Όταν ο εξαίρετος επιστήμονας Dr. Franklin Hall πέφτει θύμα απαγωγής, ο Πράκτορας Coulston και οι πράκτορές του θα πρέπει να βιαστούν και να τον εντοπίσουν.

O Coulson και η May αποκαλύπτουν συγκλονιστικές πληροφορίες για το παρελθόν της Skye, ενώ η ομάδα πέφτει σε μια "καταιγίδα" στην Ακαδημία S.H.I.E.L.D.

Στα ίχνη του Clairvoyant, ο Coulson και η ομάδα του επιβιβάζονται σ’ ένα μυστηριώδες τρένο που φαίνεται ότι θα τους οδηγήσει σε βέβαιο θάνατο.

Στην προσπάθεια του να σώσει την Skye, ο Coulson αποκαλύπτει συγκλονιστικές αλήθειες για τη δική του ζωή αλλά και για την ομάδα.

Με τον συνταγματάρχη Glenn Talbot στο κατόπι τους, ο Coulson και η ομάδα του βρίσκουν καταφύγιο στο τελευταίο μέρος που θα τους αναζητούσε κανείς, όπου και ξεκινούν να ξεσκεπάζουν τα πιο επικίνδυνα μυστικά της οργάνωσης - μυστικά ικανά να τους καταστρέψουν όλους.

Η προδοσία του Ward και τα τρομερά μυστικά της HYDRA αποκαλύπτονται όταν η ομάδα του Coulson αναλαμβάνει μία μυστική αποστολή που δεν αφήνει κανέναν αλώβητο.

Σκοτεινά μυστικά έρχονται στην επιφάνεια καθώς ο Coulson και η ομάδα του ρισκάρουν τα πάντα για να σταματήσουν τον Garrett και τις δυνάμεις της HYDRA.

Coulson is forced to team up with surprising allies to save the world, while the S.H.I.E.L.D. team attempts to track down and rescue him.