Колсон собирает новую команду, чтобы противостоять преступной организации. Сюжет разворачивается как продолжение кинофильма «Мстители». Но нужно не только набирать группу, но и внимательно следить за происходящими в городе событиями, ведь появляются первые сверхлюди, встреча с которыми может стать последней. Путем долгих уговоров Скай соглашается работать вместе с Филом.

Выясняется, что подключение к проекту агента Скай было ошибкой, ведь на самом деле она работает на противника. Но выясняется это слишком поздно, когда вся группа уже находится в Перу и выполняет свое задание. Предстоит первая встреча с инопланетным устройством, на работе которого завязаны события, происходящие сейчас.

Занимаясь новым расследованием, команда Фила неожиданно встречается с прошлым в лице их бывшего агента Акеллы Амадор. Ее личность всплывает во время поисков украденных бриллиантов. Кража была совершена профессионально, и никто не мог подумать, что Амадор способна на это. И по ходу дела выясняется, что действует она не самостоятельно, за ее спиной стоят очень влиятельные люди.

Оказывается, появление Скай в команде Колсона не было случайным. Становится история ее жизни и выясняются мотивы, приведшие ее к Филу. Тем временем сотрудники «Сороконожки» выслеживают своего первого сверхчеловека. Но вместо того, чтобы обезвредить его, предлагают ему участие в своей группировки, гарантируя защиту и новое имя.

Шлем расы Читаури становится причиной страшного заболевания, которое губит человека изнутри. Случайно найденный пожарными на месте великого сражения в Нью-Йорке, шлем приходит в активное состояние и заражает свою первую жертву. Команда Колсона начинает расследовать это дело и параллельно искать лекарство против новой болезни. Неожиданно выясняется, что один из людей Фила тоже заразился. А это значит, что противоядие нужно найти как можно быстрее.

Скай продолжает поиски сведений о своих родителях, но пока информации недостаточно, чтобы быть довольной результатами. Скай не допущена к текущему проекту, ведь в команде Колсона она не так давно, к тому же ее личность не проверена на сто процентов. Задание уровня «восемь» получают в работу не все, и вот Скай не доверили это дело. она все равно пытается узнать подробности расследования, не забывая при этом о своей главной задаче.

Серия связана с фильмом «Тор 2. Царство тьмы». Происходит словно продолжение событий из фильма, главными участниками которых становятся агенты команды Колсона. Теперь нужно не только ликвидировать последствия произошедшего, но и найти то, что потеряли Берсерки. И эта находка может серьезно изменить ход последуюших событий на планете.

Ханна Хатчинс владеет телекинезом. Но она не всегда может контролировать свои способности или управлять ими, поэтому происходит череда взрывов, в совершении которых она обвиняется. Колсону и его людям нужно найти Ханну как можно быстрее, ведь очевидно, что она втянута в серию паранормальных явлений, и если не прекратить эти события сейчас, потом уже будет слишком поздно.

Проект «Сороконожка» снова нарушает более-менее спокойный ритм жизни. Теперь Рейна получает шанс стать носителем информации по созданию суперсолдат, а это значит, что о мире на Земле можно будет забыть, ведь созданные для войны, они ее и начнут. Колсон находит Майка, который в свое время стал первой жертвой Рейны. Но та находит возможность заполучить Майка обратно, и теперь у него нет шансов выжить. Вся надежда на Колсона.

Рейна продолжает противостояние с Колсоном. Теперь ей удалось выяснить прошлое Фила и даже его удивительную историю воскрешения, о которой мало кто осведомлен. Сам Колсон вынужден снова вернуться в прошлое, чтобы и самому лучше разобраться в том, что произошло. И подробности эти его совсем не радуют. Ведь если его спасли специально, значит надо понять, по какой причине это сделали.

