”闇の皇帝”ガスとの最終決戦の末、命からがら勝利を収めたウォルターとジェシー。療養中にその知らせを受けたマイクは激怒。しかし、ラボの監視カメラの映像が保存されているノートパソコンが警察の手に渡ったと知り、3人は証拠隠滅のために力を合わせる。ハンクはガスが築いたメス・ビジネスの調査をまとめ始める。事件の真相を知るスカイラーは、想像を絶する行動に出たウォルターを怖れるようになる。

ガスへとつながる証拠を抹消したウォルターとジェシーは、メス・ビジネスを再開しようとする。マイクに協力を依頼する一方で、ソウルと共に新たなラボとなる物件を探すのだった。ガスへ化学薬品を供給していたドイツの複合企業に捜査が迫る。アメリカ支社の役員でガスの協力者だったリディアは、裏切り者が出ないかと心配を募らせる。マイクは今までのビジネスが暴露されないようある手段をとる。

ウォルターたちはソウルのコネで新たなラボを手に入れる。今度のラボは”害虫駆除中の一般家庭”だ。しかし、ガスが構築したビジネスを崩した代償は大きい。売人の手数料、運送費、協力者への謝礼金、そして”負の遺産”…。思うように稼げなくなったウォルターは苛立ち、マイクと対立してしまう。家族が抱える異常な問題の多さに苦悩するスカイラー。彼女の中で何かが壊れ始めていた。

ガスへメス精製の原料となる薬品を供給していたドイツ系の複合企業にDEAが捜査に訪れ、リディアの協力者が逮捕される。ウォルターの肺ガン発覚から1年が経ち、ウォルターは51歳の誕生日を迎える。ホワイト家ではパーティーが開かれるが、スカイラーが思わぬ行動に出てしまう。一方ジェシーはマイクに頼まれ、リディアからメスの原料をもらいに行く。しかし、そこには罠が仕掛けられていた。

リディアが嘘をついているか確かめるため、ウォルターはハンクのオフィスに盗聴器を仕掛ける。命の危険を感じたリディアは、メスの原料を必要とするウォルター、ジェシー、マイクに大胆な提案をする。そして３人はトッドたちの協力を得てある作戦を実行するが…。スカイラーは、子供たちをマリーの家に避難させるという条件でウォルターのメス・ビジネスへの協力を約束する。

完全犯罪の計画は崩れ、ウォルターたちは作戦の後始末をするはめに。身勝手な行動を取った挙句、反省の色が見えないトッドにジェシーは憤慨する。DEAから執拗に追われるマイクは足を洗うことを決意。同じく過酷さを増す環境に耐えられなくなったジェシーも引退しようと提案するが、ウォルターは合意しない。そして、ウォルターはマイクたちが引退するために対立する組織と取引しようとしていたメスの原料であることを思い付く。

ウォルターは引退前にメスの原料で大金を稼ごうとしていたマイクとジェシーを説得し、ビジネスを拡大させようとする。そして、自らの精製技術を武器に対立組織との取引に臨む。ジェシーは自分の意思を無視するウォルターと口論になってしまう。一方、ハンク率いるDEAの捜査が一気にマイクへと近づく。マイクはソウルの事務所へ連絡し、荷物を届けてもらうよう依頼するが…。

ウォルターはDEAの調査から逃れるため、ガスと自分を繋げうる者たちをリディアから聞き出し、排除しようとする。トッドを正式に助手として迎え、リディアと組んだ海外展開でメス・ビジネスの利益は跳ね上がる。そしてジェシーのもとを久しぶりに訪れたウォルターは、あるものを置いて去っていく。ハンクはホワイト家にある本に書かれたある手紙を見つける。それは、今は亡きメス精製者のゲイルがウォルターに贈ったものだった。

メス・ビジネスから手を引き、愛する家族と幸せに暮らす”普通の生活”に戻ろうとするウォルター。しかし、洗車場にリディアが現れる。ジェシーは足を洗ったにも関わらず、今までに稼いだ大金の重荷に苦しめられていた。そして、どうにかそれを処分しようとある行動を起こす。ハンクは、ウォルターこそが顔知れぬ≪ブルー・メス≫精製者”ハイゼンベルク”だという真相に行き当たるのだが…。

”ハイゼンベルク”＝ウォルターの逮捕に執念を燃やすハンクはスカイラーに会って証言を取ろうとする。ウォルターはそんなハンクの捜査から逃れるため、証拠を隠そうと奔走。事実を知ったマリーは子供たちをホワイト家から引き離そうとするが、スカイラーを逆上させてしまうのだった。大金を処分するためにジェシーが取った行動がハンクの耳に入る。そして、ハンクは取り調べを受けているジェシーのもとへ駆けつける。

トッドはメス・ビジネスを引き継ぎ、精製者として活動を再開することに。ハンクはジェシーに寝返るよう説得にかかる。ウォルターはハンクの動きを封じるため、ある手段をとって彼を窮地に陥れる。そして、ジェシーには新たな人生を歩むよう提案する。ジェシーはソウルに”人消し屋”を手配してもらうが、あることがきっかけで、かつて劇薬入りのタバコを盗んだ人物に気付いてしまう。

ウォルターは、ジェシーがホワイト家に押し入り、火をつけようとしていたことを知る。そして家族を守るため、少しの間ホテルに避難する。事実を知ったスカイラ―は、ジェシーを対処するようウォルターに迫る。現場に駆け付け、ジェシーの怒りをなだめたのは、ウォルターの脅威となる思わぬ人物だった。何も知らないウォルターはジェシーに弁明の機会をもらえるよう頼むが…。

トッドが精製するメスは、ウォルターの品質には到底満たない。リディアは顧客から殺到する苦情に焦り始める。ウォルターは暴走するジェシーを恐れ、ジャックにジェシーの殺害を依頼してしまう。一方、ハンクとジェシーはウォルターを捕まえるためにある作戦を実行する。見事ウォルターを誘い出すことに成功するが、ジャックがウォルターの応援に駆けつけてしまい、最悪の顔ぶれが集結してしまう。

事態は壮絶な銃撃戦へと発展し、ジャックは遂にハンクを追い詰めて銃口を向ける。ウォルターを裏切ったジェシーは、ジャックたちに連れさられる。何も知らないジュニアは「父親が逮捕された」と聞かされ、困惑してしまう。しかし、家に戻ると逮捕されたはずのウォルターがおり、家族で街を出ると言い放つのだった。その姿を見たスカイラーは家族の危険を察知し、ウォルターを家族から引き離そうとする。

ウォルターは独り逃亡せざるを得なくなり、”人消し屋”に連絡を取る。そして、人里離れた雪山に身を隠しながら、孤独な日々を送ることに。しかし、離れた家族の安否を想い続けるウォルター。大金の多くはジャックたちに奪われてしまったが、残りの財産をどうにか家族に渡そうと試みる。一方、ジャックたちに監禁され、メスを精製させられるジェシーは脱走を企てる。