Nadat Rick zijn leiderschap heeft overgedragen aan Daryl, houdt hij zich alleen nog bezig met de landbouw en het verzorgen van de varkens. Rick weigert ook nog om wapens te dragen, in de hoop dat Carl daar een voorbeeld aan neemt. De gevangenis is uitgegroeid tot een ideale en rustige locatie voor de overlevenden die erin slagen om de walkers buiten de hekken te houden. Ondertussen blijft Michonne zoeken naar de gouverneur in de hoop hem te vinden in Macon. Daryl leidt een kleine groep, waaronder Glenn, Tyreese, Sasha, voormalig legerarts Bob Stookey en Zach, de nieuwe vriend van Beth, naar een oude supermarkt die als schuilplaats voor overlevenden heeft gediend. Wanneer Bob per ongeluk een winkelrek laat vallen, raakt hij eronder gekneld. Dit trekt een groep walkers aan die op het verzwakte dak zaten. Het dak zakt in elkaar, inclusief de walkers en een neergestorte helikopter die op het dak ligt. Zach wordt gebeten door een walker en wordt vervolgens vermorzeld door de helikopter. Wanneer de groep terugkeert bij de gevangenis vertelt Daryl het nieuws aan Beth. Ze toont hierop geen emotie en zegt niet meer emotioneel te worden maar in plaats daarvan gelukkig te zijn dat ze Zach heeft leren kennen. Patrick, een vriend van Carl is ondertussen ziek geworden. Wanneer hij gaat douchen valt hij neer en overlijdt. Als hij midden in de nacht weer wakker wordt is hij veranderd in een walker.

Nadat Patrick in een walker is veranderd weet hij verschillende mensen te doden in het cellenblok. Buiten de hekken van de gevangenis neemt het aantal walkers alsmaar toe nadat iemand hen heeft gevoed met ratten. Rick en Daryl ontdekken dat Patrick werd gedood door een agressief griepvirus die de besmette persoon laat stikken in hun eigen bloed. De overlevenden besluiten om een quarantaine zone op te stellen voor degenen die mogelijk besmet zouden kunnen zijn om zo verdere verspreiding te voorkomen. Ondertussen staat de buitenste omheining van de gevangenis op het punt te bezwijken onder de walkers. Rick leidt de walkers weg van de gevangenis door ze de varkens als eten te geven, die mogelijk besmet zijn met het virus. Later onthult Carl aan zijn vader dat Carol de andere kinderen in de gevangenis leert om te gaan met wapens. Rick geeft Carl zijn pistool terug, teleurgesteld dat zijn poging om een rustig leven te leiden is mislukt. Wanneer Tyreese zijn vriendin Karen opzoekt in de gevangenis, vindt hij buiten 2 verbrande lichamen. Hij is geschokt wanneer blijkt dat één van de lichamen Karen is.

Vele groepleden sterven vanwege het virus. Tyreese vraagt aan Rick om de dader die Karen en David heeft verbrand te vinden, het ontaardt in een gevecht tussen de twee. Sasha, Dr. Subramanian en ook Glenn blijken ondertussen besmet te zijn. Hershel zegt dat er 80 kilometer verderop een dierenkliniek is waar antibiotica te vinden zijn. Daryl, Michonne, Bob en Tyreese gaan op pad. Hershel en Carl gaan met z'n tweeën op zoek naar heelkundige kruiden in het bos. Carol herstelt ondertussen de leiding van de watertoevoer maar wordt aangevallen door walkers. Rick kan haar op het nippertje redden. De groep van Daryl rijdt zich ondertussen vast op een groep van honderden walkers. Het lijkt dat Tyreese overmeesterd wordt door de immense horde, en de anderen moeten vluchten. Even later voegt Tyreese zich weer bij hen. Hershel wordt ondertussen besmet door een zwaar zieke Dr. Subramanian. Rick vertelt aan Carol dat hij weet dat zij Karen en David vermoordt heeft. Zonder enig teken van spijt bekent Carol.

Daryl, Michonne, Tyreese en Bob gaan naar de dierenkliek om de benodigde medicatie te halen. Tyreese heeft het moeilijk om zijn woede om Karen's dood te verbergen en Bob biecht op dat hij een alcoholprobleem heeft. Ondertussen gaan Rick en Carol met de auto op zoek naar voedsel, omdat het meeste van hun voedingswaren achter bleef in het geïnfecteerde cellenblok. Ze bereiken een buitenwijk waar ze een jong koppel tegenkomen tijdens hun zoektocht in één van de huizen. Ze besluiten om elk apart voedsel te gaan zoeken en spreken af om elkaar 2 uur later te treffen in de woning. Rick en Carol vinden het meisje later dood op straat, haar vriend is spoorloos. Rick wil niet dat Carol terug met hem mee gaat, dit wegens de moord op Karen en David. Carol rijdt met een andere wagen weg. Rick rijdt alleen terug richting de gevangenis.

