刑務所には総督の町から連れてきた者や外部から救助された者が集まり、小さなコミュニティを築いていた。元から暮らしていた者たちは頼られる存在となり、皆で生きるために力を尽くしていた。ダリルは大規模な物資調達が可能な場所へ向かい、総督の捜索を続けていたミショーンもチームに加わるが、そこには大量のウォーカーがいた。一方、動物を捕まえるためのワナを確認しに行ったリックは助けを求める１人の女性と出会う。

総督に襲撃された際、不必要な射殺をしたカールから銃を取り上げたリックは、いまだに息子に銃を許可せず、自らも銃を持たず家畜の飼育や農作業に専念していた。仲間はそんなリックを見守るが、フェンスにはウォーカーが群がり、数を減らす作業が追いつかなくなっていた。シャワー室で倒れたパトリックはその夜、そのまま死亡しウォーカーと化す。何も知らずに夜を過ごす人々にパトリックが襲いかかり、刑務所内は大混乱となる。

カレンとデイビッドの無残な焼死体を発見したタイリースは、犯人を捜し出せとリックに詰め寄る。犯人は病気を広めないために殺したようにも見えたが結局、発症者が続出してしまう。彼らを救うためにダリルたちが、まだ薬があると思われる獣医科大学へ向かう中、発症者は隔離、子供たちは別の場所へ待避させることになる。ハーシェルは危険を顧みず、そして心配するマギーたちの反対を押し切って発症者の看護に当たろうとする。

猛威を振るうインフルエンザに対処するために抗生物質を探しに出たダリルたちだが、予定を大幅に過ぎても帰ってこない。そこでリックは当面の薬や物資を調達しに、キャロルと廃虚となった住宅街を訪れる。キャロルがカレンとデイビッドを殺したことについて沈黙を守るリックにキャロルは“皆を守るためだった”と詰め寄る。一方、何とか薬のある大学にたどり着いたダリル一行だったが、そこでもウォーカーがさまよっていた。

病に冒された刑務所の住人は1人また1人と死んでいた。薬も届かず絶望が広がる中、ハーシェルによる必死の診療が続き、グレンとサシャも病に苦しみながらも賢明に彼を手伝っていた。父やグレンを心配するマギーは自分も隔離監房に入ると懇願するが、ハーシェルに強く拒否される。仕方なく自分の役割を果たそうとリックと共に、ウォーカーが押し寄せ倒れそうになるフェンスを支えようとしていたその時、監房から銃声が鳴り響く。

刑務所を襲撃した後、仲間たちをも殺害したウッドベリーの総督は、その後１人でさまよい生き延びていた。数ヵ月が経ち彼はある家族と出会う。末期ガンの父親とその娘２人、そして長女の娘の幼いメーガンの４人だ。彼らには食料の蓄えがあったため、ウォーカーによる混乱の発生時からアパートに閉じこもり外の世界をあまり知らず、いまだに救助を待っていた。ひと夜だけの宿にするつもりが、総督はメーガンに自分の娘を重ねて…

偶然にもマルティネスと再会した総督。マルティネスは自らがリーダーとなり、キャンピングカーや戦車で周りを囲ったキャンプで小さなコミュニティーを築いていた。彼の右腕はピートとミッチの兄弟だが、２人の性格は正反対。兄は正義感や倫理観が強く、弟は生きるためなら手段は選ばないというタイプだった。彼らと物資調達に繰り出した総督は、さまざまな側面からキャンプの今後を憂い、新しい家族を守るためにある行動に出る。

総督は愛するリリーやメーガンを守るため刑務所を奪うことを決意する。「安心して暮らせる場所を確保する」と仲間を説得し、皆に武装させる。話し合いを基本とし暴力は最終手段だと言うものの、ミショーンとハーシェルを人質にしていることを知ったリリーは反対するが、総督は反対を押し切って刑務所へ向かい、リックと対峙する。刑務所を明け渡すように要求する総督に、リックは何とか共に生きられるよう提案し、説得を試みる。

総督グループの襲撃を受け、刑務所もフェンスも破壊され散り散りに逃げ出したリックたち。かろうじてリックとカールは一緒に逃げられたがリックは歩くのがやっとの状態だった。カールを守ろうと自分の指示に従うように言うがカールはことごとく反発する。仲間や母親、妹のジュディスをリーダーとして守れなかった父親に腹を立てていたのだ。一方、一人で森をさまようミショーンは、恋人マイクと幸せだった頃の夢を見ていた。

ベスとダリル、タイリースとリジーとミカの姉妹、マギーとサシャとボブはそれぞれ刑務所を脱出し森をさまよっていた。ベスは仲間が生きていると信じていたがダリルは悲観的になっていた。叫び声を聞いたタイリースが向かった先にはウォーカーに襲われる父と子がいた。彼らを助けるために闘うタイリースは思いがけない人物に遭遇する。一方マギーは、グレンが乗ったバスを発見するが、中にはウォーカーたちがひしめき合っていた。

ウォーカーと戦っている最中に失神したグレンは、偶然通りがかったフォード軍曹、ポーター博士、ロジータの３人組みのトラックにタラと共に乗せられていた。目を覚ましたグレンはマギーを捜すと言ってトラックを降りるが、軍曹は「世界を救う方法を知っている博士をワシントンへ送る。それを手伝え」とグレンを引き止める。一方、ミショーンとカールが調達に出る間、ベッドで休んでいたリックは荒々しい男たちの声で目覚める。

依然として２人だけで森を進むダリルとベス。ベスはつらい気持ちを晴らすため、今まではハーシェルに止められてきたお酒を飲みたいと言い出す。お酒を探しに行こうと誘うベスに対しダリルは無関心。ひとりで進もうとするベスに付き添ってはくれるものの、何もかも諦めたような彼の態度にベスはいら立ちを隠せない。何とか酒を見つけたベスは、酒を飲むゲームをしようとダリルを誘い、乗り気でない彼を無視してゲームを始める。

刑務所に住む前のボブは、仲間を失い独りでいたところをダリルとグレンに拾われていた。刑務所を追われ、また森をさまよう彼だが、今度はサシャとマギーと一緒だ。３人は“終着駅”の看板を見つけ、マギーはグレンもここへ向かうと確信し進もうとするが、サシャが反対する。一方、ダリルとベスは墓地に一軒家を見つける。掃除されたその家には置いたばかりと思われる食料と、ウォーカーの死体が身なりを整え横たわっていた。

“終着駅”に向かい線路を進むキャロル、タイリース、リジーとミカの幼い姉妹。姉のリジーはウォーカーは“違う”だけと言い、殺すことに異常な拒否反応を示し、キャロルの話にもまったく耳を貸さない。妹のミカはウォーカーを恐ろしいものと認識し、いざとなれば殺すつもりだと話すが、自分や仲間を殺そうとする人間のことも殺したくないと思っていた。そんな中、姉妹が２人だけでいるところにウォーカーの群れが襲ってくる。

マギーが生きていることを信じ“終着駅”を目指すグレン。彼に同行するのは、感染の原因を知っているというユージーン博士と彼をワシントンへ連れて行く任務を担うフォード軍曹とロジータ、刑務所を襲ったことに罪悪感を覚えているタラだ。一刻も早く終着駅にたどり着きたいグレンと博士を守ることが最優先の軍曹は衝突を繰り返していた。一方、ベスとはぐれたダリルは無法者らしきジョーの一行に連れられ終着駅を目指していた。