Na enkele maanden langs de weg te hebben gebivakkeerd vindt de groep een gevangeniscomplex, maar binnen de hekken lopen er veel walkers rond. Ze weten alle walkers te doden en maken een veilige vesting van de gevangenis om zich schuil te kunnen houden. Ondertussen denkt Lori dat Rick haar haat en is bang voor haar ongeboren baby en zoekt haar vertrouwen bij Hershel. Elders heeft Michonne Andrea kunnen redden van de walkers die haar achtervolgden. In de gevangenis wordt de groep van Rick gescheiden. Hershel zoekt naar Glenn en Maggie, maar wordt daarbij gebeten door een walker in zijn onderbeen. Rick weet nog net op tijd zijn onderbeen te amputeren waardoor Hershel niet in een walker zal veranderen. Aan de andere kant van de gevangenis blijken nog 5 gedetineerden te zitten die op alle commotie afkomen.

Na Hershel terug te hebben gebracht naar het cellenblok zodat hij behandeld kan worden aan zijn geamputeerde been, legt Rick aan de gedetineerden uit wat er de afgelopen 10 maanden is gebeurd tijdens de zombie-uitbraak. Besloten wordt dat Rick, Daryl en T-Dog samen met de gedetineerden een cellenblok voor hen gaan vrijmaken, in ruil voor de helft van de voedselvoorraad. Tijdens het ontruimen van het cellenblok raakt een van de gedetineerden, Big Tiny, gewond door een aanval van een walker. De leider van hun groep, Tomas, doodt hem ter plaatse. Rick raakt in een ruzie verwikkeld met Tomas waarop Rick hem vermoordt. Een andere gevangene, Andrew, slaat vervolgens op de vlucht en rent recht in de handen van walkers. Rick, Daryl en T-Dog laten de resterende gedetineerden achter in het beloofde cellenblok. Ze keren terug naar hun eigen groep, waar Hershel weer ontwaakt na het amputeren van zijn been.

Wanneer Andrea en Michonne een gecrashte militaire helikopter onderzoeken worden ze gevangengenomen door de overlevenden van Woodbury, een klein stadje met 73 inwoners dat omringd is met hoge muren om walkers tegen te houden. Gastvrijheid is hier vooropgesteld voor zowel de twee vrouwen als Merle Dixon die zijn onderkomen in dit dorp heeft gevonden. De leider van het dorp, bekend als de Gouverneur, probeert informatie te winnen van de twee vrouwen, al blijft Michonne op haar hoede. Ondertussen informeert Lt. Welles, de enige overlevende van de helikoptercrash, de Gouverneur over een groep van tien soldaten die nog in leven zijn vlak bij een militaire basis die overrompeld werd door walkers. De Gouverneur gaat met een team erheen, en doodt hen allen voor hun voertuigen, wapens en voorraden. Later die avond als hij niet kan slapen, pakt hij een glas whiskey en zoekt zijn rust in een privé-kamer waar 3 rijen aquaria gevuld zijn met menselijke hoofden, onder hen zijn Michonnes "huisdier" walkers en Lt. Welles.

Nadat Hershel weer bij kennis is gekomen, is hij vastbesloten om met krukken te gaan lopen. Plots wordt de groep verrast door een groep walkers die de gevangenis in zijn gekomen. De groep wordt opgesplitst wanneer ze op de vlucht slaan. Rick, Daryl en Glenn keren net terug van buiten de gevangenis en zien dat de hekken open staan en de sloten zijn doorgeknipt. Rick vermoedt onmiddellijk dat de 2 overgebleven gedetineerden Axel en Oscar hier achter zitten. Wanneer hij naar ze toe loopt gaat plots het alarm van de gevangenis af. Rick doet beroep op de kennis van de gedetineerden hoe dit uit te schakelen. Ze weten de ruimte met de generatoren te vinden maar worden aangevallen door Andrew, die de aanval van de walkers heeft overleefd. Hij wordt gedood door Oscar waarna Rick het alarm uit weet te zetten. Ondertussen is T-Dog gebeten door een walker en offert zichzelf op om zo Carol te kunnen redden. Later kan niemand Carol meer vinden en wordt ervan uitgegaan dat ook zij het niet heeft overleefd. Lori staat op het punt te bevallen maar dit moet gebeuren met een keizersnede die Maggie moet uitvoeren, wat Lori niet zal overleven. Wanneer Maggie met Carl en de baby naar buiten komen stort de wereld van Rick in. In Woodbury plant Michonne alvast in dat ze binnen afzienbare tijd zullen vertrekken uit het dorp, terwijl Andrea steeds closer wordt met de Gouverneur.