Rick vertelt aan Maggie en later aan Hershel dat Carol de dood van Karen en David op haar geweten heeft. In het quarantaine-blok sterven ondertussen vele zieken, waaronder Dr. Subramanian, en bedreigen de rest van de overlevenden. Glenn begint te stikken in zijn eigen bloed. Maggie gaat helpen in het cellenblok, terwijl Rick op zoek gaat naar Carl om de walkers die de omheining beginnen omver te duwen, tegen te houden. De buitenste omheining begeeft het en Rick en Carl moeten zich achter de tweede omheining verschansen. Ze gaan meer wapens halen om zich te verdedigen. Dan begeeft de tweede omheining het ook. Vader en zoon schieten alle walkers neer. Hershel en Maggie kunnen Glenn redden van verstikking. Daryl keert terug, mét de antibiotica. De overlevende zieken worden verzorgd. Rick en Carl overzien de gevangenis daags na de aanval van de walkers. Wanneer ze terug naar binnen gaan, worden ze in de gaten gehouden door een man buiten de omheining. De Gouverneur is terug.

Martinez en Shumpert hebben de Gouverneur de ochtend na het vallen van Woodbury in de steek gelaten. De Gouverneur zet het dorp in brand. Veel later ontdekt hij in een ander dorp twee zussen, Tara en Lilly, hun vader David die longkanker heeft, en een jong meisje, Meghan. Hij wordt in het gezin opgenomen, maar moet zijn wapen afgeven. Hij vindt een ander wapen in het huis waar ze verblijven. Lilly, de moeder van Meghan, vraagt of de Gouverneur in een rusthuis een zuurstoftank wil gaan halen voor David. Hij wordt overvallen door een groep walkers, maar geraakt heelhuids terug. Hij wordt verzorgd door Lilly, die hem vertelt dat Meghan denkt dat hij haar vader is. Een hele tijd later blijkt dat David is overleden en in een walker is veranderd. De Gouverneur doodt hem. Wanneer hij de volgende dag wil vertrekken, willen de anderen met hem mee. De Gouverneur en Lilly beginnen een affaire. De volgende dag is hun truck in panne gevallen, dus moeten ze te voet verder. Tara verzwikt onderweg haar enkel. Achter de hoek verschijnen tientallen walkers. De Gouverneur vlucht met Meghan de bossen in, maar ze vallen in een gegraven put waar enkele walkers inzitten. De Gouverneur weet hen te doden. Aan de rand van de put verschijnt de voormalige rechterhand van de Gouverneur, Martinez.

De Gouverneur, Lilly, Tara en Meghan worden opgenomen in de groep van Martinez. Hij gaat op pad met Martinez en de broers Mitch en Pete. Ze vinden een kleine voorraad eten en drank. Hij toont de Gouverneur zijn golfset en slaat wat balletjes. De Gouverneur slaat Martinez neer met een golfclub en gooit hem in een put met walkers. De groep veronderstelt dat Martinez dronken was en in de put is gevallen. Pete zegt dat hij voorlopig de leiding overneemt en neemt Mitch en de Gouverneur mee voor een nieuwe zoektocht naar voorraden. Ze komen een primitief kamp met overlevenden tegen. Mitch wil ze overvallen, maar Pete weigert. Als ze later terugkomen is het kamp overvallen door andere overlevenden. Terug in hun eigen kamp wil de Gouverneur vertrekken met Lilly, Meghan, Tara en haar nieuwe vriendin Alisha. De weg wordt versperd door walkers die vastzitten in de modder, dus keren ze terug. De volgende morgen gaat hij naar de woonwagen van Pete en vermoordt hem. Hij legt Mitch de situatie met Pete uit en zegt tegen de anderen dat Pete gestorven is op een zoektocht. Meghan wordt in het kamp overvallen door een walker, en kan maar nipt gered worden. De Gouverneur beseft dat ze een veiligere plaats nodig hebben en rijdt richting de gevangenis. Hij vindt Hershel en Michonne die gedode walkers dumpen in het bos en richt zijn wapen op Michonne.

