Agent Coulson se vrací, aby složil speciální tým, který bude po Bitvě o New York reagovat na nepozemské hrozby. Spolu se špičkovým agentem Wardem, tajemnou Melindou May, dvojkou geeků a hackerkou se pouští do prvního případu. Tím se stává "neregistrovaný superhrdina", který zachránil ženu z hořícího domu. Jeho schopnosti však ohrožují nejen jeho samotného, ale také široké okolí.

Coulsonův tým odlétá do Peru, kam je odvolán kvůli nálezu neznámého předmětu. Kromě toho se zde Coulson setkává se svou bývalou spolupracovnicí. - Mezitím, mezi zkušenými agenty v týmu se ozývají hlasy, že Skye neměla být k misi přizvána, protože není ani agent, ani trénována pro boj.

Během přesunu je unesen Dr. Franklin Hall, fyzik pracující pro S.H.I.E.L.D. Coulsonův tým je okamžitě přesměrován na tento úkol. Na místě únosu je objeveno zařízení, které spolu s Hallem před mnoha lety vyvíjel i Ian Quinn. Proto tým přesune veškerou pozornost na tohoto nyní velice bohatého a vlivného muže, který však žije na Maltě. Tam S.H.I.E.L.D. nemůže a tak Coulson vysílá Skye, aby se stala jejich člověkem uvnitř.

Ve Švédsku jsou za podivných okolností ukradeny diamanty. Coulsonův tým je vyslán, aby to vyšetřil. Na kamerových záznamech poznává ženu, kterou vycvičil jako agentku. Akela Amador je však již několik let považována za mrtvou a tak se vyšetřování dostává do osobní roviny. Coulson nevěří, že by se z Amador stal zločinec a proto jí pronásledují až do Běloruska.

V Hong Kongu se na veřejnosti předvádí muž, který dokáže rukou rozdělat oheň. Přihlížející si myslí, že jsou to triky, protože muž je iluzionista. Ve skutečnosti je ale Čchan pyrokinetik, kterého S.H.I.E.L.D. už zná. Ten je osloven neznámou ženou, která ho ještě ten večer unese. Vyšetřování jeho zmizení zavádí Coulsonův tým do Texasu, kde se Skye potkává se svým starým známým.

Tým vyšetřuje sérii úmrtí zahrnujících levitaci a elektromagnetické anomálie. Přestože si původně mysleli, že má smrti na svědomí nějaká zbraň, krátce na to zjistí, že se jedná o mimozemský virus přenesený z helmy Chitauri. Simmons je během vyšetřování infikována a společně s Fitzem se snaží najít lék, dřív než bude na její záchranu pozdě.

Coulsonův tým převáží agenta v utajení a jeho informace do přísně tajného zařízení S.H.I.E.L.D.u zvaného HUB. Zde se setkávají s agentkou Victorií Hand, která na základě nově získaných informací připravuje důležitou misi. Zpravodajci zjistili, že separatisté z Jižní Osetie vyvinuli zařízení, které dokáže na dálku spouštět cizí zbraně. Ward a Fitz jsou vysláni, aby zařízení lokalizovali a zneškodnili. Ale ne celá operace je Coulsonovi dopodrobna objasněna.

Coulsonův tým uklízí nepořádek, který na Zemi zanechal Thorův boj s Temnými Elfy. Mezitím, v norských lesích naleznou členové radikální skupiny mimozemský artefakt, který jim propůjčí obrovskou sílu. Bohužel, tito lidé se rozhodnou s ní zacházet velice špatně a tak se tým S.H.I.E.L.D.u vydává v jejich stopách. Zjišťují, že artefakt není kompletní a najít jeho další části dříve než radikálové je klíčové. V jejich hledání jim pomáhá osoba, která skrývá mnohá tajemství.

V malém americkém městě Batesville je mladá žena viněna ze smrti čtyř lidí po výbuchu ve výzkumném středisku. Jenže se v její blízkosti stávají i další nehody a tak je povolán Coulsonův tým, aby zjistil, zda má žena nadpřirozené schopnosti.

Tři muži s technologií vyrobenou organizací Stonožka proniknou do vězení a osvobodí muže, bývalého vojáka. Coulson rekrutuje Mikea Petersona, jeden z prvních experimentů Stonožky. Ten se mezitím stal agentem S.H.I.E.L.D.u. Společně se snaží vypátrat Rainu a její super-vojáky.