Michonne breekt in in het huis van de Gouverneur en luistert een gesprek af en komt erachter dat er 6 walkers gevangen zijn genomen, ze besluit om deze allemaal te doden. Andrea vertelt haar dat ze na acht maanden niet nog eens tussen de walkers wil vrezen voor haar leven. Michonne vertrekt vervolgens alleen uit Woodbury. In de gevangenis wordt gerouwd om de geleden verliezen. Rick vervult zijn ouderlijke plichten niet maar gaat de gevangenis verder in om walkers te doden en Lori op te zoeken. In een reactie daarop treedt Daryl naar voor als leider en gaat met Maggie op pad om de benodigde spullen voor de baby te zoeken. Later die dag graven Glenn, Axel en Oscar graven voor Lori, Carol en T-Dog. De aflevering sluit af met Rick die zich in de stookruimte bevindt waar Lori stierf, hij ontwaakt uit een roes wanneer er een telefoon rinkelt, deze beantwoordt hij.

Rick praat met onbekende overlevenden aan de telefoon, maar de stemmen blijken van de doden te zijn, Amy, Jim en Jacqui, ook die van Lori. Na een aantal gesprekken aanvaardt hij haar dood en keert terug naar de groep. Tegen alle verwachtingen in wordt Carol levend - ergens in de gevangenis verscholen - gevonden door Daryl. Ondertussen mag Andrea in Woodbury de wacht houden op de muur maar springt hiervan af om vervolgens een walker te doden, ze bekent dat ze hiervan heeft genoten. Later begint ze een affaire met de Gouverneur. Merle is ondertussen op pad gestuurd om op Michonne te jagen, zij weet in een hinderlaag 2 mensen van Merles groep te doden, maar daarbij raakt ze zelf gewond aan haar been. Merle wil terug naar Woodbury maar zijn andere teamlid wil doorgaan waarop Merle hem doodt. Michonne vlucht naar een nabijgelegen dorp waar ze Glenn en Maggie ziet. Plots komt Merle langs het dorpje en gijzelt Glenn en Maggie en neemt ze mee naar Woodbury om ze te ondervragen waar zij zich schuilhouden. Michonne gaat ondertussen verder en vindt haar weg naar de gevangenis waar ze Rick ontmoet.

Rick, Daryl, Oscar en Michonne weten Woodbury binnen te vallen om Glenn en Maggie te redden, wat resulteert in een vuurgevecht. Nu Daryl weet dat zijn broer Merle in Woodbury is, is hij vastberaden hem te spreken. Oscar wordt gedood door een schotwond. Glenn en Maggie worden succesvol gered. Tijdens het vuurgevecht sluipt Michonne naar de kamer van de Gouverneur. Hier ontstaat een gevecht wanneer hij binnenkomt, wat resulteert in de dood van zijn walker-dochter en een ernstig oogletsel bij de Gouverneur. Michonne weet te ontkomen en vindt haar weg terug naar Rick en de anderen. Elders vlakbij de gevangenis weet een groep van vijf overlevenden (van wie 1 is gebeten door een walker) hun weg te vinden naar binnen in de gevangenis, waar Carl hen voedsel en onderdak biedt. Later verklaart de Gouverneur dat Woodbury is aangevallen door terroristen. Hierna beschuldigt hij Merle ervan medeplichtig te zijn aan wat is gebeurd. Wanneer de aandacht op Merle is gericht wordt zijn broer Daryl de arena binnengesleept. De burgers van Woodbury zingen Daryl en Merle toe dat ze vermoord moeten worden. Andrea ziet voor het eerst in maanden Daryl weer en raakt verward.

