Агент Фил Колсън повежда своя екип на ЩИТ по дирите на обикновен човек с необикновени способности. Способности с опустошителни последици.

Колсън и хората му заминават за Перу, за да изследват обект с неизвестен произход, наречен 084. Но когато се натъкват на комендант Камила Рейес, във въздуха прехвърчат искри.

Ученият доктор Франклин Хол е отвлечен и хората на Колсън се надпреварват с времето, за да го открият. Скай е единственият им шанс да го открият, но планът се обърква.

Агент Колсън и екипът му се опитват да открият тайнствена жена, извършила множество рисковани кражби. Но когато самоличността на жената е разкрита, тайната заплашва да съсипе Колсън.

Във водата се появяват мъртви тела и Колсън и хората му трябва да открият загадъчен убиец.

От екипа на Колсън се пазят опасни тайни. Той надхитрява системата, за да спаси Уорд и Фиц, изпратени на класифицирана мисия с ниво 8, която може да завърши трагично.

В резултат на събитията, описани в бъдещия филм Тор: Светът на мрака, Колсън и Агентите на ЩИТ събират парчетата - едно от тях заплашва да унищожи член на екипа.

Колсън и неговият екип са преследвани от мистериозна сила, която заплашва да ги унищожи. Само тайна от миналото на Мей може да ги спаси.

Колсън отвръща на Стоножката и е време да извика супер войника Майк Питърсън за подкрепление. Приближават се до истината и наяве излизат потресаващи тайни, а неочакван обрат заплашва екипа.

Колсън разкрива важна информация за мистерията около смъртта си, но отмъщението на Стоножката може да коства един от екипа.

Колсън и Мей разкриват изумителна информация за миналото на Скай, а екипът се промъква в буря в  Академията на ЩИТ.

Екипът на Колсън е по следите на Ясновидеца. Оказват се на мистериозен влак, който изглежда се е запътил към смъртта.

Колсън продължава с атаката, за да спаси Скай и открива шокираща истина за собствения си живот и за ЩИТ.

Когато Колсън и екипът му са атакувани от Лорелай, но Лейди Сиф, дългогодишен враг на Лорелай, се намесва, за да ги спаси.

Агент Гарет и Триплет се завръщат, за да помогнат на Колсън и екипа му да заловят врага на Щ.И.Т. - Ясновидеца.

Оказва се, че Колсън и екипът му не могат да се доверят на никого и откриват, че са попаднали в капан с предател сред тях.

Полковник Глен Талбот е по петите им, затова Колсън и екипа му търсят убежище на единственото място, където няма да ги търсят. Там те откриват най-тъмните тайни на ЩИТ - тайни, които могат да ги унищожат.

След като светът им се обръща с главата надолу, Колсън се опитва да спаси живота на единствената си истинска любов, а мистерията с "Виолончелиста" най-накрая се разкрива.

Точно, когато няма на кого да се доверят, Агент Мария Хил, се връща, за да помогне на Колсън и екипа.

В предпоследния епизод преди финала на сезона, предателството на Уорд и шокиращите тайни на ХИДРА се разкриват. Екипът на Колсън извършва мисия под прикритие, която не оставя никой безучастен.

Разкриват се тъмни тайни, докато Колсън и екипът му залагат всичко, за да спрат Гарет и силите на ХИДРА за края на сезона.