Körülbelül egy évvel járunk előrébb az időben, amikor is a nyúzott és aggodalmas Walter White az 52. születésnapját egy útszéli kávézóban tölti, egyedül, szökésben. Az előretekintést követően folytatódik az előző évadban félbemaradt történet: a sikeres merényletet követően Walter és Jesse igyekeznek minden nyomot eltüntetni. Most, hogy Gus eltűnt a képből, Walter sokkal agresszívabb és kegyetlenebb lett. Meggyőzi Mike-ot, hogy jobban jár, ha segít a bizonyítékok eltüntetésében. Bevetnek egy hatalmas elektromágnest is, hogy a számítógépekről is eltűnjön minden információ. A mágnessel a rendőrség épületéhez vonulnak, s sikerül tönkretenniük mindent, ami rájuk nézve terhelő lehet. Az egyik rendőr azonban a kárfelmérés közben véletlenül talál egy új bizonyítékot: egy kajmán-szigeteki bankszámla adatait. Ted a balesete után kórházba kerül, és megígéri Skylernek, hogy senkinek nem beszél a pénz eredetéről. Saul úgy gondolja, hogy az ő munkája véget ért, de Walter nem engedi, hogy kiszálljon.

Németországban a Madrigal cég egyik vezetője öngyilkos lesz, még mielőtt kikérdezhetnék a Gusszal való kapcsolatáról. A drogelhárítók így találnak néhány új nyomot, amin keresztül megkezdik a felderítést. Walter és Jesse úgy döntenek, hogy folytatják az üzletet, és beveszik maguk mellé Mike-ot is. A Madrigal cég egyik helyi vezetője, Lydia lesz a metil-amin beszállítójuk, egy feltétellel: Mike-nak titokban meg kell ölnie Gus tizenegy volt bizalmasát, hogy végképp elvarrják a szálakat.

Walter ismét visszaköltözik a házba, Skyler ellenkezése ellenére. Walter, Mike és Jesse Saul segítségét kérik, hogy új helyet találhassanak a kábítószer előállításához. Módszerük a következő lesz: rovarirtóknak álcázzák magukat, és mindig az éppen irtás alatt lévő házban készítik az anyagot. Az első adag terítése után Walter dühös lesz, amikor meglátja, hogy mennyi pénzt kell fizetnie Mike embereinek a nyereségből, hogy tartsák a szájukat.

Hanket előléptetik, Walter meglátogatja az irodájában, amit azon nyomban be is poloskáz. Lydia igyekszik hűségét bizonyítani, és elárulja, hogy a metil-amin szállítmányukat tehervonattal hozzák, amit egy alkalmas helyen észrevétlenül ki lehet rabolni. Az akció tökéletesen sikerül, de egy kisfiú véletlenül meglátja őket. Todd, a rovarirtó fedővállalkozás egyik embere hidegvérrel megöli a srácot.

A vonatrablás után fényesen mehetne tovább az üzlet, de Mike-ot frusztrálja, hogy állandó rendőri megfigyelés alatt tartják. Szeretné magát kivásárolni az üzletből, és eladni a részét egy phoenix-i maffiózónak, Declannek. Ő viszont úgy tervezi, hogy mindegyik vetélytársát kivásárolva egyeduralkodó lesz az új-mexikói piacon. Walter megtagadja az eladást, azt állítván, hogy ebben sokkal több pénz van, mint élete legelső közös vállalkozásában, amit még Schwartzékkal csinált. Walter, Skyler és Jesse együtt vacsoráznak, ahol Skyler elmondja, hogy tudja, hogy Walter mesélt Marie-nek a Teddel való viszonyáról. Walter elmondja Jessenek, hogy szerinte a családja elhidegült tőle, és Skyler is arra vár, mikor tér vissza a rákja, így már csak a droglabor maradt neki.

Walter, Mike és Jesse találkoznak Declannel. Az eredeti tervekkel ellentétben Jesse is úgy dönt, hogy kiszáll. Hank közben nyomra lel, és felderíti Mike ügyvédjén keresztül a piszkos pénzeket, amit a férfi kap. Walter megtudja ezt és figyelmeztetni akarja a férfit - valójában azonban arra a névsorra is kíváncsi, akiket el kell tennie láb alól Lydia kérésére. Mivel erre nem hajlandó, Walter hidegvérrel végez vele, de rögtön meg is bánja, mert Lydia megmondta volna neki a neveket.

A mini-szezonzáróban Walter találkozik Lydiával, hogy megtudja, kik voltak Mike társai. A nő felajánlja a terjeszkedés lehetőségét Csehországban, egyben megadja a neveket. A listát Walter elviszi Todd nagybátyjához, akinek kapcsolatai vannak az Árja Testvériséggel. A kilenc embert és az ügyvédet megölik a nehézfiúk, mielőtt Hank informálódhatna felőlük. Walter drogbiznisze így már zavartalan lenne, de ő kifizeti Jesse-t és úgy dönt, felhagy a terjesztéssel. Egy nagy családi összejövetelt rendeznek, ahol Hank egy dedikált könyv alapján felfedezi az igazságot: azt, hogy igazából mindvégig Walter volt Heisenberg...

Hank az új nyomon elindulva kikéri a Fring-aktát és összehasonlítja Gale kézírását a Walter könyvében találttal. Jesse elszórja az összes pénzét. Walter rákja visszatér, a kezelése után pedig döbbenten veszi észre, hogy eltűnt a könyve, az autójára pedig jeladót szereltek. Végül Hank szembesíti vele, hogy rájött, hogy ő Heisenberg.

