Efter att ha råkat ut för en rad mystiska anfall bestämmer sig Tony Soprano (James Gandolfini) för att gå till en psykiater, Jennifer Melfi (Lorraine Bracco). Tony börjar gradvis lita på doktor Melfi och berättar för henne om sitt liv; att hans fru och dotter inte kommer överens, att hans farbrors korta stubin skapar problem för familjen, och att hans mamma ger honom dåligt samvete för att han försöker placera henne på ett ålderdomshem. Det hela kompliceras av att han inte kan berätta för henne vad han egentligen jobbar med, för Tony är en maffiaboss.

Den agerande chefen för familjen har drabbats av cancer, och Tony är på väg att hamna i en maktkamp med sin farbror, vilket han inte vill. Slutligen lyckas Tony övertyga Livia om att flytta in på ålderdomshemmet. Efter att Anthony Jrs lärare blir bestulen på sin bil skickar Tony ut några män för att få tillbaka bilen. Christopher och hans medarbetare Brendan går med på att betala en hög straffavgift till farbror Junior för att ha rånat en av Juniors lastbilar.

Meadow och hennes vän Hunter köper metamfetamin av Brendan och Christopher inför ett stort prov. Pojkarna lämnar tillbaka den stulna lastbilen, och Tony besöker Jackie på sjukhuset, tillsammans med en "speciell" sjuksköterska. Under tiden skapar Juniors medarbetare problem mellan Junior och Tony genom att insinuera att Tony vill ta över efter Jackie. Tony, Paulie och Silvio hjälper en familj ortodoxa judar med deras problem. Vid en middagsbjudning upptäcker Carmela skelett i Tonys garderob, och pojkarna råkar illa ut på grund av den stulna lastbilen.

När Christopher och hans flickvän Adriana letar efter Brendan hittar de honom död i badkaret. I skolan vägrar en av Anthony Jrs klasskompisar att slåss mot honom, vilket gör att Meadow berättar sanningen om deras pappa för honom. Tony anlitar en omoralisk polisman för att undersöka doktor Melfi, vilket skapar problem mellan henne och mannen som hon dejtar. Tony och farbror Junior grälar. Problemen blir värre när Jackie dör, vilket tvingar Tony att bestämma om han vill satsa på att leda familjen eller ge farbror Junior kontrollen.

Tony och Meadow besöker universitet i Maine. När de stannar på en bensinstation känner han igen Fabian Petrulio, som vittnade mot maffian för några år sedan och bytte identitet. Tony och Meadow utbyter hemligheter medan de äter middag. Hemma i New Jersey får Carmela besök av sin präst, Phil, och när doktor Melfi ställer in ett möte upptäcker Carmela att Tony har ljugit för henne om psykiaterns kön, vilket gör henne misstänksam. Phil tröstar Carmela och blir lite väl vänskaplig.

Tony ser till att Junior utses till Jackies efterträdare, men han är inte nöjd när Junior genast fattar beslut som går emot honom och hans medarbetare. På ett möte överraskar Tony doktor Melfi med att säga att han är kär i henne och kyssa henne. Junior får reda på att hans skräddares barnbarn dog av en överdos och ser till att langaren som sålde drogerna till honom försvinner. Både Carmela och Tonys älskarinna blir lidande när Tony tappar sin sexdrift. Familjen hedrar Junior på en middag utan att inse att FBI bevakar dem.

Anthony Jr. och hans vänner stjäl nattvardsvinet från kyrkan och stängs av från skolan. Skolans psykiater tror att Anthony Jr. kan ha ADHD, men Carmela och Tony hävdar att han bara går igenom puberteten. Tony oroar sig dock för att han kan vara en dålig förebild för Anthony Jr., och minns när han själv var en liten pojke och upptäckte att hans pappa var med i maffian.

På Larry Boys dotters bröllop upptäcker killarna att FBI planerar att åtala dem och skyndar sig hem för att göra sig av med bevis. Christopher är upprörd över att han inte får samma respekt som de andra medlemmarna av familjen, och skjuter en kille i foten på det lokala bageriet på vägen hem. Tony är inte nöjd. Doktor Melfis familj är orolig över att hon behandlar en brottsling. FBI kommer till familjen Sopranos hus och söker efter bevis. Christopher ser en tidningsartikel där de säger att han är en känd gangster, vilket gör honom nöjd.

Meadows fotbollstränare planerar att lämna laget för att träna fotboll på universitetsnivå, och flickornas pappor gör sitt bästa för att övertala honom att stanna. Tills de upptäcker att han har haft en affär med en av Meadows vänner. Junior åker i väg på en romantisk resa med sin flickvän men vet inte att hon har skvallrat med sina vänner om hans talanger i sängen. Efter att Tony och Junior blir osams på golfbanan hämnas Tony genom att berätta Juniors lilla hemlighet för alla. Junior hämnas i sin tur genom att berätta att Tony går till en psykiater, vilket kan påverka familjen negativt.

Christopher och Adrianna träffar en känd rappare, Massive Genius, som hävdar att Hesh stal pengar från en av hans kusiner får många år sedan. I utbyte mot att ordna ett möte med Hesh får Christopher Massive att överväga att ta sig an ett band som Adrianna har upptäckt. Det är dock tydligt att Massive är mer intresserad av henne än av bandet. Tony känner sig utanför när hans granne bjuder in honom till en privat klubb för att spela golf med hans hederliga vänner. För att hämnas bestämmer sig Tony för att spela grannen ett spratt.

Efter att Jimmy och Pussy gripits av FBI berättar Makazian för Tony att Pussy kan ha börjat jobba för dem. Tony säger åt Paulie att ta reda på sanningen innan han dödar Pussy. Senare får Tony veta att Makazian kanske försöker sätta dit Pussy för att bli av med sina spelskulder, men innan Tony kan konfrontera Makazian hoppar han från en bro. Mikey berättar för sin fru att deras framtid ser ljus ut eftersom Junior har gått med på att låta Mikey döda Tony. Jimmy besöker oväntat familjen Soprano, och Tony får reda på att det var Jimmy och inte Pussy som jobbade för FBI. Men nu är Pussy borta.

Tony är deprimerad och spenderar dagarna i sängen. Från sovrumsfönstret får han syn på en ung, italiensk kvinna som bor i grannhuset. Han är fascinerad och bjuder ut henne på lunch. Senare drömmer han om henne. Christopher förhindrar ovetande att Tony blir mördad, men de anlitade mördarna försöker igen. Tony lyckas komma undan igen, och en av männen som attackerade honom dör. Medan Tony återhämtar sig på sjukhuset får han ett besök av en FBI-agent som varnar Tony att han kan behöva skydd. När Tony kommer hem igen hälsar de andra medlemmarna av familjen på honom.

Tony beordrar sina män att döda Jimmy. Doktor Melfi föreslår för Tony att hans mamma kan vara ansvarig för mordförsöken, och han blir våldsam. FBI har dock spelat in ett samtal mellan Junior och Livia som bevisar att doktor Melfi hade rätt. Carmela äter lunch med en vän och upptäcker att hon inte är ensam om att spendera kvalitetstid med prästen Phil. Tony varnar doktor Melfi för att hennes liv kan vara i fara och att hon måste åka i väg ett tag. Tony erkänner för sina män att han går till en psykiater, och Junior och hans män grips av FBI. Carmela konfronterar Phil om hans flörtande.