Rick en Maggie keren terug naar Woodbury om Daryl te redden. Wanneer ze terugkeren uit het dorp blijken ze ook Merle te hebben gered, tot ontzetting van Michonne en Glenn. Wanneer ze terug willen keren naar de gevangenis loopt de spanning hoog op. Daryl weigert om zonder Merle naar de gevangenis te gaan en besluit samen met zijn broer weg te gaan bij de groep. Rick is ook boos op Michonne en vertelt haar dat zodra ze weer genezen is zichzelf maar in de buitenwereld moet redden. In Woodbury is er een chaos uitgebroken wanneer alle bewoners bang worden en proberen het dorp te verlaten zonder succes. Martinez en andere bewakers blokkeren de toegangspoort en houden de bewoners onder schot. Rick, Michonne, Glenn en Maggie keren terug in de gevangenis en worden begroet door Carol en Carl. Tyreese vraagt Rick of hij met zijn groep in de gevangenis mag blijven, maar Rick weigert. Hershel neemt Rick vervolgens apart en vraagt hem zijn beslissing te herzien. Plots ziet Rick Lori in een hallucinatie en barst in woede uit waarvan de 2 groepen schrikken. Glenn dringt er bij Tyreese op aan om met zijn groep weg te gaan bij hen.

Wanneer men in Woodbury aan het herstellen is van de recente aanvallen, blijkt de Gouverneur nog steeds aangeslagen te zijn door het verlies van zijn dochter. Hij beslist om het leiderschap over te dragen aan Andrea. Hij vraagt Milton om Andrea in de gaten te houden vanwege wantrouwen, hij verlaat de stad vervolgens zelf zonder haar te informeren. Ondertussen beginnen Daryl en Merle te twijfelen of het wel verstandig is om bij de gevangenis weg te blijven. In de gevangenis wordt de situatie steeds erger wanneer blijkt dat walkers via de verwoeste hoofdingang de gevangenis weten te betreden. In plaats van de leiding te nemen dwaalt Rick buiten de gevangenis na zijn hallucinaties van Lori. Plotseling duikt de Gouverneur met een aantal van zijn mannen bij de gevangenis op en weten Axel te doden. Ze laten een bus vol met walkers door de hekken heenrijden en laten deze los op de binnenplaats. Rick wordt buiten de hekken in het nauw gedreven door walkers, maar wordt gered door Daryl en Merle die terug zijn gekeerd naar de gevangenis.

Na de aanval van de Gouverneur op de gevangenis discussieert de groep over hun manier van handelen. Wanneer Rick en Carl alleen zijn raadt Carl hem aan om als leider van de groep af te treden. Ondertussen in Woodbury komt Andrea erachter dat de Gouverneur heeft gevochten bij de gevangenis en confronteert hem hiermee. Hij beweert dat hij op weg was om vrede te stichten, maar werd aangevallen. De Gouverneur wil een aanval voorbereiden op de gevangenis en zorgt ervoor dat een leger gemobiliseerd wordt, inclusief de kinderen van Woodbury. Andrea vraagt aan de Gouverneur of ze toestemming krijgt om naar de gevangenis af te reizen, maar hij weigert. Ze vraagt aan Milton of hij haar ontsnappingspoging wil stilhouden, maar die vertelt dit toch aan de Gouverneur die zegt haar te helpen ontsnappen. Onderweg ergens in de bossen neemt Milton de groep van Tyreese welke ze onverwachts tegenkomen mee naar Woodbury terwijl Andrea verder gaat naar de gevangenis. Wanneer Andrea binnen de muren van de gevangenis is, probeert ze Rick en de groep te overtuigen om vrede te sluiten met de Gouverneur, maar krijgt te horen dat hij juist degene was die de aanval opende. Carol dringt er bij Andrea op aan om terug te keren naar Woodbury en de Gouverneur in zijn slaap te vermoorden. In Woodbury blijkt dat de groep van Tyreese de Gouverneur wil helpen om een aanval op te zetten tegen de groep van Rick. Rick geeft Andrea een auto, zodat ze terug kan naar Woodbury, en hij begint zelf ook een aanval te plannen op Woodbury samen met Michonne en Carl. Later die avond keert Andrea terug in Woodbury en lijkt Carol's plan te volgen, maar op het laatste moment kan ze het niet opbrengen om hem in zijn slaap te vermoorden.