Agent Coulson byl unesen květinovou dívkou Rainou, která hledá odpovědi na stejné otázky, jako on. Mezitím, celá agentura S.H.I.E.L.D. je mu na stopě.

Na akademii S.H.I.E.L.D.u se stane velice podivná nehoda, do které je zapleteno zařízení, které vyvinuli Fitz a Simmonsová. Proto letadlo Coulsonova týmu zamíří právě tam. Zde je odhaleno mnohem větší spiknutí, za kterým stojí již známé tváře.

Coulsonův tým stále pátrá po Ianu Quinnovi. Dostávají informaci, že Quinn zaplatil velkou částku za neznámý předmět, který se má převážet ve vlaku. Coulson a jeho tým proto v přestrojení nastoupí na vlaj a sledují balíček. Operace však nevyjde a všichni se ocitnou v nebezpečí.

Skye je převezena do špičkového zdravotnického zařízení S.H.I.E.L.D.u v Curychu. Ani zde však nedokáží její život zachránit. Coulson se tedy rozhodne, že najde místo, kde byl on oživen a zkusí Skye zachránit pomocí stejných léků a technologie. Jenže to není tak jednoduché. To místo se zdá, že vůbec neexistuje. Na palubě je navíc miliardář Quinn, který Skye postřelil. S.H.I.E.L.D. nařídí jeho převoz do jiného zařízeni, ale Coulson dá přednost záchraně Skye. Proto je k letadlu vyslána jiná jednotka pod velením Johna Garretta, aby Quinna přivedli.

Po příchodu Lorelei na Zemi jí následuje z Asgardu i Lady Sif, která požádá Coulsona o pomoc. Lorelei uprchla z vězení během útoku Temných Elfů a po 600 letech se pravděpodobně bude opět snažit získat sílu a moc. Její předností je schopnost ovládat muže pouze svým hlasem. Toho okamžitě na Zemi začne plně využívat. Coulsonův tým i Sif jsou jim na stopě, jenže Lorelei na svou stranu získá někoho silného. Mezitím, Coulsona trápí, co viděl za dveřmi s nápisem T.A.H.I.T.I.

Deathlock se vrací a je ještě ničivější. S.H.I.E.L.D. se ho obává, stejně jako Jasnovidce. Proto se Coulson spojí s několika agenty, včetně Garretta a Handové, aby hrozbu Jasnovidce konečně zastavili. Myslí si, že by to mohl být někdo, kdo byl na seznamu S.H.I.E.L.D.u kvůli svým schopnostem. Tato stopa je zavádí k několika lidem.

Ward osvobodí Rainu a představí je Garretta jako Jasnovidce. I přes počáteční zklamání, že Garrett není skutečný jasnovidec, se rozhodne, že mu pomůže s výrobou léku. Plukovník Talbot posílá ke Coulsonově týmu vojáku, a tak Coulson nařídí Skye, aby smazala jejich identity, včetně Wardovy. Coulson odhalí tajnou zprávu, která je dovede do kanadské pustiny, kde se skrývá základna S.H.I.E.L.D.u v čele s agentem Koenigem. Ten Coulsonovi prozrazuje, že Fury je naživu. Ward se mezitím musí vydat za zbytkem týmu, protože potřebuje, aby Skye odheslovala disk, na kterém je veškerý výzkum.

Ward následuje Coulsonův tým na základnu Providence. Jeho cíl je jasný, ale ostatní mu důvěřují. Při nájezdu Hydry na Fridge uprchli z vazby držení zločinci. Většina z nich jsou psychopati, někteří navíc mají nadpřirozené schopnosti. Jeden z nich, Daniels, je obzvlášť nebezpečný. Coulson bere část svého týmu a opouští Providence, aby Danielse našel.

Coulson, Trip, Fitz a Simmonsová se vrací do Providence, ale všichni jsou pryč. I jejich letadlo zmizelo a tak musí začít pátrat po tom, kam všichni zmizeli. May se mezitím setkává ve Washingtonu s Mariou Hill, která nyní pracuje pro Stark Industries.

Coulson a jeho tým najdou spojnici mezi většinou problémů. Je jím společnost Cybertek. Proto se tam vydávají, aby zjistili nějaké informace.

Garrett začne bláznit poté, co mu Raina zachrání život jejím sérem. Obsadí laboratoř Cyberteku. Jenže právě tam také míří nejen Coulsonův tým, ale i někdo další.