Agent Phil Coulson zbiera grupę oddanych i wyselekcjonowanych agentów do pracy w światowej organizacji, znanej jako T.A.R.C.Z.A, a ich pierwszym zadaniem jest wyśledzenie zwykłego człowieka, posiadającego niezwykłe moce, których użycie może okazać się katastrofalne w skutkach.

Coulson i jego agenci jadą do Peru, w celu zbadania obiektu o nieznanym pochodzeniu, określanego kodem 0-8-4. Jednakże gdy Coulson wpada na komendant Camillę Reyes, na wysokości dziewięciu tysięcy metrów sypią się nie tylko iskry.

Gdy zostaje porwany genialny naukowiec, dr Franklin Hall, agent Coulson i jego współpracownicy muszą ścigać się z czasem, aby go zlokalizować. Ich jedyną szansą jest Skye, co sprawia, że zespół pracuje ponad siły, gdy plan wywraca się do góry nogami.

Agent Coulson i zespół T.A.R.C.Z.Y starają się wyśledzić tajemniczą kobietę, która własnoręcznie dokonała wielu bardzo ryzykownych kradzieży. Jednak gdy zostaje ujawniona jej tożsamość, kłopotliwa tajemnica może zrujnować Coulsona.

Nieuchwytna dziewczyna w kwiecistej sukience może posiadać klucz do tajemnicy, która sprowadza Coulsona i jego zespół do Azji, w celu uratowania młodego człowieka o niezwykłych i niebezpiecznych umiejętnościach. Tymczasem Skye trzyma w tajemnicy pewien sekret, który zagraża jej relacjom z zespołem, gdy jest im najbardziej potrzebna.

Gdy pojawiają się unoszące się w powietrzu ciała, Coulson i agenci T.A.R.C.Z.Y. muszą wytropić nieuchwytnego zabójcę. Nikt nie jest bezpieczny – nawet członkowie zespołu.

Przed zespołem Coulsona zostają utajnione niebezpieczne tajemnice, a on stara się przełamać system, aby ratować Warda i Fitza, gdy ci zostają wysłani z tajną misją na poziomie ósmym, która może skończyć się tragedią.

W następstwie wydarzeń ukazanych w filmie fabularnym "Thor: Mroczny świat", Coulson i agenci T.A.R.C.Z.Y. zbierają pozostałości po obcych, a jedna z nich zagraża zniszczeniem jednego z członków zespołu.

Coulson i jego zespół prześladowani są przez tajemniczą siłę, która grozi zniszczeniem ich wszystkich i jedynie tajemnica z przeszłości May może ich uratować.

Coulson przenosi wojnę z powrotem do Stonogi, tym razem sprowadzając Mike’a Petersona w ramach wsparcia. Gdy zbliżają się coraz bardziej do prawdy, ujawnione zostają zaskakujące tajemnice, a niespodziewany zwrot zagraża zespołowi.

Coulson odkrywa istotną informację na temat tajemnicy swojej śmierci, ale gdy Stonoga żąda krwi, wiedza ta może kosztować życie jednego z agentów.

Coulson i May odkrywają zaskakującą informację na temat przeszłości Skye, podczas gdy zespół wmieszany zostaje w burzę w Akademii T.A.R.C.Z.Y.

Podążając śladem Jasnowidza, Coulson i jego zespół wchodzą na pokład tajemniczego pociągu, który wydaje się zmierzać ku oczywistej zagładzie.

Coulson postanawia zaatakować, aby ratować Skye, zatrudniając do pomocy byłego dowódcę Warda, Johna Garretta (Bill Paxton), i odkrywając przy okazji szokującą prawdę na temat własnego życia oraz T.A.R.C.Z.Y.

Gdy Coulson i jego zespół zostają zaatakowani przez Lorelei, morderczą uwodzicielkę, która uciekła z Asgardu, ukochana Thora, Lady Sif, jej odwieczna nemezis, wkracza do akcji starając się ich uratować.

Agenci Garret (Bill Paxton) i Triplett powracają, aby pomóc zespołowi Coulsona w wytropieniu nikczemnego wroga T.A.R.C.Z.Y. – Jasnowidza. Ale czy Deathlok zniszczy ich wszystkich, by chronić tożsamość swojego pana?

