元締めのリーダーであるガスは薬物（メス）の製造をウォルターとジェシーに託すしかないと悟るが、二人の目の前で追手を殺害し自分から逃げるなと脅迫する。機材も一新されウォルターは再び大規模な製造に着手する。その準備をしていた助手ゲイルの殺害が警察に知れるところとなり捜査が始まる。スカイラーはウォルターを見つけ、今後のことを話し合わねばと覚悟を決める。

ガスの管理下で薬物製造を進めるが、自分の身も守らねばとウォルターは銃を常時持つようになった。あわよくばガスを倒すことも頭に浮かぶ。ジェシーは自宅で大勢の仲間とパーティをして過ごしつつラボに通いウォルターを手伝う。ウォルターとスカイラーは弁護士ソウルと麻薬で得たお金をどう扱うか相談する。スカイラーは車洗浄駐車場の経営を真剣に考えるようになる。

ウォルターの義理弟で元警察官のハンクは犯人との銃撃戦で傷を負い下半身不随になって自宅ベッドで寝たきりである。妻マリーは家事と夫の世話で疲れきり、万引きをし警察に捕まる。ハンクの根回しでマリーは釈放されるが、ハンクは警察仲間からゲイル殺害事件の相談を受ける。そして、スカイラーは思惑通りついに車洗浄駐車場を手に入れる。

車洗浄駐車場ビジネスのスタート資金はウォルターがギャンブルで得たものという作り話でとりつくろうとスカイラーは決める。その説明をハンクにしている中、ゲイル殺害の捜査を支援しているハンクが持つ資料を見てウォルターはジェシーに警察の手が及ぶことを予想する。ジェシーと相談しようとするが、当の本人は仲間とパーティにあけくれていた。そしてその仲間が薬物で得た金を盗んだことで、ガスの手下マイクはジェシーを拉致する。

ハンクとの食事会でゲイル殺人事件の話題が出た。スカイラーは新たな疑惑をウォルターに感じ一時的に家を出てしまう。一人で車洗浄駐車場の受付に立つウォルターは息子のご機嫌取りに高級車まで買ってしまう。ガスと敵対する組織が接近し、助手マイクはジェシーを引き連れ敵方の調査を行う。ジェシーはガスのボディガード的な役割をするようになり、ウォルターは心配する。

スカイラーに詰られ息子に買った高級車を炎上させるウォルター。不満の高まりはガスが原因である。弁護士ソウルに相談しつつウォルターはジェシーを説得し、ガスとの決別を図る。劇薬を自ら作りジェシーに与える。ハンクの捜査はついにガスに達した。暗躍する薬物組織の製造元を検挙するためハンクは検事局に報告する。一方ガスは敵組織から挑戦を受ける。

警察はガスに出頭を求め疑惑を追及する。証拠を出さないガスに対し警察は意見が割れる。ハンクはガスに狙いをつけ引き続き捜査を進める。そのハンクから捜査について意見を求められるウォルターは逆にガスに情報を流す。ウォルターはジェシーと会いガスへの劇薬による殺害計画の進捗状況を質すが曖昧な態度に終始するジェシーに飽きれてしまう。そしてガスの過去が明らかになる。この麻薬密売の大立者がこの道に進む契機となったのは…。

ハンクの捜査が薬物の貯蔵施設に及び、ウォルターはマイクにアジトの移動をアドバイスする。移動の最中に敵対する組織から狙撃を受ける。ガスは組織と手を結ぶ決断をする。駐車場ビジネスに取り組むスカイラーの前にかつての上司テッドが現れ、会社の監査への協力を頼まれる。不正が絡むこの調査は車洗浄駐車場ビジネスにも悪影響が及ぶ。ジェシーの曖昧な態度に業を煮やしたウォルター。ついに二人は殴り合いの末決別をする。

ガスはジェシーを連れて敵方薬物工場に乗り込む。ジェシーが精製した薬物がまぎれもない品質の高いものであることが証明される。それを受けてガスは長年の宿敵エラディオを倒すことを決意する。テッドの税金滞納はスカイラーを巻き込み、ウォルターの収入にも調査が及ぶ危険性が出てきた。ソウルのアドバイスも事態は改善しない。エラディオを毒殺するガスだが、マイクは銃で撃たれ自分も命を失う危険を犯す。その二人を助けたのはジェシーだった。

ソウルの手配でテッドを脅迫し事態を収拾することができたが、テッドは事故で亡くなる。ジェシーを仲間に引き入れたガスはウォルターが必要なくなり、非協力的なウォルターに強く迫るがウォルターは抵抗する。傷ついた体で自宅に戻ると自分の金がスカイラーによりテッドに流れていたことを知り愕然とする。ハンクが疑惑の工場への捜査を阻止するウォルター。ガスとの関係を断とうとしつつ、警察の捜査を妨害する自分に嫌気がさす。

ハンクたちの捜査はついに核心に達し、組織の元幹部を尋問するに至るが成果を出せずに終わる。ガスの薬物工場の装う洗濯工場への家宅捜査も証拠は発見できずに終わる。ジェシーの息子がウォルターが作った劇薬を誤飲し、重篤になる。ジェシーはウォルターに解毒の方法を問うが、二人にはガスを倒すことこそが残された道であると覚悟を決めざるを得なくなる。ウォルターはガスを爆殺する新しい策を実行する。

ガスとの最後の対決の時が来た。ガスは敵対する組織のメンバーで最後の生き残りを殺害するため療養院を訪れる。ウォルターは先回りし爆薬を設置。そして、ついにガスは死んだ。弁護士ソウルも裏の世界とのつながりを疑われ出し、事務所の後始末をする。ジェシーの息子も助かる。全てが収束に向かっていた。そして、ウォルターは自分が薬物を製造していた工場を自分の手で破壊するのだった。