Rick, Carl en Michonne gaan terug naar het politiebureau in King County op zoek naar wapens en munitie om de gevangenis te beschermen tegen de aanval van de Gouverneur. Onderweg komen ze een man met rugzak tegen die wil meerijden. Michonne rijdt gewoon door. Even verderop rijden ze vast in de modder. Rick schiet enkele walkers neer die op hen af zijn gekomen. Wanneer ze terug door willen rijden, horen ze de man met de rugzak opnieuw naar hen roepen. Ze springen in de wagen en rijden verder. Het wapenarsenaal blijkt leeg te zijn en Rick besluit om de wapens die in de bars liggen te verzamelen. Vanuit het niets worden ze onder vuur genomen. Ze slagen erin de schutter te overmeesteren, dit blijkt Morgan Jones te zijn. Morgan is gek geworden nadat zijn zoon Duane gebeten werd door zijn vrouw Jenny, en ook veranderd is in een walker. Michonne is er niet van gediend dat Rick wil wachten tot Morgan bijkomt. Carl en Michonne gaan samen op zoek naar een wieg voor Judith, maar Carl wil nog iets anders zoeken. Als Morgan ontwaakt, is hij niet meer bij zinnen en zelfs wanneer hij uiteindelijk Rick herkent, wil hij niets liever dan sterven. Rick wil dat hij meekomt naar de rest van de groep in de gevangenis. Morgan weigert en blijft achter. Terug onderweg naar de gevangenis zien ze het verscheurde lichaam van de man met de rugzak. Ze stoppen om zijn rugzak mee te nemen en rijden verder.

Rick, Daryl en Hershel rijden naar een boerderij waar ze op zoek gaan naar voorraden. Wanneer Rick de schuur binnenkomt, komt de Gouverneur tevoorschijn die hem zat op te wachten. Daryl en Hershel richten ondertussen hun wapens op een auto die komt aangereden. Hierin zitten Andrea, Milton en Martinez. In de gevangenis maakt de groep de wapens klaar die Rick bij Morgan Jones heeft meegenomen. Merle wil met de wapens naar de afgesproken plaats op de boerderij en de Gouverneur meteen afmaken. Glenn wil dat ze bij Ricks plan blijven. In de schuur is het ondertussen duidelijk dat Andrea de bijeenkomst heeft geregeld in de hoop dat de geschillen bijgelegd kunnen worden. De Gouverneur wil niet onderhandelen, hij wil alleen maar dat de groep van Rick verdwijnt. Wanneer Andrea ertussen komt, zegt de Gouverneur dat ze weg moet gaan. Hershel en Milton praten en delen hun meningen, er blijken meer gelijkenissen te zijn tussen de twee groepen dan gedacht. Merle en Glenn hebben ondertussen ruzie over het plan van Rick. Andrea weet niet meer voor welke groep ze moet kiezen: haar oude groep of de Gouverneur. De Gouverneur zegt dat hij Michonne wil overgeleverd krijgen, anders verklaart hij Rick de oorlog. Ze spreken opnieuw af over twee dagen. Andrea blijft bij de groep van de Gouverneur, die iedereen die over twee dagen komt opdagen, wil afmaken, behalve Michonne. Hershel probeert Rick ervan te overtuigen om Michonne in hun groep te houden.

De manschappen van de Gouverneur bereiden de oorlog voor en laden wapens in een vrachtwagen. Milton zegt tegen Andrea dat dit slechts uit voorzorg is, maar lijkt zelf niet overtuigd. Hij probeert de Gouverneur ervan te overtuigen om niet iedereen van Ricks groep af te maken, maar de Gouverneur wil wraak voor zijn vermoorde dochter. Milton toont Andrea de folterkamer die is ingericht voor Michonne. Ze wil terug naar de gevangenis, maar belooft de Gouverneur hem te zullen helpen waar nodig. Ze ontsnapt uit Woodbury, enkel gewapend met een mes. De Gouverneur hoort van Milton dat Andrea is gevlucht en dat ze weet van de geplande aanval op de gevangenis. Hij achtervolgt haar, zodat ze in de bossen moet vluchten en een aantal walkers moet doden. Ondertussen toont Martinez aan Tyreese, Sasha, Allen en Ben een put vol met walkers. Tyreese beseft dat men deze wil gebruiken tegen de groep van Rick en protesteert, wat eindigt in een gevecht met Allen. Andrea zoekt ondertussen haar toevlucht in een oude fabriek. Ze wil naar boven vluchten, maar het trappenhuis is gevuld met walkers. Dan verschijnt de Gouverneur in de oude fabriek. Andrea opent de deur en zet het op een lopen. De Gouverneur vecht met de walkers. Bij de put giet een mysterieus persoon benzine over de walkers en steekt hen in brand. Bij dageraad bereikt Andrea de gevangenis. Vlak voor Rick haar ziet verschijnt de Gouverneur en gooit haar tegen de grond. Terug in Woodbury beweert hij Andrea niet gevonden te hebben. Hij vertelt tegen Tyreese en Sasha dat de walkers in de put enkel als drukmiddel gingen gebruikt worden. Tyreese excuseert zich maar zegt dat hij niets afweet van de verbrande walkers. De Gouverneur verdenkt direct Milton. Andrea zit ondertussen vastgebonden in de folterkamer.

