Колсон собирает новую команду, чтобы противостоять преступной организации. Сюжет разворачивается как продолжение кинофильма «Мстители». Но нужно не только набирать группу, но и внимательно следить за происходящими в городе событиями, ведь появляются первые сверхлюди, встреча с которыми может стать последней. Путем долгих уговоров Скай соглашается работать вместе с Филом.

Выясняется, что подключение к проекту агента Скай было ошибкой, ведь на самом деле она работает на противника. Но выясняется это слишком поздно, когда вся группа уже находится в Перу и выполняет свое задание. Предстоит первая встреча с инопланетным устройством, на работе которого завязаны события, происходящие сейчас.

Скай готова работать только на Колсона. Чтобы доказать свою приверженность, она берется за выполнение нового задания. Ей нужно попасть в дом к Иенну Куину, который прячет у себя Франклина Холла. Когда-то они работали вместе, но Куин перешел на другую сторону и захватил Холла в заложники. Группу Колсона намерена освободить похищенного в ближайшие сроки.

Занимаясь новым расследованием, команда Фила неожиданно встречается с прошлым в лице их бывшего агента Акеллы Амадор. Ее личность всплывает во время поисков украденных бриллиантов. Кража была совершена профессионально, и никто не мог подумать, что Амадор способна на это. И по ходу дела выясняется, что действует она не самостоятельно, за ее спиной стоят очень влиятельные люди.

Оказывается, появление Скай в команде Колсона не было случайным. Становится история ее жизни и выясняются мотивы, приведшие ее к Филу. Тем временем сотрудники «Сороконожки» выслеживают своего первого сверхчеловека. Но вместо того, чтобы обезвредить его, предлагают ему участие в своей группировки, гарантируя защиту и новое имя.

Шлем расы Читаури становится причиной страшного заболевания, которое губит человека изнутри. Случайно найденный пожарными на месте великого сражения в Нью-Йорке, шлем приходит в активное состояние и заражает свою первую жертву. Команда Колсона начинает расследовать это дело и параллельно искать лекарство против новой болезни. Неожиданно выясняется, что один из людей Фила тоже заразился. А это значит, что противоядие нужно найти как можно быстрее.

Скай продолжает поиски сведений о своих родителях, но пока информации недостаточно, чтобы быть довольной результатами. Скай не допущена к текущему проекту, ведь в команде Колсона она не так давно, к тому же ее личность не проверена на сто процентов. Задание уровня «восемь» получают в работу не все, и вот Скай не доверили это дело. она все равно пытается узнать подробности расследования, не забывая при этом о своей главной задаче.

Серия связана с фильмом «Тор 2. Царство тьмы». Происходит словно продолжение событий из фильма, главными участниками которых становятся агенты команды Колсона. Теперь нужно не только ликвидировать последствия произошедшего, но и найти то, что потеряли Берсерки. И эта находка может серьезно изменить ход последуюших событий на планете.

Ханна Хатчинс владеет телекинезом. Но она не всегда может контролировать свои способности или управлять ими, поэтому происходит череда взрывов, в совершении которых она обвиняется. Колсону и его людям нужно найти Ханну как можно быстрее, ведь очевидно, что она втянута в серию паранормальных явлений, и если не прекратить эти события сейчас, потом уже будет слишком поздно.

Проект «Сороконожка» снова нарушает более-менее спокойный ритм жизни. Теперь Рейна получает шанс стать носителем информации по созданию суперсолдат, а это значит, что о мире на Земле можно будет забыть, ведь созданные для войны, они ее и начнут. Колсон находит Майка, который в свое время стал первой жертвой Рейны. Но та находит возможность заполучить Майка обратно, и теперь у него нет шансов выжить. Вся надежда на Колсона.

Рейна продолжает противостояние с Колсоном. Теперь ей удалось выяснить прошлое Фила и даже его удивительную историю воскрешения, о которой мало кто осведомлен. Сам Колсон вынужден снова вернуться в прошлое, чтобы и самому лучше разобраться в том, что произошло. И подробности эти его совсем не радуют. Ведь если его спасли специально, значит надо понять, по какой причине это сделали.

