Mens nyheden om bombesprængningen, der dræbte Gus, spreder sig i Albuquerque, vender Walt hjem for at destruere ethvert bevis, der kan forbinde ham med sagen.

Imens Walter lægger geniale planer for det nye laboratorium, bekymrer det ham, at deres nye partner, Mike, måske er ude på at udnytte ham og Jesse.

Hank og hans makker, Gomez, tropper op i Houston hos det tyske firma, der forsynede Walt og Jesse med kemikalier til deres meth­produktion.

Da narkopolitiets efterforskning truer med at hive tæppet væk under Walt og Jesses laboratorium, bliver det nødt til at tænke kreativt.

Efter det fatale togrøveri er Walt, Jesse og Mike ejere af næsten 4.000 liter stjålet metylamin ­ og flere alvorlige problemer. Mike foreslår at sælge det stjålne metylamin.

Mens Walt afslører sine planer om at beholde de stjålne kemikalier og udvide forretningen, rykker narkopolitiets efterforskning tættere og tættere på Mike.

Efter at have skaffet sig af med Mikes lig og fortalt Jesse, at deres partnerskab er slut, går Walt i gang med at eliminere enhver, der kan sætte ham i forbindelse med Gus.

Walt forsøger at tilpasse sig et liv uden meth produktionen og mødes med Jesse ­ for der er noget, de skal have talt igennem.

Skyler bliver indhentet af sin fortid, men Walt har brug for at slette sine egne spor. Og Jesse slås stadig med sin tiltagende skyldfølelse.

Jesse tager en beslutning i forhold til, hvordan hans fremtidige tilværelse skal være. Og hos Skyler og Walt dukker der et uventet krav op, som de bliver nødt til at håndtere.

En usædvanlig strategi begynder at bære frugt, og samtidig bliver der lagt planer, der kan ændre alt!

Hank og Gomez leder efter håndfaste beviser mod Walt, mens Walt på sin side forsøger at presse Jesse til at komme frem fra sit skjulested.

Pludselig tager tingene en markant og uventet drejning. Walt tager benene på nakken, Jesse bliver kidnappet, og Skyler tror, at det er på tide at fortælle Flynn sandheden.

Begivenheder, der tog deres begyndelse for længe siden, nærmere sig efterhånden den afgørende fase.

Historien om Walter White, hans familie og hans makker Jesse Pinkman er ved at være ved vejs ende. Men først er der lige nogle løse ender, der skal samles.