Снова сюжет возвращается к Скай. Кажется, есть надежда на то, что можно выяснить данные о ней. И Колсон вместе с Мей не хотят упускать такой шанс, ведь Скай допущена уже к очень многим проектам, и в случае провала нельзя допустить, чтобы она рассекретила известные ей данные. Но не все так просто, как кажется сначала. Кто-то словно специально не дает агентам Колсона выяснить все детали.

Во время осуществления новой операции Скай получает серьезное ранение. Рядом с ней Колсон и он старается помочь. Но также он узнает еще много подробностей, и новая информация мало способствует тому, чтобы оставить Скай жизнь. Странное секретное устройство, назначение которого пока не удалось определить, выслеживают агенты Колсона. Скорее всего именно оно является ключом к разгадке личности Скай.

Дела у Скай совсем плохи, и хотя Колсон уже готов сохранить ей жизнь, становится ясно, что сделать это не так-то и легко. Агенты Фила подсказывают ему, что есть только один шанс спасти Скай: подключить ее к аппарату, который когда-то вернул к жизни самого Колсона. Но сделать это непросто и надо понимать, какие последствия это будет иметь. Фил не готов рисковать жизнью Скай и соглашается на эксперимент.

Мелинда и Колсон понимают, что их работа влияет на отношения не самым лучшим образом. Но дел столько, что разбираться в этом сейчас совсем нет времени. Появляется таинственная Сиф. Ее женские чары настолько сильны, что никто не может противостоять им. А она совсем не заинтересована в мужчинах, ее сфера интересов гораздо шире. И надо побыстрее найти возможность объяснить всем агентам, чем она опасна для них.

Фил подозревает Мелинду в том, что она работает не только на его команду. Происходит убийство Провидца, но Колсон совсем не уверен в том, что убит тот, за кого они приняли найденное тело. Есть все сомнения полагать, что это был подставное лицо, и надо быстрее понять, кто за этим стоит. Подозрения против Мелинды появились очень не кстати…

Колсону удается подать, кто скрывался под маской Провидца. Но это не приносит радости, ведь теперь сам Фил находится под подозрением. Виктория считает, что он работает на «Г.И.Д.Р.У.», а этом значит, что надо доказывать свою непричастность и ли соглашаться с приговором, который будет вынесен для Колсона. Череда странных событий и последующих убийств круто меняет ход событий.

Грант и Рейна становятся теперь главными в проекте, поскольку Колсон и его люди не могут открыто защищать себя. Они вынуждены ото всех скрываться, в то время как ни подходящего самолета, ни возможности хоть как-то получать необходимые сведения, у них нет. Постепенно все движется к хаосу.

Скай засекретила все данные на винчестере. Таким нехитрым образом она обезопасила свою жизнь, ведь без ее участи получить доступ к информации нельзя. В то же время это становится и сильной угрозой для ее жизни, если она не согласится выполнять задания Рейны. Мелинда больше не верит в возможности команды Колсона и принимает решение уйти из нее.

Скай всеми способами пытается сохранить себе жизнь. Когда Грант в кафе просит расшифровать ее диск с данными Рейны, она на самом деле не начинает работу с винчестером, а ждет полицейских. Но Грант предвидит такой вариант развития событий, поэтому прибегает к помощи Майка. Тот занимается Скай, пока Грант разбирается с полицейскими. Мелинда добывает Колсону нужную информацию.

Даже с учетом новых данных, Колсону не хватает информации о «Г.И.Д.Р.Е.», и он принимает решение с помощью навыков Скай раздобыть нужные сведения. Она запускает вирус в компьютер и получает несколько минут для скачивания важной информации. Но это оказывается пустой тратой времени, поскольку в электронном виде нужных данных нет. Колсону удается завладеть важными документами, только вместе с Мелиндой им сложно уйти из здания.

Грант очень основательно подготовился к итоговой схватке, поэтому с первого раза Майк не смог его убить. Колсон понял, в чем причина волшебной силы Гранта, и наконец лишил его жизни. Выясняется, что Рейна в курсе, что на самом деле случилось с родителями Скай. Теперь ее отец знает, что Скай жива, а это значит, что их встреча скоро состоится.