Снова сюжет возвращается к Скай. Кажется, есть надежда на то, что можно выяснить данные о ней. И Колсон вместе с Мей не хотят упускать такой шанс, ведь Скай допущена уже к очень многим проектам, и в случае провала нельзя допустить, чтобы она рассекретила известные ей данные. Но не все так просто, как кажется сначала. Кто-то словно специально не дает агентам Колсона выяснить все детали.

Во время осуществления новой операции Скай получает серьезное ранение. Рядом с ней Колсон и он старается помочь. Но также он узнает еще много подробностей, и новая информация мало способствует тому, чтобы оставить Скай жизнь. Странное секретное устройство, назначение которого пока не удалось определить, выслеживают агенты Колсона. Скорее всего именно оно является ключом к разгадке личности Скай.

Дела у Скай совсем плохи, и хотя Колсон уже готов сохранить ей жизнь, становится ясно, что сделать это не так-то и легко. Агенты Фила подсказывают ему, что есть только один шанс спасти Скай: подключить ее к аппарату, который когда-то вернул к жизни самого Колсона. Но сделать это непросто и надо понимать, какие последствия это будет иметь. Фил не готов рисковать жизнью Скай и соглашается на эксперимент.

Мелинда и Колсон понимают, что их работа влияет на отношения не самым лучшим образом. Но дел столько, что разбираться в этом сейчас совсем нет времени. Появляется таинственная Сиф. Ее женские чары настолько сильны, что никто не может противостоять им. А она совсем не заинтересована в мужчинах, ее сфера интересов гораздо шире. И надо побыстрее найти возможность объяснить всем агентам, чем она опасна для них.

Фил подозревает Мелинду в том, что она работает не только на его команду. Происходит убийство Провидца, но Колсон совсем не уверен в том, что убит тот, за кого они приняли найденное тело. Есть все сомнения полагать, что это был подставное лицо, и надо быстрее понять, кто за этим стоит. Подозрения против Мелинды появились очень не кстати…

Колсону удается подать, кто скрывался под маской Провидца. Но это не приносит радости, ведь теперь сам Фил находится под подозрением. Виктория считает, что он работает на «Г.И.Д.Р.У.», а этом значит, что надо доказывать свою непричастность и ли соглашаться с приговором, который будет вынесен для Колсона. Череда странных событий и последующих убийств круто меняет ход событий.

Грант и Рейна становятся теперь главными в проекте, поскольку Колсон и его люди не могут открыто защищать себя. Они вынуждены ото всех скрываться, в то время как ни подходящего самолета, ни возможности хоть как-то получать необходимые сведения, у них нет. Постепенно все движется к хаосу.

Скай засекретила все данные на винчестере. Таким нехитрым образом она обезопасила свою жизнь, ведь без ее участи получить доступ к информации нельзя. В то же время это становится и сильной угрозой для ее жизни, если она не согласится выполнять задания Рейны. Мелинда больше не верит в возможности команды Колсона и принимает решение уйти из нее.

Скай всеми способами пытается сохранить себе жизнь. Когда Грант в кафе просит расшифровать ее диск с данными Рейны, она на самом деле не начинает работу с винчестером, а ждет полицейских. Но Грант предвидит такой вариант развития событий, поэтому прибегает к помощи Майка. Тот занимается Скай, пока Грант разбирается с полицейскими. Мелинда добывает Колсону нужную информацию.

Даже с учетом новых данных, Колсону не хватает информации о «Г.И.Д.Р.Е.», и он принимает решение с помощью навыков Скай раздобыть нужные сведения. Она запускает вирус в компьютер и получает несколько минут для скачивания важной информации. Но это оказывается пустой тратой времени, поскольку в электронном виде нужных данных нет. Колсону удается завладеть важными документами, только вместе с Мелиндой им сложно уйти из здания.

Грант очень основательно подготовился к итоговой схватке, поэтому с первого раза Майк не смог его убить. Колсон понял, в чем причина волшебной силы Гранта, и наконец лишил его жизни. Выясняется, что Рейна в курсе, что на самом деле случилось с родителями Скай. Теперь ее отец знает, что Скай жива, а это значит, что их встреча скоро состоится.

