Cullen si è unito a una banda di rapinatori di treni per rubare soldi e gioielli ai passeggeri e paghe agli operai della ferrovia. Visti i numerosi assalti, Durant decide di affidare a Ferguson il compito di scortare il vagone in cui è riposta la cassaforte con il denaro. La costruzione della strada ferrata procede a rilento e Lily è molto contrariata. Intanto nel bordello di Nell viene uccisa una ragazza e Cullen è arrestato e rinchiuso in cella. Sarà forse giustiziato?

La cittadina di Durant finisce distrutta dai nativi. Lily si da’ un gran da fare per aiutare i sopravvissuti e chiede aiuto a Elam affinché l’omicidio della prostituta venga punito. Nel frattempo lo Svedese prevede l’Apocalisse.

Un uomo viene ucciso a causa di una prostituta. Si scatena la sete di vendetta e chi ne fa le spese sono i giovani Mickey e Sean, tacciati di essere gli esecutori del crimine. Lily eroicamente li scagiona assumendosi tutte le colpe. Intanto Joseph subisce manifesti atti di intolleranza razziale e il suo rapporto con Ruth comincia a incontrare notevoli difficoltà.

I Sioux continuano a intralciare la costruzione della ferrovia: rapiscono e scuoiano un operaio per convincere gli altri ad andarsene. Nel frattempo gli operai della Union Pacific entrano in sciopero e Lily tenta di sostituirli con della nuova forza lavoro. Ciò spinge gli scioperanti a un ripensamento, ma a una condizione: i neri, armati, dovranno proteggere le maestranze dagli assalti dei nativi. Tutto questo mentre Eva rivela a Mister O’Toole di essere incinta.

Hawkins organizza l'ennesima rapina, questa volta però vuole farla direttamente all'ufficio della ferrovia della città. Elam vede gente nuova in giro e nel saloon durante un duro scambio di battute con uno sconosciuto: insospettito informa subito il signor Duran il quale decide di non perdere tempo e di armare immediatamente il maggior numero di persone per difendere il denaro delle paghe. Nel frattempo il reverendo Cole, grazie all'aiuto dello svedese, sembra essersi disintossicato dall'alcool.

Duran è in pericolo di vita e deve andare a Chicago per essere curato. Il reverendo Cole assalta il treno e prende in ostaggio i passeggeri per convincere Duran a pubblicare una dichiarazione sul giornale. Intanto i soldati arrestano Whitehead.

Durant torna a Hell on Wheels. Non è solo: sua moglie Hannah è con lui e prende subito in mano il lavoro del marito, convincendolo a liberarsi di Lily. Intanto Elam tenta di costruirsi una casa sull’appezzamento di terreno avuto dai McGinnes, ma al suo ritorno, Durant strappa il contratto costringendolo a svolgere una mansione per lui.

Cullen viene interrogato allo scopo di svelare una relazione tra la distruzione di Hell on Wheels e una lettera di Lily Bell sulla corruzione di Durant. Ruth rifiuta la proposta di matrimonio di Sean perché lui è cattolico, ma Sean sembra essere convinto a convertirsi. Intanto Hannah Durant, per liberarsi di Lily, le offre di partire alla volta di New York e lavorare come governante.

In questo finale della seconda stagione: il signor Durant chiede a Elam di uccidere Lily e gli promette un terreno e la casa vicino al fiume. Elam si reca da Lily con l'intenzione evidente di trattare e ricevere un sostanzioso compenso in cambio della vita. Nel frattempo lo Svedese è stato torturato dai Sioux e fa ritorno in città più morto che vivo: nel suo apparente delirio annuncia un attacco dei nativi durante il sorgere della prossima "luna rossa".