De Gouverneur heeft Michonne en Hershel gevangen genomen en overtuigt zijn groep om de gevangenis in te nemen. Hershel probeert hem te overtuigen dat beide groepen samen kunnen leven, maar de Gouverneur weigert. Rick vertelt aan Daryl wat er gebeurd is met Carol. Daryl vindt dat ze het Tyreese moeten vertellen, maar krijgen hier de kans niet voor wanneer de Gouverneur de gevangenis aanvalt. Hij eist dat Rick met hem komt praten en toont dat hij Michonne en Hershel in zijn macht heeft. Hij stelt de bewoners van de gevangenis een ultimatum: vertrekken of sterven. Ondertussen wordt Meghan in de schouder gebeten door een walker. De Gouverneur schiet meerdere walkers neer bij de gevangenis om andere te lokken. Rick stemt niet in om te vertrekken waarop de Gouverneur Hershel onthoofd met de katana van Michonne, wat resulteert in een vuurgevecht. Rick wordt geraakt in zijn zij en been. Lilly komt aangereden met de gewonde Meghan. De Gouverneur schiet haar zonder verpinken door het hoofd. Mitch rijdt met de tank door de omheining en Rick en de Gouverneur beginnen een gevecht. Judith wordt onbewaakt achtergelaten door de kinderen van de gevangenis. Een groep met Glenn, Maggie, Sasha en Bob ontsnapt met een klaarstaande bus. Tyreese wordt overmeesterd door Alisha. Lizzie schiet haar door het hoofd, waarop Tyreese en de kinderen vluchten. Mitch wordt neergeschoten door Daryl. Hij en Beth vluchten weg van de gevangenis. De Gouverneur krijgt de overhand over Rick, maar wordt doorboord door Michonnes katana en voor dood achtergelaten. Rick en Carl gaan op zoek naar Judith, maar vinden enkel een lege maxi cosi. Voor de Gouverneur overlijdt, wordt hij door het hoofd geschoten door Lilly. Rick en Carl lopen weg van de gevangenis, die overstroomd wordt door walkers en definitief verloren is.

De gevangenis is overrompeld en de Gouverneur is dood. Michonne vindt twee walkers waarvan ze de armen en de onderkaak afhakt, en hen vastbindt. Zo kan ze ongestoord tussen de andere walkers wandelen. Ze doorboort het gemuteerde hoofd van Hershel en trekt het bos in. Rick en Carl zwerven ondertussen op de weg. Ze vinden te eten en overnachten in een huis dat leeggeplunderd is. Michonne heeft een nachtmerrie over haar gezin, van voor de wereld veranderde. De volgende morgen maakt Carl ontbijt klaar voor Rick, maar deze reageert niet. Twee walkers proberen binnen te komen, maar Carl kan ze weglokken naar het bos. Daar wordt hij overvallen door en andere walker en kan maar op het nippertje ontsnappen. Terug in het huis roept hij woedend tegen Rick dat hij hem niet meer nodig heeft. Rick beweegt niet en Carl vertrekt. Verderop vindt hij een huis waarvan de keuken vol eten ligt. Wanneer hij boven alles doorzoekt wordt hij aangevallen door een walker. Hij weet te ontsnappen en de walker gevangen te zetten. Michonne komt een walker tegen die op haar lijkt. Ze slaat door en maakt alle walkers in haar buurt af. Carl is terug bij Rick, die bij bewustzijn komt en Carls naam zegt. De volgende morgen wordt er op de deur geklopt. Rick kijkt door het kijkgaatje en ziet Michonne.

Zittend aan een kampvuur weet Beth een gedeprimeerde Daryl te overtuigen om op zoek te gaan naar andere overlevenden na de aanval op de gevangenis. De dag nadien ontdekken ze dat de kinderen Luke en Molly ten prooi zijn gevallen aan de walkers. Lizzie en Mika zijn op weg met Tyreese, die ook Judith bij zich heeft. Wanneer ze een schreeuw horen, laat Tyreese de kinderen tijdelijk achter om te gaan kijken. Hij vindt een vader en zijn zoon die walkers proberen af te houden bij een treinspoor. Hij kan niet verhinderen dat ze gebeten worden. Walkers naderen ook op de kinderen, omdat Lizzie de huilende Judith niet stil krijgt. Tyreese weet de walkers te doden, en merkt dat de kinderen gered werden door Carol. De stervende vader vertelt hen de treinsporen te volgen naar een veilige plaats, "Terminus". Ondertussen ontdekken Maggie, Sasha en Bob dat de bus van de gevangenis een ongeval heeft gehad. Alle inzittenden zijn dood of veranderd in een walker. Wanneer ze de walkers doden, is Maggie opgelucht dat Glenn er niet bij is. Glenn, die de gevangenis nooit verlaten heeft, vindt een harnas en neemt nog wat spullen mee voor hij vertrekt. Hij vindt Tara, die zich aan de omheining heeft vastgeketend. Hij overtuigt haar om mee te gaan. Haar zus Lilly is verscheurd door walkers. Wanneer ze een groep walkers maar net kunnen uitschakelen, arriveert er een gepantserde truck. Er stappen 3 mensen uit.