В конце Второй мировой войны, команда Стратегического научного резерва захватила склад «Г.И.Д.Р.ы» в Австрии, который вёл генерал Райнхардт, и нашла тело пришельца (из 14 эпизода 1 сезона) и объект, именуемый «Обелиском», который, согласно Иоганну Шмидту, хранил ключ к самой смерти. Обелиск был обозначен как предмет №084. В наше время, Коулсон, директор «Щ.И.Т.а», находит агентов для его пополнения. Агентство, с помощью полковника ВВС США Гленна Талбота, находит хранилище с Обелиском и квинджетом, который им нужен ради системы невидимости, поскольку Фитц не может сделать её после того, как Уорд сбросил его вместе с Симмонс в океан. При противостоянии «Г.И.Д.Р.ы» и Карла Крила, они находят Обелиск, но на них нападает Крил и уходит с артефактом. Агент «Г.И.Д.Р.ы» Сунил Бакши говорит Дэниелу Уайтхоллу, что предмет перехвачен. Потом едва выявляется, что Уайтхолл — это тот же Райнхардт, у которого на 70 лет было остановлено старение.

Хартли и Айдахо погибают, Хантера схватывают солдаты генерала Талбота. Хантер и генерал заключают сделку, согласно которой Хантер выдаст Колсона. Он возвращается на базу, сбросив "хвост". Вместе с Мэй, Скай и Трипом они едут на место сделки Сунила Бакши и Карла Крила. Обелиск перехватывает Рейна, а Колсон побеждает Крила. Рейна приносит обелиск отцу Скай.

Джемма Симмонс работает в "Г.И.Д.Р.е" под прикрытием. "Г.И.Д.Р.А." находит Донни Гилла и собирается его завербовать. Донни получил способности к замораживанию прикосновением (криокинезу), когда его ударило молнией. "Г.И.Д.Р.А." выдвигается за Донни, тем самым Бакши хочет проверить Джемму на преданность "Г.И.Д.Р.е". Скай, Мэй и Хантер выдвигаются, чтобы это предотвратить. Джемма сохраняет свое прикрытие, Скай убивает Донни. Дэниел Уайтхолл промывает мозги агенту 33 (Кара Паламас), теперь она подчиняется "Г.И.Д.Р.е".

В Майами сгорает церковь. Единственное что остается целым - икона, на обратной стороне которой высечены знаки, похожие на те, которые чертил Гаррет и которые чертит Колсон. Мэй и Колсон отправляются на выставку, чтобы ее перехватить, но их опережает генерал Талбот. Колсон возвращается на базу, Мэй идет за ответами. Она нападает на агента 33, но та вырубает её шокером. Она перевоплощается в Мэй под её видом проникает на базу. Там она внедряет вирус в систему самолета и уезжает с Колсоном на встречу с "Талботом", которым оказывается Бакши. Там настоящая Мэй дерется с агентом 33 в ее обличии, а Колсон перехватывает картину у Бакши. Мэй и Колсон возвращаются на базу. Дэниел Уайтхолл приказывает Рейне принести Обелиск ему.

В одном ресторане восьмерых морских пехотинцев убивают с помощью технологии, взятой с жертвы Обелиска. Отец Скай отказывается отдать Рейне Обелиск и требует привести его дочь. "Г.И.Д.Р.А." собирается создать оружие на основе Обелиска. Рейна обнаруживает Джемму Симмонс под прикрытием в "Г.И.Д.Р.е", шантажирует Колсона, говоря, что раскроет Джемму, и просит отдать Скай. Колсон отказывается. Агент Бобби Морс, также находящяяся в "Г.И.Д.Р.е" под прикрытием, спасает Джемму, и они возвращаются на базу. Отец Скай приносит Обелиск (теперь он его называет "Прорицатель"), Дэниэлу Уайтхоллу.

"Г.И.Д.Р.А.", прикидываясь "Щ.И.Т.ом", нападает на заседание ООН. Колсон договаривается с сенатором Кристианом Уордом о переводе к нему Гранта взамен на обвинение "Г.И.Д.Р.ы". Во время транспортировки Уорд сбегает.