Coulson i jego zespół znajdują się w sytuacji, gdzie nie mogą nikomu zaufać, tylko po to, by się przekonać, że utknęli ze zdrajcą w swoich własnych szeregach.

Mając pułkownika Glenna Talbota na swoim tropie, Coulson i jego zespół szukają schronienia w ostatnim miejscu, w którym ktokolwiek mógłby ich szukać, gdzie zaczynają odkrywać najbardziej niebezpieczne tajemnice T.A.R.C.Z.Y. – tajemnice, które mogą zniszczyć ich wszystkich.

Mając cały świat wywrócony do góry nogami, Coulson ściga się z czasem, by ratować życie swojej jedynej prawdziwej miłości, w miarę jak tajemnica wiolonczelistki zostaje w końcu wyjaśniona.

Gdy już nikomu nie można zaufać, powraca agentka Maria Hill (Cobie Smulders), by udzielić wsparcia Coulsonowi, podczas gdy T.A.R.C.Z.A. ulega zniszczeniu.

Zdrada Warda i szokujące tajemnice HYDRY zostają ujawnione, a zespół Coulsona udaje się pod przykrywką z misją, z której nikt nie wyjdzie bez szwanku.

Zostają ujawnione mroczne tajemnice, w miarę jak Coulson i jego zespół kładą wszystko na szalę, by powstrzymać Garretta i zastępy HYDRY.

Coulson i jego zespół są teraz poszukiwanymi uciekinierami, którzy dysponują ograniczonymi środkami – ale nie powstrzymuje ich to od zapewniania bezpieczeństwa światu w obliczu znajdujących się wszędzie potężnych i niewidocznych zagrożeń. Jednakże z nowymi członkami, których ledwie znają, czy będzie można znów zaufać T.A.R.C.Z.Y.?

Wciąż na celowniku i z braku innych rozwiązań, Coulson stawia swój zespół wprost na linii ognia w nadziei na uratowanie ich wszystkich. Ale mając na głowie atakujących generała Talbota, Hydrę i Creela, czy będą w stanie przetrwać? Tymczasem tajemniczy Doktor (Kyle MacLachlan) skrywa niebezpieczne sekrety, które mogą zniszczyć jednego z głównych członków zespołu.

Coulson i jego zespół ścigają się z Hydrą, chcąc dotrzeć do Donniego Gilla – niebezpiecznego osobnika obdarzonego umiejętnością zamrażania przedmiotów – podczas gdy Simmons znajduje się między młotem a kowadłem.

Podczas misji, której celem jest dokładniejsze poznanie sekretów tajemniczego pisma, Coulson zostaje zaatakowany przez jedyną osobę, której może ufać – agentkę Melindę May. Tymczasem reszta zespołu zostaje uwięziona w wybuchowej sytuacji i tylko Fitz może ich uratować – ale czy da sobie radę?

Zespół Coulsona musi zmierzyć się z piękną i zabójczą Bobbi Morse – szefową ochrony Hydry. Tymczasem ojciec Skye zmusza Rainę do tego, by za wszelką cenę doprowadziła do spotkania z jego córką.

Świat zwraca się przeciwko T.A.R.C.Z.Y. gdy podszywająca się pod nią Hydra atakuje Organizację Narodów Zjednoczonych, a niespodziewany wróg przewodzi szarży, by doprowadzić do jej upadku.

Zespół odkrywa ofiary morderstw, a przy nich znaki obcych – takie same jak rytuje Coulson. Wszystkie sekrety i kłamstwa Coulsona wychodzą na jaw.

Zespół staje do wyścigu z Hydrą, w celu odkrycia starożytnej tajemnicy. Tymczasem Ward porywa swojego brata, by brutalnie rozliczyć się z ich przeszłością.

T.A.R.C.Z.A. znajduje starożytne miasto przed Hydrą, ale odkrycie tajemnic może wymagać od jednego z członków zespołu Coulsona skrajnego poświęcenia. Tymczasem May i Skye ścigają się z czasem, aby dotrzeć do Rainy zanim przejmie ją Whitehall.

Coulson i siły Whitehalla spotykają się w ramach wybuchowej konfrontacji, która dramatycznie zmienia losy wszystkich. Tymczasem Skye odkrywa szokujące tajemnice na temat swojej przeszłości.