Michonne en Carl gaan op zoek naar voorraden, terwijl Rick, die niet zeker is of ze in het huis moeten blijven, uitrust. Michonne probeert Carl op te beuren, wat niet lukt. Ze vertelt Carl dat ze een zoontje had die vlak na het uitbreken van de epidemie stierf. Ondertussen ontwaakt Glenn in de truck van Abraham, Eugene en Rosita. Tara vertelt hem dat ze de bus van de gevangenis zijn gepasseerd en dat er geen overlevenden waren. Glenn wil terugkeren maar wordt belet door Abraham, die de opdracht heeft Eugene naar Washington D.C. te brengen. Eugene weet wat de oorzaak is van de epidemie en heeft een afspraak met de regering. Glenn wil toch vertrekken en er ontstaat een gevecht tussen hem en Abraham. Tara en Rosita proberen hen uit elkaar te halen. Ze worden overvallen door een groep walkers, waarbij Eugene per ongeluk de benzinetank van de truck lekschiet. Zo zijn ze genoodzaakt Glenn en Tara te vervoegen op zoek naar Maggie. In het huis wordt Rick gewekt door het rumoer van overlevenden die het huis zijn binnengedrongen. Hij sluipt naar buiten om te ontsnappen, maar wordt gedwongen een van hen te vermoorden wanneer hij ontdekt wordt. De man veranderd in een walker en valt zijn groepsleden aan terwijl Rick kan ontsnappen met Carl en Michonne. De drie bereiken het treinspoor en vinden de wegwijzer richting "Terminus".

Beth is het overleven beu. Ze wil voor de eerste keer in haar leven alcohol drinken, iets wat haar vader haar altijd verboden heeft. Ze gaat op zoek, met Daryl in haar zog om te zorgen dat haar niets overkomt. Ze vinden een clubhuis op een golfbaan en onderzoeken het. Beth vindt een fles schnaps, maar kan geen proper glas vinden. Daryl maakt zich boos en gooit de fles tegen de grond. Hij neemt Beth mee naar een destilleerderij waar ze moonshine stookten. Hij had deze ontdekt voor de gevangenis verloren ging. Daryl raakt dronken, en zegt zich schuldig te voelen over de dood van Hershel, wetende dat hij de Gouverneur had kunnen neerschieten. Hij zegt dat ze de anderen nooit meer zullen terugvinden. Beth vertelt dat ze de destilleerderij moeten platbranden, als symbool voor hun verliezen. Ze gieten de sterke drank uit en steken de plaats in brand.

Bob's tijd alleen en de kennismaking met de groep wordt getoond in een flashback. Maggie, Bob en Sasha passeren een kaart richting Terminus. Maggie gelooft dat Glenn haar daar zal komen zoeken, maar Sasha is tegen het idee, omdat ze niet wil inzien dat Tyreese mogelijk dood is. 's Nachts laat Maggie Bob en Sasha achter en gaat alleen door naar Terminus. Bob en Sasha proberen haar in te halen tot Sasha ermee wil ophouden en in een verlaten dorp wil blijven. Bob kust haar om haar van gedacht te doen veranderen, maar faalt en gaat alleen verder. Later komt Sasha Maggie opnieuw tegen die aangevallen wordt door walkers. Maggie vertelt dat ze op hen wachtte omdat ze de tocht naar Terminus niet alleen kan. Daryl en Beth groeien emotioneel dichter naar elkaar toe en rusten uit in een recent bewoond mortuarium. Daryl vindt voedsel en walkers in het huis terwijl Beth op de piano speelt. De rouwkamer wordt aangevallen door walkers. Daryl zegt Beth te vluchten terwijl hij de walkers ophoudt. Daryl kan maar op het nippertje ontsnappen. Wanneer hij buiten komt ziet hij een auto wegrijden met daarin een ontvoerde Beth. Daryl besluit te voet verder te gaan en valt later van uitputting neer. Korte tijd later wordt hij geconfronteerd met dezelfde gewapende mannen waar Rick eerder aan wist te ontkomen. Maggie en Sasha halen Bob in en gaan samen verder naar Terminus. Elders bij het treinspoor, ontdekt Glenn de borden richting Terminus.