Один из пациентов "Таити" также, как и Колсон, пытается найти ответы, но находит лишь других пациентов в надежде, что те помогут ему вспомнить. Уорд оставляет Бакши в подарок Колсону. Колсон залезает в машину воспоминаний - благодаря этому они наконец находят ответы.

Грант Уорд находит своего брата Кристиана и заставляет его признаться в том, что тот совершил много лет назад. Подземный город, карту которого "Щ.И.Т." нашел в предыдущей серии, теперь надо найти на земле. Для этого Колсону надо захватить спутниковую станцию в Австралии. Там появляется отец Скай, который ранит Триппа. Благодаря этому ему удается уйти невредимым. Город найден. Уорд приходит к Уайтхоллу и предлагает свою помощь.

Рейну находит "Г.И.Д.Р.А.", но ее перехватывает "Щ.И.Т.". Мак спускается по тоннелю в подземный город, но превращается в кого-то другого, дотронувшись до символов на полу, и остается там. "Г.И.Д.Р.А." выследила самолет "Щ.И.Т.а" через Рейну. Уорд забирает её и Скай. Агент 33 приказывает сбить самолет.

Уорд приводит Скай к отцу, который говорит, что её реальное имя - Дейзи (псевдоним "Скай", в отличие от сериала, здесь больше не будет упоминаться) и что Уайтхолл убил её мать. Прибыв на базу "Г.И.Д.Р.ы" в Сан-Хуане, где расположен подземный город, Уайтхолл удерживает Кэла (так зовут отца Дейзи) и угрожает ей, но тут прибывает команда Колсона. Колсон убивает Уайтхолла. Дейзи стреляет в Уорда и заставляет своего отца уйти, затем следует за Рейной (которая взяла Прорицатель) в храм. Агент 33 помогает Уорду бежать. Колсон и Триплетт вбегают в город, Трип смог пройти в храм идет дальше, а Колсона задерживает вышедший из-под контроля Мак. Прорицатель в центре храма открывается, и появляется кристалл терригена. Дейзи и Рейну обволакивает кокон. Трип бьёт по Прорицателю, из-за чего погибает. Дейзи смогла из кокона, в то время как в городе происходит землетрясение. Город теряет контроль над Маком. В другом месте, человек без глаз держит другой Прорицатель...

Из-за смерти Триплетта Колсон хочет отомстить "Г.И.Д.Р.е". "Щ.И.Т.", используя специальный протокол, ликвидирует многих лидеров "Г.И.Д.Р.ы". Подземный город затоплен, но Рейна успела трансформироваться в нечто с чудовищной внешностью и убежала. Когда Кэл напоминает ей, что она получила то, что хотела, Рейна пытается покончить жизнь самоубийством, но ее спасает человек без глаз (Гордон), который может телепортироваться. Фитц и Дейзи понимают, что именно своим превращением она вызвала землетрясение в Сан-Хуане. Однако Дейзи не способна контролировать свои силы. Фитц соглашается сдержать ее тайну и скрыть правду от остальной команды. Между тем модель Лолы, построенная Маком для Колсона, сканирует офис последнего и находит куб, данный ему Ником Фьюри. Мак, изучая схемы базы "Щ.И.Та", тайно сообщает об этом Бобби.

"Щ.И.Т." помогает Сиф, у которой произошёл приступ амнезии. Она ищет что-то под названием "Кава". Команда Колсона выясняет, что это место, где Уайтхолл нашел Прорицатель. Там они встречают представителя Крии Вин-Така, обладающего оружием, способным лишать и восстанавливать память. Вин-так пришёл, чтобы уничтожить все Прорицатели и убить пострадавших от кристаллов Терригена (трансформировавшихся). Когда выясняются способности Дейзи, Сиф и Вин-Так пытаются захватить и убить ее соответственно. В то же время Колсон убеждает Сиф оставить её. Сиф возвращает Вин-Така на его планету, предупреждая, что он для Колсона больше не будет проблемой, но Дейзи может быть в большей опасности, чем тот думает. Между тем Бобби пытается закончить свои отношения с Хантером, когда Мак предупреждает ее, что они с Хантером слишком близки. Но тот узнает, что Мак и Морс что-то скрывают. Это заставляет Мака взять его в плен, предварительно нокаутировав.

