세상을 지키는 정부의 방패막 쉴드. 그 요원 중에도 정예만 선발해 미지의 적을 추적하는 팀이 탄생했다. 그 중심은 콜슨 요원. 그런데 콜슨, 자네 언제 어떻게 돌아온 건가?

깜짝 컨설턴트까지 합류하며 팀이 완성됐다. 아직 팀워크는 전무하지만, 어쨌거나 임무를 위해 페루로 날아간 팀. 의문의 위험 물질을 조사하던 도중 웬 군대를 맞닥뜨린다.

쉴드에서 특급 보안으로 관리하던 천재 물리학자가 납치됐다. 위치 정보가 노출됐다면, 쉴드에 첩자가 있는 것인가. 이제는 콜슨과 팀원들이 박사의 위치를 찾아낼 차례다.

거액의 다이아몬드가 사라지는 강도 사건이 잇달아 벌어진다. 모두 동일한 수법. 그것도 여성 한 명의 단독 범행이다. 철통 보안을 뚫었다는 그녀는 대체 누구인가.

공중에 뜬 채로 발견된 시신들. 이상 자연현상인가, 첨단 신무기인가. 혹은 기밀 명단에 있는 누군가의 짓인가. 원인을 찾지 못하면 누구도 무사할 수 없다. 팀원마저도.

본부 기지인 허브로 간 팀. 워드가 피츠와 함께 기밀 임무에 나서자, 보안 등급 미달로 작전에서 빠진 팀원들은 어째 불안해진다. 콜슨 말대로 시스템만 믿어도 될 일인가.

천 년을 버틴 고목이 쓰러지고, 그 안에 있던 물건이 사라졌다. 그와 동시에 곳곳에서 벌어지는 폭력 사건. 그리고 유유히 사라진 범인이 남긴 메시지. "우리는 신이다!"

불가사의한 사고를 몰고 다녀 괴물이라 불리는 여자. 죄책감에 시달리면서도 자기가 한 일은 아니라는데. 그녀는 정말 무고한가. 그렇다면 이 가공할 파괴력은 어디서 오는가.

연방 교도소가 뚫렸다. 현장에 남은 유일한 단서, 센티피드. 탈옥자와 더불어 센티피드 군사를 찾아라. 불은 불로 다스릴지니, 본부에서 파견된 비장의 무기를 활용할 것.

산산이 조각난 심장이 어떻게 되살아난 걸까. 죽음에 얽힌 비밀 앞에서 흔들리는 콜슨. 비행기에는 쉴드의 핸드 요원이 합류해 팀원들을 자기 방식으로 지휘하기 시작한다.

마침내 밝혀진 스카이의 과거. 모두를 지키려면 무엇이 최선인가, 콜슨과 메이가 고민에 잠긴다. 팀원들은 풀장이 얼어붙는 괴이한 사건을 맡아 쉴드 훈련소를 찾아간다.

퀸을 잡으면 천리안에게 한 걸음 가까워지지. 퀸의 물건이 실린 기차에 오른 콜슨과 팀원들. 각자 흩어져 물건의 행방을 쫓지만, 별안간 통신이 끊기고... 기차가 사라졌다!

스카이가 위독하다. 팀원들이 슬픔에 빠져 자책하는 동안, 콜슨은 메이에게 비행기 조종을 지시한다. 이제 모든 진실을 알 때가 왔군. 나를 살렸던 의료진을 찾아가지.

남자들을 굴복시키는 마법을 부리는 로렐라이가 지구로 탈출한다. 뒤쫓아온 레이디 시프가 팀에 도움을 청하지만, 로렐라이의 마수는 생각보다 널리 뻗어 있었다!

쉴드의 천리안 대책회의가 열리고, 가렛과 트리플렛 요원이 팀에 합류해 용의자 범위를 좁혀 나가기로 한다. 그 전에 먼저, 한층 진화한 천리안 오른팔부터 막아야 한다.

진짜 천리안은 따로 있었다. 우리 중에 스파이가 있었다니, 이제 누구도 믿을 수 없는 콜슨. 급기야 팀원에게 총을 겨누는 순간 비행기가 알 수 없는 경로로 방향을 튼다!

하이드라의 침투에 기지 곳곳이 무력화된 쉴드. 그래도 콜슨 팀은 아직 무사하다. 정부 기관에서 해체해 버리기 전에 유령처럼 사라질 수만 있다면, 앞으로도 무사하리라.

비밀 기지의 보안을 위해 거짓말 탐지기가 동원된다. 지금 떨고 있는 자, 그가 첩자다. 한편 탈옥한 능력자를 필사적으로 쫓는 콜슨. 놈을 잡아야 사랑하는 그녀를 지킨다.

메시지를 남기고 사라진 팀원들. 누가 적군이고 누가 아군인가. 상황을 파악하려 콜슨과 남은 팀원들이 애쓰는 그때, 비밀 기지에 부대가 들이닥친다. 낯익은 얼굴과 함께.

가렛과 처음 만난 15년 전을 떠올리는 워드. 그때 제안을 거절했더라면 모든 게 달라졌을까. 콜슨은 모든 문제의 요체가 사이버텍이라 판단하고, 메이와 함께 작전에 나선다.

인원도 무기도 열세다. 오직 신념 하나로 뭉쳐서 뛰는 팀원들. 실종된 동료들을 찾아내고 하이드라 세력을 무너뜨리리라. 그 전에 괴물로 변한 가렛부터 끝장내야 한다!