Hank Skylert éri el előbb, és beismerő vallomásra akarja rávenni, de a nő ellenáll. Walter elássa az összes pénzét a sivatagban. Lydia megpróbálja rávenni Declant, hogy Todd legyen az egyetlen metamfetamin-szakácsa. Amikor megtagadja, Jack bandája megöli őt és elveszi a felszerelését. Miután mástól nem tudott információt szerezni, Hank úgy dönt, hogy Jesset fogja kihallgatni.

Jesse nem hajlandó vádalkut kötni. Walter, Skyler, Hank és Marie egy közös találkozón próbálják megbeszélni a dolgokat, ahol Walter egy hamis DVD-t ad át, melyen azt hazudja, hogy Hank volt a bűnbanda feje. Felajánl egy rakás pénzt Jessenek, hogy új identitást felvéve hagyja el a várost, és kezdjen nyugodtan új életet. Jesse majdnem meg is teszi ezt, ám rájön, hogy a ricines cigarettát Walter utasítására vette el tőle Saul, hogy szándékosan félrevezesse. Dühében betör a White-házba és mindent lelocsol gázolajjal.

Walter észreveszi Saul hiányát és az összelocsolt házát, ezért megpróbálja a föld alól is előkeríteni Jesset, hogy beszéljen vele. Skyler azt akarja, hogy ölje meg őt, de késő: Hank előbb találja meg, és most már hajlandó együttműködni a rendőrséggel. Bepoloskázva kellene találkoznia Walterrel, de mégsem teszi meg, hanem helyette telefonon keresztül fenyegeti meg. Walter ezért ismét megkeresi Toddot: új megbízást adna a neonáci nagybátyjának...

Jack bácsi beleegyezik, hogy megölik Jesset, ha cserébe Walter megtanítja Toddot metamfetamint főzni úgy, ahogy ő tudja. Miközben Hank az eltűnt pénz után nyomoz, elfogja Walter telefonhívását, amellyel Jesset akarja lépre csalni. Megrendez egy fényképet, amelyen úgy tűnik, hogy Jesse megtalálta a pénzt és meg akarja semmisíteni. Walter a helyszínre indul, és miközben rimánkodik Jessenek, hogy ne csináljon őrültséget, bevall egy sor bűntényt. Szorult helyzetében segítségül hívja a neonácikat is, de megbánja, amikor észreveszi, hogy Hankék is a helyszínen vannak. A feszült helyzetben rövidesen kitör a tűzpárbaj...

Walter 80 millió dollárt ajánl fel Jacknek, csak hagyja életben a súlyosan sérült Hanket, de a bandavezér hidegvérrel végez vele. Magukkal viszik Jesset és a pénzt is. Jesset megkínozzák és arra kényszerítik, hogy gyártson nekik drogot. Skyler úgy dönt, hogy itt az ideje elmondani az igazságot Walter Jr.-nak. Walter őrültként száguld haza és pakolni kezd a bőröndökbe, hogy eltűnjön a családjával, de a többiek ellenállnak. Skyler kést fog a férjére, mire dulakodni kezdenek, végül Walter Jr. hívja ki a rendőrséget a saját apjára. Walter úgy intézi, hogy a rendőrség megtudja, hogy mindenért, amit tett, csak ő volt egyedül a felelős, majd eltűnik, hogy új személyazonossággal szökésben lehessen.

Walter New Hampshire-ben él, inkognitóban, Skylert pedig megfenyegeti Todd, hogy nehogy egy szót is merjen szólni Lydiáról a rendőrségnek. Jesse szökni próbál, de elfogják, és ezért brutális büntetést eszelnek ki: végig kell néznie, ahogy Todd megöli Andreát. Walter megpróbálja felhívni telefonon a fiát, de ő gyűlölettel telve közli, hogy inkább haljon meg. Ezután úgy érzi, itt az ideje feladnia magát, ezért magára hívja a rendőrséget, de továbbáll, amikor meglátja, hogy egy interjúban a Schwartz-házaspár letagadta, hogy neki bármi köze lenne ahhoz sikeres céghez, amiben egykor ő is benne volt.

Walter megjelenik Schwartzéknál, és erőszakkal arra kényszeríti őket, hogy adják át a pénzét Walter Jr.-nak, amint eléri a nagykorúságot - ha nem tennék, fizetett bérgyilkosok végeznek velük. Majd rátör Lydiára és Toddra, és a közjáték közben ricint rejt a nő sztéviájába. Ezután Skylerhez megy, és közli vele, hogy tovább folytatja a droggyártást, de már nem a családért, hanem kizárólag önmagáért. Majd elmegy az Árja Testvériség főhadiszállására egy gépágyúval, ahol nagy mészárlást végez. Kiszabadítja Jesset, aki puszta kézzel fojtja meg Toddot, majd saját kezűleg végez az életéért könyörgő Jackkel. Ezután Walter megkéri Jesset, hogy végezzen vele is, de ő ezt megtagadja - és látja, hogy a férfi már halálos sebet szenvedett. Utolsó erejével még közli telefonon Lydiával, hogy megmérgezte és meg fog halni. Jesse örömmel és keserűséggel vegyesen szökik meg börtönéből, miközben Walter a droglaborban meghal.