Колсон и Бобби выясняют, почему в округе Маскингам небольшой отряд, во главе которого Кэл, захватил психбольницу. Мэй вербует доктора Эндрю Гарнера, ее бывшего мужа и психоаналитика, чтобы работать с Дейзи, которую внесли в список одарённых. Во время одного из переговоров Гарнера с Дейзи самолёт взлетает вместе с ними и Мэй, так как Колсону нужна подмога. Кэл со своим отрядом захватывает стадион города Манитовок. Там он встречается с Колсоном, в то время как прибывает Мэй, угрожая убить Дейзи. Внезапно появляется Гордон и телепортируется с Кэлом. Команда Колсона побеждает отряд Кэла. Дейзи от избытка чувств начинает создавать землетрясение, но останавливает его, покрываясь гематомами. Выясняется, что она направила свои силы внутрь себя. Мак прячет Хантера в своём убежище, после чего вместе с двумя другими людьми приводит его на базу организации, названной Маком "Настоящий Щ.И.Т.". Гордон приводит Кэла к своему начальству.

По рекомендации Гарнера Колсон освобождает Дейзи от исполнения служебных обязанностей и оставляет её в убежище с перчатками, подавляющими её способности, прося носить их некоторое время для того чтобы научиться контролировать свои силы. Уорд и агент 33 с помощью взятого ими в плен человека восстанавливают наномаску Кары, но она не столь функциональна, какой была до удара током, а также её нельзя снять. С помощью наномаски они проникают базу Талбота и похищают Бакши, которого "Щ.И.Т." передал в знак доброй воли. От Бакши они узнают о жизни агента 33 до промывки мозгов (в том числе её настоящее имя), а затем промывают мозги самому Бакши. Мак представляет Хантера Роберту Ганзалесу и руководству "настоящего Щ.И.Т.а". Они воспринимают Колсона и его странное поведение как угрозу, а когда Хантер сбегает, Бобби решает вернуться и устранить его.

Колсон подозревает Мака в предательстве. Бобби, проникнув на базу "Щ.И.Т.а", крадет шкатулку Ника Фьюри и запускает в сервер вирус. Гордон находит Дейзи в убежище и предлагает пойти с ним. Руководство и некоторые агенты "Настоящего Щ.И.Т.а" штурмом захватывает базу "Щ.И.Т.а", но Мэй удается скрыться. Мэй проникает на базу, освобождает Колсона и даёт ему уйти. Дейзи при попытке бегства от "Настоящего Щ.И.Та", который приходит за ней в убежище, использует свою силу. После она зовет Гордона и уходит с ним. Попутно с серией показывается флэшбэк, повествующий о происхождении "Настоящего Щ.И.Т.а".

Хантер и Колсон крадут автомобиль. В месте, куда Гордон телепортировал Дейзи (оно, предположительно, находится в Китае) последняяя учится владеть своей силой при помощи Линкольна, одного из Нелюдей и её проводника. В месте, откуда Гордон телепортировал Дейзи, Колсон запускает сирену, вызвав "Настоящий Щ.И.Т.". Колсон и Хантер вырубают штурмующую группу, переодеваются в форму спецназа и идут к квинджету. Но их захватывают. В самый последний момент на помощь приходит агент Питерсон (он же Дэтлок). Отец Дейзи узнает, что та находится там же, что и он. Также выясняется, что здесь находится и мать Дейзи. Джемма подменила шкатулку Фьюри на муляж, отдав оригинал Фитцу.

Параллельно с серией показаны флэшбэки, в которых рассказывается история, произошедшая в Бахрейне, после которой Мэй получила прозвище "Кавалерия". Дейзи продолжает осваивать свои силы. В этом ей помогает Джайин, которая признается ей в том, что является её матерью. Все факты, которые предоставляет "Настоящий Щ.И.Т", сходятся на том, что Колсон собирает армию из одаренных. Выясняется, что Рейна получила дар предсказания будущего. Фитц открывает шкатулку и связывается через неё с Колсоном.

Колсон идет на сделку с Уордом, чтобы выйти на руководителей "Г.И.Д.Р.ы", а также сдается "Настоящему Щ.И.Т.у" после всех событий, произошедших в здании, где раньше работал отец Дейзи.