Rick en Hershel vertellen Daryl over de deal met de Gouverneur in verband met Michonne. Rick wil een bloedbad voorkomen en vraagt de hulp van Merle, die uitlegt dat de Gouverneur Michonne niet zal vermoorden, maar martelen. Wanneer Rick weer hallucinaties krijgt over Lori, komt hij tot het besef dat hij Michonne niet kan en wil opofferen. Merle, die verwachtte dat Rick zijn mening zou herzien, heeft de situatie ondertussen in handen genomen. Hij slaat Michonne bewusteloos, bindt haar vast en brengt haar naar een dorpje vlakbij. Rick en Daryl ontdekken dat Merle en Michonne verdwenen zijn en Daryl gaat alleen achter hen aan. Als Merle een auto wil starten, laat hij per ongeluk het alarm afgaan, wat een groep walkers aantrekt. Hij en Michonne kunnen ontsnappen met de auto. Michonne kan Merle onderweg overtuigen om haar te laten gaan, en Merle rijdt alleen verder. Op de terugweg komt Michonne Daryl tegen. Daryl gaat verder om Merle te zoeken, die ondertussen in de auto walkers naar zich toe lokt met harde muziek. Hij rijdt stilletjes verder, en leidt de walkers zo naar de afgesproken plek met de Gouverneur. Hij verstopt zich wanneer de groep van de Gouverneur de walkers afmaakt. Merle, die op de Gouverneur mikt, schiet per ongeluk Ben neer. Verrast door een walker geeft Merle zijn positie prijs aan de Gouverneur, die in een gevecht twee vingers van Merle afbijt. Merle weigert te smeken voor zijn leven en wordt in de borst geschoten door de Gouverneur. Michonne komt ondertussen veilig bij de gevangenis. Daryl bereikt de schuur en vindt Merle, als walker, die zich tegoed doet aan het lijk van Ben. Huilend en roepend, steekt Daryl keer op keer in het hoofd van zijn broer.

De Gouverneur geeft Milton een laatste kans om zich onder zijn bewind te voegen, en beveelt hem Andrea te doden. In die poging probeert hij de Gouverneur te doden maar slaagt daar niet in, waarna de Gouverneur hem in zijn buik steekt in nabijheid van Andrea in de martelkamer. Vervolgens trekt de Gouverneur met zijn troepen naar de gevangenis waar hij op een hinderlaag stuit van Rick zijn groep. Wanneer het leger van Woodbury beslist terug te keren stopt de Gouverneur het konvooi en schiet vrijwel alle mensen neer die met hem meegingen, hij laat Martinez en Shumpert ongedeerd. Karen weet te overleven. Ondertussen komen Rick, Daryl en Michonne aan bij Woodbury om wraak te nemen, daar stuiten ze op Tyreese en Sasha die achter zijn gebleven tijdens de aanval. Eenmaal in Woodbury vinden ze Andrea in de martelkamer, daar blijkt dat ze in haar hals is gebeten door Milton die in een walker is veranderd. Andrea schiet zichzelf in het hoofd met Michonne aan haar zijde. Rick's groep keert terug naar de gevangenis, samen met de bewoners van Woodbury die zijn achterbleven tijdens de aanval. Van de Gouverneur, Martinez en Shumpert is geen spoor te bekennen.