Skyler obbliga Walt ad andarsene dopo il disastro aereo, mentre la riabilitazione di Jesse lo aiuta a fare i conti con il ruolo avuto nello schianto.

Mentre Skyler è certa di volere il divorzio, Walt finisce involontariamente nel mirino di due killer di un cartello della droga messicano in cerca di vendetta.

La tensione aumenta quando Walt sfida Skyler e ritorna a casa senza il suo consenso. Jesse si chiede se ricominciare con il commercio di stupefacenti.

Una nuova partita di metanfetamine consente a Jesse di riprendere l'attività, coinvolgendo Walt. La relazione tra Skyler e il suo capo crea il caos.

Mentre Skyler non si oppone più al ritorno di Walt, questi si domanda se riprendere il traffico di droga. L'ossessione di Hank non promette niente di buono per Jesse.

Hank rischia la carriera, attaccando Jesse, che gli giura vendetta. Skyler chiede a Walt che gli impedisca di sporgere denuncia.

Mentre Hank è in fin di vita dopo essere sopravvissuto all'attacco del cartello, Walt cerca di prevenire altri problemi prendendo Jesse come socio.

Mentre le prospettive di recupero di Hank mettono Marie in contrasto con la compagnia assicurativa, Jesse insegue una nuova opportunità.

In una lunga e inquieta notte passata al laboratorio di metanfetamine, Walt e Jesse lottano contro una mosca che non ne vuole sapere di morire.

La riabilitazione di Hank si rivela faticosa, Skyler ha dei dubbi sul metodo di riciclaggio di Saul e Jesse perde la testa per una paziente del gruppo di recupero.

Jesse tiene d'occhio gli spacciatori responsabili della morte di Combo, Hank non vuole lasciare l'ospedale e Skyler spinge Walt ad accettare il suo piano.

Dopo aver tolto di mezzo due spacciatori di strada del suo boss, Walt capisce che Gus intende uccidere lui e Jesse e sostituirlo col suo ex assistente.