Дейзи просит Гордона перенести её на базу Щ.И.Та, и он делает это. Команда Колсона (примечательно, что она такая же, какой была в 1 сезоне) при поддержке "настоящего Щ.И.Т.а" проникает на базу "Г.И.Д.Р.ы" и освобождает Дэтлока и Линкольна. Там Фил выясняет, что барон фон Штрукер находится в замке в Заковии. Доктор Лист улетает туда же. В это время Джайин решает оставить Кэла в Посмертии (место, где Дейзи осваивала силы). Операция прошла успешно, база "Г.И.Д.Р.ы" полностью разрушена, оба одарённых спасены (также погиб Бакши). Колсон сообщает сведения Марии Хилл, чтобы Мстители уничтожили замок Штрукера. А к Рейне приходит видение, что "люди из металла уничтожат наши города...".

События серии происходят после фильма Мстители: Эра Альтрона.

Перед серией показывается флэшбэк, в котором Колсон и Сэм Кейниг обсуждают "Тетапротокол" - это хеликерриер, хранящийся на одной из баз "Щ.И.Т.а" и появившийся в Эре Альтрона. Далее, в настоящее время, К Рейне приходит видение про некий камень, способный растекаться время от времени, опасный для Нелюдей и связанный с Крии. Она и Гордон находят это оружие на борту авианосца Гонзалеса, являвшегося базой "Настоящего Щ.И.Т.а". "Щ.И.Т." их обнаруживает и узнает местонахождение Посмертия. Гонзалес отправляется туда, чтобы встретиться с Джайин. Когда они встречаются, она оставляет Кэла "Щ.И.Т.у", затем убивает Гонзалеса и подставляет его, стреляя в себя из его пистолета, чтобы начать войну со "Щ.И.Том" и чтобы секрет существования Нелюдей не был раскрыт. Уорд и Кара берут Бобби в плен.

"Щ.И.Т." быстро понимает уловку Джайин, но люди Посмертия, в том числе Дейзи, нападают на его агентов. С целью подставить "Щ.И.Т." Нелюди захватывают квинджет и разрушают часть Посмертия. Уорд пытает Бобби, чтобы она призналась, что она намеренно сдала Кару "Г.И.Д.Р.е". Понимая, что она не раскаивается и не сделает это, Уорд устанавливает винтовку с триггером при открытии двери. Хантер и Мэй спасают Бобби, последняя ловит пулю за Хантера. Уорд случайно убивает Кару, приняв её за Мэй. В рамках плана Джайин Кэл на базе теряет сознание, и ему вводят адреналин, последний компонент сыворотки, дающей ему суперсилу. После чего Кэл на базе "Щ.И.Т.а" должен был по плану Джайин убить всех... Тем не менее Колсон помогает ему увидеть правду, что Джайин является истинным монстром и поддерживает молодость за счёт жизней других. После неудачной попытки убедить Дейзи, что Джайин опасна, Рейна противостоит Джайин, которая убивает её. Видя это, Дейзи меняет своё отношение к своей матери.

Нелюди берут Дейзи в плен и штурмуют авианосец "Настоящего Щ.И.Т.а" и берут всех, кроме Мака, в плен. Джайин планирует использовать искусственные кристаллы Терригена с целью создать туман, который трансформировал бы часть людей, а остальных убил. Мак освобождает Дейзи и та предупреждает Колсона о планах Джайин. Колсон, Фитц и Кэл проникают вместе с командой на авианосец. Агенты "Щ.И.Т.а", на чью сторону переходит Линкольн, освобождают агентов "Настоящего Щ.И.Т.а". Фитц убивает Гордона, предотвращая распространение тумана через вентиляцию судна. Тем не менее, Колсон теряет левую руку, когда он ловит падающий кристалл. Дейзи сбивает квинджет с кристаллами терригена. Она и Джайин противостоят друг другу с помощью своих сил. Кэл убивает Джайин, затем ему стирают память, и он начинает работать ветеринаром. Мэй берет отпуск. Уорд становится во главе "Г.И.Д.Р.ы". Кристаллы терригена через океан распространяются по биосфере. Инопланетный камень на авианосце поглощает Симмонс.