhalení pradávného tajemství, zatímco Grant Ward konečně stane tváří v tvář se svým bratrem.

Coulsonův tým spěchá do záhadného města, aby konečně odhalil tajemství obestírající mimozemské znaky.

S.H.I.E.L.D. i Hydra spěchají do tajemného chrámu odhalit nejen jeho vlastní tajemství, ale i tajemství některých z jejich vlastních řad. Čím se stanou?

Skye a zbytek týmu odhalují její zvláštní schopnosti, které by mohly znamenat katastrofu.

Na Zemi se vrací mocná asgardská válečnice lady Sif, která bude nyní potřebovat Coulsonovu pomoc víc než kdy předtím.

Otec Skye dává dohromady tým nebezpečných superzločinců, který chce poštvat proti Coulsonovi a jeho lidem.

Zatímco se ředitel Coulson snaží vyrovnat se stále sílícími schopnosti Skye, začíná se kolem něj stahovat smyčka hned dvou nových hrozeb.

Phil Coulson a Lance Hunter vrací úder proti Gonzalesovi a jeho „skutečnému“ S.H.I.E.L.D.u, zatímco Skye se setkává se skupinou jí podobných lidí. Anebo spíše „nelidí“?

Melindě May se „Kavalérie“ neříká bezdůvodně. Jak tuto záhadnou přezdívku získala? Co se stalo v Bahrajnu před sedmi lety?

Zatímco se Skye snaží víc sblížit se svým otcem, ředitel Coulson je nucen hledat nového spojence v Grantu Wardovi.

Coulson se se svým původním týmem vydává do samotného nitra Hydry, nedůvěra uvnitř celé skupiny ale přitom houstne čím dál tím víc.

Cesty S.H.I.E.L.D.u a tajemných Inhumans se konečně střetnou a Skye se musí rozhodnout, na čí straně skutečně stojí.

Válka s Inhumans vrcholí a hlavní hrdinové stojí před osudovým rozhodnutím. Závěrečná epizoda druhé řady seriálu Agents of S.H.I.E.L.D. je dvojdílem a počítá se tedy zároveň jako 21. i 22. epi­zoda série.

Speciální dokument oslavující 75 let historie společnosti Marvel Comics. Uvádí Emily VanCamp.