Tyreese, Carol, Lizzie, Mika en Judith vervolgen hun weg richting Terminus. Carol vertelt Tyreese over de sympathie van Lizzie voor de walkers en het gebrek aan hardheid van Mika. Wanneer Carol en Mika voorraden zoeken, vinden Tyreese en Lizzie een walker die vastzit aan de sporen. Lizzie wil niet dat Tyreese de walker doodt, aangezien deze geen bedreiging vormt. Mika zegt tegen Carol dat ze het gevaar van de walkers inziet, in tegenstelling tot haar zus. Ze vinden een huis in het bos, waar ze besluiten te blijven. Na een bosbrand gaan Carol en Mika op jacht, maar Mika slaagt er niet in een hert te doden. Mika ontdekt dat Lizzie de gevangen walker voedert. Carol wil in het huis blijven, maar Tyreese zegt dat hij nachtmerries heeft over Karen, en niet in staat is om in het bijzijn van mensen te zijn. Als ze terugkeren, zien ze dat Lizzie Mika heeft vermoord, en hetzelfde wil doen met Judith. Ze wil Mika laten terugkeren als walker. Carol voorkomt dit. Tyreese vertelt Carol dat Lizzie toegaf dat zij de walkers voederde in de gevangenis, waardoor hij dacht dat zij Karen en David doodde, maar zegt dat Lizzie de lijken nooit had kunnen verslepen. Ze besluiten dat Lizzie niet bij anderen kan zijn en de volgende dag doodt Carol haar. Ze bekent de moord op Karen en David aan Tyreese. Hij vergeeft haar, maar zegt het nooit te vergeten. Nadat ze de meisjes begraven hebben, gaan Tyreese, Carol en Judith verder richting Terminus.

Glenn, Tara, Abraham, Eugene en Rosita wandelen over de treinsporen wanneer Glenn de achtergelaten boodschap van Maggie ziet en de aanwijzing volgt. Rick, Carl en Michonne lopen een eind voorop. Ondertussen zijn Daryl en Len, één van de plunderaars, op jacht. Ze schieten elk een pijl in hetzelfde konijn. Len eist het konijn op en begint een discussie met Daryl tot Joe, de leider van de plunderaars, tussenbeide komt. Joe legt Daryl uit dat de groep één regel heeft: wie iets wil, eist het op. Hij snijdt het konijn in twee en geeft zowel Daryl als Len een deel, aangezien Daryl de regel niet kende. Joe moedigt Daryl aan om bij hen te blijven, maar waarschuwt hem: wie liegt of steelt van de groep, kan een zware afstraffing verwachten. Wanneer ze overnachten in een oude garage, wordt Daryl gewekt door Len, die beweert dat Daryl zijn deel van het konijn gestolen heeft. De groep vindt de helft in Daryls rugzak. Daryl zegt dat hij er werd ingeluisd. Joe verklaart dat hij Len zijn deel in Daryls rugzak zag steken, en begint Len samen met de groep in elkaar te slaan. Als ze hun kamp verlaten, ziet Daryl Lens lichaam met een pijl in het hoofd liggen. Joe informeert Daryl dat ze een man - Rick - op het spoor zijn die een lid van hun groep doodde en mogelijk op weg is naar Terminus. Wanneer de groep van Glenn bij een tunnel komt, met een boodschap van Maggie om door te gaan, zegt Abraham dat het risico voor Eugene te groot is. Hij geeft een deel van de voorraad aan Glenn en Tara, en vertelt hen terug te gaan naar de laatste weg die ze gepasseerd zijn moesten ze moeilijkheden krijgen in de tunnel. In de tunnel worden Glenn en Tara overvallen door walkers, maar worden gered door Maggie, Bob, Sasha en Abrahams groep. Eugene overtuigt Abraham om met de rest mee te gaan naar Terminus, aangezien de plek een thuisbasis kan zijn voor ze verder trekken naar Washington DC. De groep bereikt uiteindelijk Terminus en wordt verwelkomd door een vrouw die Mary heet.