Στο πρώτο επεισόδιο, μόλις έχει γίνει η μάχη στη Νέα Υόρκη και τώρα όλοι γνωρίζουν ότι υπάρχουν υπερήρωες και εξωγήινοι, ενώ ο κόσμος προσπαθεί να ανταπεξέλθει στη νέα πραγματικότητα.

Ο Coulston και οι πράκτορές του πηγαίνουν στο Περού για να ερευνήσουν ένα αντικείμενο αγνώστου προελεύσεως με το κωδικό όνομα 0-8-4. Όταν όμως συναντά τυχαία την Comandante Camilla Reyes, ο έρωτας γεννιέται στα 30.000 πόδια.

Όταν ο εξαίρετος επιστήμονας Dr. Franklin Hall πέφτει θύμα απαγωγής, ο Πράκτορας Coulston και οι πράκτορές του θα πρέπει να βιαστούν και να τον εντοπίσουν.

Ο πράκτορας Coulson και η ομάδα S.H.I.E.L.D. προσπαθεί να εντοπίσει μια μυστηριώδη γυναίκα που από μόνη της έχει διαπράξει αμέτρητες ληστείες.

Ένα κορίτσι με λουλουδάτο φόρεμα μπορεί να κρατά το κλειδί για το μυστήριο που οδηγεί τον Coulson και την ομάδα του στην Ασία για να σώσουν έναν νεαρό άντρα με ασυνήθιστη και επικίνδυνη δύναμη.

Όταν επιπλέοντα πτώματα κάνουν την εμφάνισή τους, ο Coulson και οι πράκτορες της ομάδας S.H.I.E.L.D θα πρέπει να εντοπίσουν και να συλλάβουν έναν επικίνδυνο δολοφόνο.

Κάποια πράγματα παραμένουν μυστικά για την ομάδα του Coulson, και ο ίδιος προσπαθεί να σώσει τους Ward και Fitz όταν τους στέλνουν σε μια απόρρητη αποστολή που μπορεί να καταλήξει σε τραγωδία.

O Πράκτορας Coulson και η ομάδα του δέχονται επίθεση όταν ένα απομεινάρι των Asgardian κάνει την εμφάνισή του.

Ο Coulson και η ομάδα του καταδιώκονται από μια μυστηριώδη δύναμη που απειλεί να τους καταστρέψει και μόνο ένα μυστικό από το παρελθόν της May μπορεί να τους σώσει.

Ο Coulson αυτή τη φορά ζητά την υποστήριξη του σούπερ-στρατιώτη Mike Peterson. Καθώς πλησιάζουν στην αλήθεια, αναπάντεχα μυστικά αποκαλύπτονται και μια απρόσμενη τροπή απειλεί την ομάδα.

Ο Coulson αποκαλύπτει σημαντικές πληροφορίες για το μυστήριο του θανάτου του, κάτι που μπορεί να κοστίσει τη ζωή ενός μέλους της ομάδας του.

O Coulson και η May αποκαλύπτουν συγκλονιστικές πληροφορίες για το παρελθόν της Skye, ενώ η ομάδα πέφτει σε μια "καταιγίδα" στην Ακαδημία S.H.I.E.L.D.

Στα ίχνη του Clairvoyant, ο Coulson και η ομάδα του επιβιβάζονται σ’ ένα μυστηριώδες τρένο που φαίνεται ότι θα τους οδηγήσει σε βέβαιο θάνατο.

Στην προσπάθεια του να σώσει την Skye, ο Coulson αποκαλύπτει συγκλονιστικές αλήθειες για τη δική του ζωή αλλά και για την ομάδα.

Όταν ο Coulson και η ομάδα του δέχονται επίθεση από την Lorelei, η Lady Sif, φίλη του Thor, επεμβαίνει προσπαθώντας να τους βοηθήσει.

Οι πράκτορες Garrett και Triplett επιστρέφουν για να βοηθήσουν την ομάδα του Coulson να εντοπίσει τον διαβολικό εχθρό της S.H.I.E.L.D., Clairvoyant. Όμως ο Deathlok είναι έτοιμος να τους καταστρέψει όλους προκειμένου να διαφυλάξει την ταυτότητα του κυρίου του.

Ο Coulson και η ομάδα του συνειδητοποιούν ότι δεν μπορούν να εμπιστευτούν κανέναν, καθώς ανακαλύπτουν ότι υπάρχει ένας προδότης ανάμεσά τους.

Σε αντίξοες συνθήκες ο Coulson κάνει αγώνα δρόμου να σώσει τη μοναδική του αγάπη, καθώς το μυστήριο του "The Cellist," που ξεκίνησε στο The Avengers της Marvel τελικά αποκαλύπτεται.

Eκεί που νομίζει ο Coulson ότι δε μπορεί να εμπιστευτεί κανέναν, βρίσκει έναν αναπάντεχο σύμμαχο. Η πράκτορας Maria Hill επιστρέφει και ενώνουν τις δυνάμεις τους για να αποτρέψουν την καταστροφή της ομάδας S.H.I.E.L.D.

Η προδοσία του Ward και τα τρομερά μυστικά της HYDRA αποκαλύπτονται όταν η ομάδα του Coulson αναλαμβάνει μία μυστική αποστολή που δεν αφήνει κανέναν αλώβητο.

Σκοτεινά μυστικά έρχονται στην επιφάνεια καθώς ο Coulson και η ομάδα του ρισκάρουν τα πάντα για να σταματήσουν τον Garrett και τις δυνάμεις της HYDRA.