Zespół Coulsona musi poradzić sobie z konsekwencjami wojny z Hydrą, w miarę jak szokujące rewelacje zagrażają rozpadem grupy, a Hydra wykonuje niebezpieczny ruch, który może mieć związek ze zdrajcą w szeregach T.A.R.C.Z.Y.

Coulson i jego zespół spieszą z pomocą zdezorientowanej Lady Sif, która utraciła pamięć w wyniku walki z tajemniczym wojownikiem – jego prawdziwa misja odbije się szerokim echem w szeregach T.A.R.C.Z.Y. Tymczasem Bobbi i Mac nadal ukrywają swoje rzeczywiste działania przed najbliższym otoczeniem.

Cal szuka zemsty na Coulsonie i zbiera zespół Super Złoczyńców, by zniszczyć T.A.R.C.Z.Ę. Tymczasem May zwraca się do słynnego dr Andrew Garnera (Blair Underwood), swojego charyzmatycznego, byłego męża, w związku z kryzysem, który zagraża rozpadem zespołu.

Coulson i jego zespół wciąż starają się otrząsnąć po szokującej rewelacji, która załamuje wszystkich, w miarę jak muszą zadecydować, co zrobić z jednym z nich. Bobbi i Mack ujawniają swoją prawdziwą lojalność w stosunku do Huntera, podczas gdy gdzie indziej, Ward i agent 33 wyruszają z osobistą misją.

Wojna staje u progu drzwi Coulsona w sposób, jakiego się nigdy nie spodziewał, podczas gdy na światło dzienne wychodzą szokujące rewelacje. Skye zmaga się z kontrolowaniem swoich nowo nabytych umiejętności, ale wkrótce podejmie decyzję, która nieodwracalnie zmieni jej życie.

W miarę jak Robert Gonzalez wykonuje swój ruch, Coulson musi zrobić wszystko, co w jego mocy, by chronić przyszłość T.A.R.C.Z.Y. Tymczasem na drodze Skye do doskonalenia swoich nowo nabytych mocy dochodzi do niespodziewanego zwrotu, gdy dziewczyna poznaje enigmatycznego Nieczłowieka o imieniu Lincoln.

Ujawniona zostaje historia transformacji Melindy May w "Kawalerię", w miarę jak ona staje na rozdrożu w wyniku wojny pomiędzy Coulsonem i Gonzalezem. Skye dowiaduje się od Lincolna więcej na temat swojego prawdziwego dziedzictwa, a prawda na temat Nieludzi sprowadza ją na nowe tory.

Powstaje nowy sojusz po tym, jak Coulson i Hunter zwracają się do ostatniej osoby, której można by się spodziewać – Granta Warda! W miarę jak nadal trwa wojna pomiędzy frakcjami T.A.R.C.Z.Y., w konflikt angażują się Skye i Lincoln.

Gonzales i Coulson muszą znaleźć sposób na odłożenie na bok swoich różnic oraz podjąć wspólne działania przeciwko Hydrze, nawet jeśli oznacza to sprzymierzenie się z kimś, komu nie ufają.

Skye jest rozdarta pomiędzy lojalnością w stosunku do T.A.R.C.Z.Y. a jej powiązaniem z Nieludźmi, w miarę jak między dwiema grupami narasta napięcie. Coulson ujawnia tajemnicę, którą ukrywał nawet przed swoimi najbliższymi.

T.A.R.C.Z.A. stawia wszystko na szali, aby przetrwać wojnę, która zaciera granicę pomiędzy przyjacielem a wrogiem. Coulson i jego zespół są zmuszeni do szokujących poświęceń, które mogą na zawsze zmienić ich relacje i świat.

Bitwa pomiędzy T.A.R.C.Z.Ą. a Nieludźmi osiąga swój szczyt. T.A.R.C.Z.A. musi obronić swoich i zapewnić Skye bezpieczeństwo.

Daisy and Simmons uncover secrets and lies in a world gone mad. With HYDRA in control, they are our only hope to save everyone.

As Daisy and Simmons struggle to discover an escape route to the real world, the identity of the Inhuman leader of the Resistance is revealed.